TkA05G456930 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G456930

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 114470973-114472310 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

614 bp · TkA05G456930|TK1151|cDNA

TTGAAAAGAAGATGACAGAGCTTTGCTGCTCAATACTATCTGCTATAATTTTCCGATTACTCTTTCTGTTCATCATTTTCCAGTTTGGAATTGTTGGAGCTACTCTTGGAGCAATTGCAGGGGCAATGATAGGATGGAGTAACAAGAAGAGGTTTGTGGGAGGTGTGATTTTAGGGGCAGTCTATGGGACAACTTTGTCATATAAGCTCATAAACGATACATTTGATTATTTCTTTTCTGATGATGCCGATGCACGGGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

384 bp · TkA05G456930|TK1151|CDS

ATGACAGAGCTTTGCTGCTCAATACTATCTGCTATAATTTTCCGATTACTCTTTCTGTTCATCATTTTCCAGTTTGGAATTGTTGGAGCTACTCTTGGAGCAATTGCAGGGGCAATGATAGGATGGAGTAACAAGAAGAGGTTTGTGGGAGGTGTGATTTTAGGGGCAGTCTATGGGACAACTTTGTCATATAAGCTCATAAACGATACATTTGATTATTTCTTTTCTGATGATGCCGATGCACGGGTCTTCCTTGTTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

127 aa · TkA05G456930|TK1151|PROTEIN

MTELCCSILSAIIFRLLFLFIIFQFGIVGATLGAIAGAMIGWSNKKRFVGGVILGAVYGTTLSYKLINDTFDYFFSDDADARVFLVNIVKRITGALEKILGHEEHIFMGFNKASFGKGYSLADLVHS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G456930`
TK1151 ID	TkA05G456930
OH-1004 ID	LXL04_022296
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	40.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.425 / OH-1004 62.562 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA05G456930`
位置	Chr05:114470973-114472310 (-)
描述	Similar to NIP2: NEP1-interacting protein 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_022296` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006952 defense response 生物过程 GO:0009416 response to light stimulus 生物过程 GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0034137 positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway 生物过程 GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0045087 innate immune response 生物过程 GO:0046330 positive regulation of JNK cascade 生物过程 GO:0141163 positive regulation of cAMP/PKA signal transduction 生物过程 GO:1900745 positive regulation of p38MAPK cascade 生物过程 GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT2G17730 ath:AT4G35840 ath:AT5G66070 mmu:224938 rno:192256 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.329

排名 1 · TkA05G456930 · TK1151

细胞外0.179

排名 2 · TkA05G456930 · TK1151

线粒体0.112

排名 3 · TkA05G456930 · TK1151

溶酶体／液泡0.095

排名 4 · TkA05G456930 · TK1151

细胞质0.083

排名 5 · TkA05G456930 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27822SIGLECL1_C10-23 aa

PF29034SDH624-83 aa

PF05818TraT25-70 aa

PF05433Rick_17kDa_Anti26-60 aa

PF27527Y2009_N27-38 aa

PF13441Gly-zipper_YMGG28-61 aa

PF27822SIGLECL1_C28-40 aa

PF13488Gly-zipper_Omp28-61 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G456930	`PF27822`	SIGLECL1_C	10	23	0.095	13.3
TkA05G456930	`PF29034`	SDH6	24	83	0.01	16.6
TkA05G456930	`PF05818`	TraT	25	70	0.35	11.3
TkA05G456930	`PF05433`	Rick_17kDa_Anti	26	60	0.024	15.2
TkA05G456930	`PF27527`	Y2009_N	27	38	0.076	13.5
TkA05G456930	`PF13441`	Gly-zipper_YMGG	28	61	0.0013	19.4
TkA05G456930	`PF27822`	SIGLECL1_C	28	40	0.095	13.3
TkA05G456930	`PF13488`	Gly-zipper_Omp	28	61	0.71	10.5
TkA05G456930	`PF13436`	Gly-zipper_OmpA	28	41	1.3	9.6
TkA05G456930	`PF27527`	Y2009_N	43	59	0.076	13.5
TkA05G456930	`PF27822`	SIGLECL1_C	45	61	0.095	13.3
TkA05G456930	`PF13436`	Gly-zipper_OmpA	50	59	1.3	9.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情