TkA05G464810 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G464810

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 116457019-116461456 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2783 bp · TkA05G464810|TK1151|cDNA

AGTCGTAAATCCATAACAGAGGACAGTTCATTGCACAACCCACCGGTAGAAGGTCACCGCCGATCACTAGATGGCAGGCGTTTCCATCGCCGCAGAATGGCAACTTCTCGGCGACAAGTACTACCGAAAGCCAGAGCTCTATCAATTACGATGGAAAAACATCGATCTTGCTCGAAACAAGGTCGCCTGCGCCCCATTCGGCGGTCCAATTGCCGTCATTCGCGACGAGTCCAAGATCGTCCAGCTCTACGCCGAATCCG...

CDS

下载 CDS FASTA

2526 bp · TkA05G464810|TK1151|CDS

ATGGCAGGCGTTTCCATCGCCGCAGAATGGCAACTTCTCGGCGACAAGTACTACCGAAAGCCAGAGCTCTATCAATTACGATGGAAAAACATCGATCTTGCTCGAAACAAGGTCGCCTGCGCCCCATTCGGCGGTCCAATTGCCGTCATTCGCGACGAGTCCAAGATCGTCCAGCTCTACGCCGAATCCGCCCTTCGTAAACTCCGAATTTTCAACTCCGCCGGCCGACAAATCTCCGAAACCGTTTGGAGAAACCCCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

841 aa · TkA05G464810|TK1151|PROTEIN

MAGVSIAAEWQLLGDKYYRKPELYQLRWKNIDLARNKVACAPFGGPIAVIRDESKIVQLYAESALRKLRIFNSAGRQISETVWRNPGGRLIGLSWTDEQVLVCVTQDGTVYRYDIHSKIIEPNVSMGTECFEHSVVECVFWGNGVVCINEAFQLFCIPDLKNPKPSKLADTGLEEFPLCMAVIEPQYTMSGNVEVLLGVGDHVLLVEEDGVQTVGDGLGTLQKMVISHNGKLMASFTHDGQLLVMPTDFSSIIFEYSCES...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G464810`
TK1151 ID	TkA05G464810
OH-1004 ID	LXL04_022399
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G464810

位置 Chr05:116457019-116461456 (+)

描述 Similar to VCL1: Protein VACUOLELESS1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g38020`	分裂和扩张细胞中液泡生物发生和液泡增大所需的。	VACUOLELESS1 is an essential gene required for vacuole formation and morphogenesis in Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1016/s1534-5807(01)00024-7 Geminating pollen has tubular vacuoles, displays highly dynamic vacuole biogenesis, and requires VACUOLESS1 for proper function.2004 · DOI: 10.1104/pp.103.037382

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022399 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0007033 vacuole organization 生物过程

GO:0008333 endosome to lysosome transport 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0016197 endosomal transport 生物过程

GO:0034058 endosomal vesicle fusion 生物过程

GO:0035542 regulation of SNARE complex assembly 生物过程

GO:0042144 vacuole fusion, non-autophagic 生物过程

GO:0045992 negative regulation of embryonic development 生物过程

GO:0046718 symbiont entry into host cell 生物过程

GO:0051469 vesicle fusion with vacuole 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G38020

bta:505361

ddi:DDB_G0270754

hsa:64601

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.557

排名 1 · TkA05G464810 · TK1151

细胞核0.245

排名 2 · TkA05G464810 · TK1151

高尔基体0.213

排名 3 · TkA05G464810 · TK1151

溶酶体／液泡0.210

排名 4 · TkA05G464810 · TK1151

细胞膜0.123

排名 5 · TkA05G464810 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04841Vps16_N8-407 aa

PF12894ANAPC4_WD4078-142 aa

PF30506Beta-prop_MIP289-139 aa

PF24817WD40_WDHD1_1st98-120 aa

PF30506Beta-prop_MIP2218-254 aa

PF12894ANAPC4_WD40222-269 aa

PF24817WD40_WDHD1_1st224-281 aa

PF04840Vps16_C507-830 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G464810	`PF04841`	Vps16_N	8	407	2.4e-82	277.7
TkA05G464810	`PF12894`	ANAPC4_WD40	78	142	0.004	18.1
TkA05G464810	`PF30506`	Beta-prop_MIP2	89	139	0.11	12.0
TkA05G464810	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	98	120	0.0011	18.9
TkA05G464810	`PF30506`	Beta-prop_MIP2	218	254	0.11	12.0
TkA05G464810	`PF12894`	ANAPC4_WD40	222	269	0.004	18.1
TkA05G464810	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	224	281	0.0011	18.9
TkA05G464810	`PF04840`	Vps16_C	507	830	5.6e-68	230.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93VQ0`	拟南芥	sp\|Q93VQ0\|VCL1_ARATH Protein VACUOLELESS1	73.500%	Swiss-Prot	高置信

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