TkA06G008720 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G008720

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 2202664-2206091 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1621 bp · TkA06G008720|TK1151|cDNA

TTTTTCTCTTTCTTGATCAAGTCACATAAATTGAAAGGAAATAAATTGAAAAAGAAAAGAAATTTTTTATCTTTAATTTTGTCTCTGAGGTTTGTTTCTTTTTCCTGTATTGATCACCATCTAACCCTGAAAATCTCTTTAGAAAGAGAAATATGGATCCTTTTTATGCTTAAATCTGTGACTTCACAGAACTGGTCCAGAAAGTTTTCTTGTCTCTGATCCCAATAAGGCCATCTCTCTCTTACAAAAGATCTGTAATC...

CDS

下载 CDS FASTA

897 bp · TkA06G008720|TK1151|CDS

ATGCAAGAACAAGGATTAGGGATGATTGGTGGCAGTGGAGGGATTGGTGGTGCTTTTACAGATATGGCCGTCTCACTTTCCGGCGATCAGAACCGCCAGCTCAAGGCGGAGATAGCCAACCACCCACTCTACGAACAGCTTCTCTCAGCTCATGTAGCATGTCTCCGGGTCGCCACGCCGATTGATCAGCTGCCGCTCATCGACGCCCAGCTCTCCCAGTCCCACCACCTCCTCCGCTCTTACATCGCCGACCACCACAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

298 aa · TkA06G008720|TK1151|PROTEIN

MQEQGLGMIGGSGGIGGAFTDMAVSLSGDQNRQLKAEIANHPLYEQLLSAHVACLRVATPIDQLPLIDAQLSQSHHLLRSYIADHHNQPLSPHDRQDLDNFLAQYLLVLCSFKEQLQQHVRVHAVEAVMACREIEHNLQALTGVTLGEGSGATMSDDEDEMPMDFSLDQSGGMDGGHDMMGFGPLLPTESERSLMERVRQELKIELKQGFRSKIEDVREEILRKRRAGKLPGDTTSVLKDWWQQHSKWPYPTEDDKAKLV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G008720`
TK1151 ID	TkA06G008720
OH-1004 ID	LXL04_026496
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G008720

位置 Chr06:2202664-2206091 (+)

描述 Similar to KNAT7: Homeobox protein knotted-1-like 7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g62990`	可能参与次生细胞壁生物合成。	暂无已核实直接文献
`At5g25220`	同源盒蛋白 knotted-1 样蛋白 3。	暂无已核实直接文献
`At5g11060`	同源盒蛋白 knotted-1 样蛋白 4。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0123500`	同源盒蛋白 knotted-1 样蛋白 3。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026496 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009722 detection of cytokinin stimulus 生物过程

GO:0010089 xylem development 生物过程

GO:0010192 mucilage biosynthetic process 生物过程

GO:0010214 seed coat development 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0071345 cellular response to cytokine stimulus 生物过程

GO:0080001 mucilage extrusion from seed coat 生物过程

GO:0080112 seed growth 生物过程

GO:2000652 regulation of secondary cell wall biogenesis 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G62990

ath:AT5G11060

ath:AT5G25220

bna:106394496

dosa:Os03g0123500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.962

排名 1 · TkA06G008720 · TK1151

细胞质0.176

排名 2 · TkA06G008720 · TK1151

线粒体0.019

排名 3 · TkA06G008720 · TK1151

细胞膜0.014

排名 4 · TkA06G008720 · TK1151

高尔基体0.007

排名 5 · TkA06G008720 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03790KNOX134-75 aa

PF03789ELK75-80 aa

PF03790KNOX177-83 aa

PF03791KNOX292-142 aa

PF03789ELK113-118 aa

PF03789ELK201-222 aa

PF24936DUF7753215-244 aa

PF05920Homeobox_KN241-280 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G008720	`PF03790`	KNOX1	34	75	2e-19	69.8
TkA06G008720	`PF03789`	ELK	75	80	0.038	14.6
TkA06G008720	`PF03790`	KNOX1	77	83	2e-19	69.8
TkA06G008720	`PF03791`	KNOX2	92	142	4e-17	62.2
TkA06G008720	`PF03789`	ELK	113	118	0.038	14.6
TkA06G008720	`PF03789`	ELK	201	222	0.038	14.6
TkA06G008720	`PF24936`	DUF7753	215	244	0.027	15.1
TkA06G008720	`PF05920`	Homeobox_KN	241	280	1.8e-19	70.0
TkA06G008720	`PF00046`	Homeodomain	247	280	2.4e-05	24.8
TkA06G008720	`PF23739`	HTH_72	258	281	0.089	13.5
TkA06G008720	`PF24936`	DUF7753	263	285	0.027	15.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FPQ8`	拟南芥	sp\|Q9FPQ8\|KNAT7_ARATH Homeobox protein knotted-1-like 7	77.700%	Swiss-Prot	高置信
`P48000`	拟南芥	sp\|P48000\|KNAT3_ARATH Homeobox protein knotted-1-like 3	72.100%	Swiss-Prot	高置信
`P48001`	拟南芥	sp\|P48001\|KNAT4_ARATH Homeobox protein knotted-1-like 4	70.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q94LW3`	水稻	sp\|Q94LW3\|KNOS3_ORYSJ Homeobox protein knotted-1-like 3	76.400%	Swiss-Prot	高置信

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