RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G471260
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 118302717-118305310 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2085 bp · TkA05G471260|TK1151|cDNA

ATGGCGACGTTGGAAGCTTGCATTAAGAACAACATCATTAGAAAGAGAAAGCAACTAATCTTCGAGTTTAAGAGTTTTGGGAAATCAGTAATTGATTTTTCGGGTCCATTTCGTGATAACATCCGATCTTTTCTCGATGAATATGGTGAGCAGATTGAACAACACCAACTAAATGGCTCCGTTTCCAACAATGTATGGTCTACTCTACTTCTTTGTGAATCAAATGGTGCTGTGTTCCCTCTCTATACTATAGAAGAACA...

CDS

下载 CDS FASTA

2085 bp · TkA05G471260|TK1151|CDS

ATGGCGACGTTGGAAGCTTGCATTAAGAACAACATCATTAGAAAGAGAAAGCAACTAATCTTCGAGTTTAAGAGTTTTGGGAAATCAGTAATTGATTTTTCGGGTCCATTTCGTGATAACATCCGATCTTTTCTCGATGAATATGGTGAGCAGATTGAACAACACCAACTAAATGGCTCCGTTTCCAACAATGTATGGTCTACTCTACTTCTTTGTGAATCAAATGGTGCTGTGTTCCCTCTCTATACTATAGAAGAACA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

694 aa · TkA05G471260|TK1151|PROTEIN

MATLEACIKNNIIRKRKQLIFEFKSFGKSVIDFSGPFRDNIRSFLDEYGEQIEQHQLNGSVSNNVWSTLLLCESNGAVFPLYTIEEHIDDQLLHPFCCHCKSVGWGHHFVCKRRYRFMIPSYGDKQPFKDHDQKKSLELDDSHILHGLIHCNGFGHLISINKLELDSSNFLAETDVMNLWDSICNSLKTRKVSVADVKLERSMELRLIHGVAFQSSWFGNWGYKFCHGSFGVTERKYNGAVRFLAQLHLDNIINDLKTTY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G471260
TK1151 IDTkA05G471260
OH-1004 IDLXL04_022490
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)92.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G471260
位置Chr05:118302717-118305310 (-)
描述Similar to MMD1: PHD finger protein MALE MEIOCYTE DEATH 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g66170 雄性减数分裂期间染色体组织和进展所需的可能转录因子。
The Arabidopsis MALE MEIOCYTE DEATH1 gene encodes a PHD-finger protein that is required for male meiosis.2003 · DOI: 10.1105/tpc.010447
The DUET gene is necessary for chromosome organization and progression during male meiosis in Arabidopsis and encodes a PHD finger protein.2003 · DOI: 10.1242/dev.00827
The PHD Finger Protein MMD1/DUET Ensures the Progression of Male Meiotic Chromosome Condensation and Directly Regulates the Expression of the Condensin Gene CAP-D3.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00040
Cell-type-dependent histone demethylase specificity promotes meiotic chromosome condensation in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1038/s41477-020-0697-0
At2g01810 PHD 指蛋白 At2g01810。 暂无已核实直接文献
At5g22260 参与花药和减数分裂后花粉发育及成熟所需的转录激活因子。 暂无已核实直接文献
At1g33420 PHD指蛋白At1g33420。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os09g0449000 绒毡层程序性细胞死亡 和退化以及花药花粉发育所需的可能转录激活剂。
PERSISTENT TAPETAL CELL1 encodes a PHD-finger protein that is required for tapetal cell death and pollen development in rice.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.175760
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022490 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000212 meiotic spindle organization 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0007060 male meiosis chromosome segregation 生物过程
GO:0007140 male meiotic nuclear division 生物过程
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0010032 meiotic chromosome condensation 生物过程
GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程
GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程
GO:0048235 pollen sperm cell differentiation 生物过程
GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程
GO:1905821 positive regulation of chromosome condensation 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G66170
ath:AT2G01810
dosa:Os09g0449000
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.886
排名 1 · TkA05G471260 · TK1151
细胞质0.150
排名 2 · TkA05G471260 · TK1151
细胞膜0.045
排名 3 · TkA05G471260 · TK1151
内质网0.026
排名 4 · TkA05G471260 · TK1151
质体0.017
排名 5 · TkA05G471260 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00628PHD93-102 aa
PF27744MS1_N115-123 aa
PF27744MS1_N204-247 aa
PF27748MS1_C249-294 aa
PF30811PHD_UBR7-like308-327 aa
PF25874WHD_plant_repro341-418 aa
PF02042RWP-RK341-369 aa
PF02042RWP-RK437-464 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G471260PF00628PHD931026.5e-0730.0
TkA05G471260PF27744MS1_N1151231.1e-2177.3
TkA05G471260PF27744MS1_N2042471.1e-2177.3
TkA05G471260PF27748MS1_C2492941.4e-1660.4
TkA05G471260PF30811PHD_UBR7-like3083273.98.2
TkA05G471260PF25874WHD_plant_repro3414188.1e-61202.6
TkA05G471260PF02042RWP-RK3413690.2712.1
TkA05G471260PF02042RWP-RK4374640.2712.1
TkA05G471260PF25874WHD_plant_repro4385228.1e-61202.6
TkA05G471260PF25565Ubiquitin_At1g334205806269.7e-0729.3
TkA05G471260PF20826PHD_56376834.7e-0524.1
TkA05G471260PF00628PHD6396836.5e-0730.0
TkA05G471260PF30811PHD_UBR7-like6446873.98.2
TkA05G471260PF13831PHD_26516840.1112.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q7X6Y7拟南芥sp|Q7X6Y7|MMD1_ARATH PHD finger protein MALE MEIOCYTE DEATH 133.900%Swiss-Prot中等置信
Q9ZUA9拟南芥sp|Q9ZUA9|Y2181_ARATH PHD finger protein At2g0181032.800%Swiss-Prot中等置信
Q9FMS5拟南芥sp|Q9FMS5|MS1_ARATH PHD finger protein MALE STERILITY 130.200%Swiss-Prot中等置信
Q9C810拟南芥sp|Q9C810|Y1342_ARATH PHD finger protein At1g3342025.700%Swiss-Prot低置信
Q67V61水稻sp|Q67V61|PTC1_ORYSJ PHD finger protein PERSISTENT TAPETAL CELL 127.100%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看