TkA05G465210 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G465210

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 116591534-116596094 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2951 bp · TkA05G465210|TK1151|cDNA

AAGATTCCTTTTTCACAAAAATCTACGTTATTAATTAAAAAAATATATCGGGGGTTCAATAATTTGCTGTTGCTAGACTCAACATAGCCTCCAATCATAGGTAGGCGACACCAGAAGGTCAAATGTTTGAGCTCTTTTCATCCGGCGGGAGGGAAGGAAGTAGATGAGTATACGAAATACATTTTCTCTGCTTCTACGGAACTGTTGTCTTAATCCAATAGAAGATTCCCCTTCCTCTTCAATTGCATTTATTATTTGCG...

CDS

下载 CDS FASTA

2118 bp · TkA05G465210|TK1151|CDS

ATGGAGCAGCATTTACAAAATCCTGTTTCAGGGCACCCAAAATCTCAAATAACCTCAACAATATTCCAAGAAGTGGAAAGCGAATGGGGGATTCGACACATAATGGATTCATATGAAGCACCAAAGGACATCAGCTTGTTTTCAAGCTCATTGCCTGTCATTCCACATAAAAAATGTGGTAGTGAAGATACACTTGGTGATATCATTAACAGTTTAACCGAAAGCATGCTTCCTGGTGATGAAGATGACCTATTAGCCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

705 aa · TkA05G465210|TK1151|PROTEIN

MEQHLQNPVSGHPKSQITSTIFQEVESEWGIRHIMDSYEAPKDISLFSSSLPVIPHKKCGSEDTLGDIINSLTESMLPGDEDDLLAGINDDFDLADLPTQLEDLEDDLFESGGGMEMDDGIRFSLSNLSMSDGVPFIGGNRHELPHTGNNVVVGEHPYGEHPSRTLFVRNINSNVEDSELKSLFEEYGEIRNLYTACKHRGFVMISYYDIRHARIAMRELQNKPLRRRKLDIHFSIPKDNPSEKDINQGTLVVFNLDSSI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G465210`
TK1151 ID	TkA05G465210
OH-1004 ID	LXL04_022408
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G465210

位置 Chr05:116591534-116596094 (+)

描述 Similar to ML2: Protein MEI2-like 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g29400`	可能的RNA结合蛋白，在减数分裂和营养生长中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At4g18120`	可能的RNA结合蛋白，在减数分裂和营养生长中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0719800`	可能的RNA结合蛋白，可能在生长调节中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`Os02g0319100`	可能的RNA结合蛋白，可能在生长调节中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`Os02g0517531`	可能的RNA结合蛋白，可能在生长调节中发挥作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022408 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0045836 positive regulation of meiotic nuclear division 生物过程

GO:0045927 positive regulation of growth 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G29400

ath:AT2G42890

dosa:Os02g0319100

dosa:Os02g0719800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.559

排名 1 · TkA05G465210 · TK1151

细胞质0.443

排名 2 · TkA05G465210 · TK1151

细胞膜0.089

排名 3 · TkA05G465210 · TK1151

内质网0.037

排名 4 · TkA05G465210 · TK1151

溶酶体／液泡0.032

排名 5 · TkA05G465210 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13893RRM_5161-235 aa

PF22976RRM_10161-188 aa

PF14703PHM7_cyt163-190 aa

PF16842RRM_occluded164-231 aa

PF00076RRM_1166-230 aa

PF14605Nup35_RRM_2184-216 aa

PF03677UPF0137232-280 aa

PF13893RRM_5248-323 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G465210	`PF13893`	RRM_5	161	235	1.6e-11	44.6
TkA05G465210	`PF22976`	RRM_10	161	188	0.065	14.1
TkA05G465210	`PF14703`	PHM7_cyt	163	190	0.0087	17.0
TkA05G465210	`PF16842`	RRM_occluded	164	231	6.1e-10	39.5
TkA05G465210	`PF00076`	RRM_1	166	230	2.9e-29	101.4
TkA05G465210	`PF14605`	Nup35_RRM_2	184	216	0.3	11.7
TkA05G465210	`PF03677`	UPF0137	232	280	0.17	12.4
TkA05G465210	`PF13893`	RRM_5	248	323	1.6e-11	44.6
TkA05G465210	`PF16842`	RRM_occluded	250	316	6.1e-10	39.5
TkA05G465210	`PF00076`	RRM_1	251	316	2.9e-29	101.4
TkA05G465210	`PF22976`	RRM_10	251	313	0.065	14.1
TkA05G465210	`PF07576`	BRAP2	251	308	0.13	13.2
TkA05G465210	`PF14605`	Nup35_RRM_2	269	302	0.3	11.7
TkA05G465210	`PF14703`	PHM7_cyt	275	302	0.0087	17.0
TkA05G465210	`PF04059`	RRM_2	392	415	7.5e-54	180.7
TkA05G465210	`PF04059`	RRM_2	544	640	7.5e-54	180.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VWF5`	拟南芥	sp\|Q8VWF5\|AML5_ARATH Protein MEI2-like 5	51.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SVV9`	拟南芥	sp\|Q9SVV9\|AML3_ARATH Protein MEI2-like 3	48.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6ZI17`	水稻	sp\|Q6ZI17\|OML2_ORYSJ Protein MEI2-like 2	51.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q6EQX3`	水稻	sp\|Q6EQX3\|OML5_ORYSJ Protein MEI2-like 5	46.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q64M78`	水稻	sp\|Q64M78\|OML4_ORYSJ Protein MEI2-like 4	44.400%	Swiss-Prot	中等置信

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