TkA05G465980 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G465980

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 116831940-116835137 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2366 bp · TkA05G465980|TK1151|cDNA

TTTGACTCGGTGCCGAGGCGACCAAAACACCCCATCGTCGTCGCCGTACCCCTTCCCTCCTCCCATGTCAGCGCCGCTTTCCTTGGACATCCTCATTCAGAAACTGAATATCACAGAGACGATGAATTAGTTGAGGGTTTTGCTAAAAAGGCTAAGGAGGTCTAAGAGTAATTCATTCTGTTTTCCTCCCACAAAAGATGCTGCCAAGAGCATAATAGCAAGTTCACTTTTAGGAAGCTGACGGAAGGCGTATGATTGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2370 bp · TkA05G465980|TK1151|CDS

ATGTTGCCTCCTCTCATCAGGTTAGCGTCTTGCCGTAATTTGGTAAAAAAATCCTTAAATCTCTGTTCTTTATCCGTTTCATCGCTTGTACAGTCACCCTGTTCCGATGCGTCAGACTCATCTTCTGATGATAACAATACCAATTTGCTTTCTCGACCGCTTGATAAACTCGATAAGTTTGAAGTTATCGAAACCTTGCACAAGTTAAACAGAGAACCCAACATTGCGCTATCATTTATTACGCAACTGAAAGAATCTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

789 aa · TkA05G465980|TK1151|PROTEIN

MLPPLIRLASCRNLVKKSLNLCSLSVSSLVQSPCSDASDSSSDDNNTNLLSRPLDKLDKFEVIETLHKLNREPNIALSFITQLKESGFKHDVVTYMAIVRFLCHWGMDIRLDSMFKDVIDNNNRKLLSFEISDLCDALIEEAEMEGMEKLTKAIDVLVKVYASVGRFEEAIDIFYKIKRGKLVLSTRTCNYLMNQLIEFGKLDMVESVYRQLKMKGLIPNVYTFGILIKALCRKGSWKEAIVVFTQMKEAGVESNAFTFG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G465980`
TK1151 ID	TkA05G465980
OH-1004 ID	LXL04_022413
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G465980

位置 Chr05:116831940-116835137 (+)

描述 Similar to At2g26790: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g26790, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g26790`	含有五肽重复序列的蛋白 At2g26790，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g13800`	推测含五肽重复序列蛋白 At1g13800。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022413 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G13800

ath:AT2G26790

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.838

排名 1 · TkA05G465980 · TK1151

质体0.086

排名 2 · TkA05G465980 · TK1151

细胞核0.050

排名 3 · TkA05G465980 · TK1151

细胞质0.038

排名 4 · TkA05G465980 · TK1151

细胞膜0.013

排名 5 · TkA05G465980 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_270-104 aa

PF08967ENCP480-93 aa

PF13812PPR_382-101 aa

PF12854PPR_187-103 aa

PF01535PPR93-120 aa

PF10602RPN7129-183 aa

PF08967ENCP4130-148 aa

PF24760TPR_IF140_C132-175 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G465980	`PF13041`	PPR_2	70	104	2.4e-136	444.5
TkA05G465980	`PF08967`	ENCP4	80	93	0.47	11.4
TkA05G465980	`PF13812`	PPR_3	82	101	1.9e-64	214.3
TkA05G465980	`PF12854`	PPR_1	87	103	4.5e-109	356.5
TkA05G465980	`PF01535`	PPR	93	120	3.6e-96	309.6
TkA05G465980	`PF10602`	RPN7	129	183	0.043	14.2
TkA05G465980	`PF08967`	ENCP4	130	148	0.47	11.4
TkA05G465980	`PF24760`	TPR_IF140_C	132	175	9.8e-08	33.2
TkA05G465980	`PF23276`	TPR_24	137	174	7.3e-46	156.1
TkA05G465980	`PF29070`	MSC6_N	142	239	1.2e-33	117.5
TkA05G465980	`PF28559`	TPR_SusR	144	186	0.00054	20.3
TkA05G465980	`PF23276`	TPR_24	154	194	7.3e-46	156.1
TkA05G465980	`PF10037`	MRP-S27	154	247	2.2e-10	40.8
TkA05G465980	`PF13176`	TPR_7	154	174	4.3e-05	24.0
TkA05G465980	`PF13428`	TPR_14	154	176	0.00081	20.6
TkA05G465980	`PF13041`	PPR_2	156	196	2.4e-136	444.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O81028`	拟南芥	sp\|O81028\|PP171_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g26790, mitochondrial	39.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LMH5`	拟南芥	sp\|Q9LMH5\|PPR42_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g13800	28.700%	Swiss-Prot	低置信

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