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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G449380
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 112354603-112363211 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1716 bp · TkA05G449380|TK1151|cDNA

ATGCTTCAGTCAAGGCCTCTTCCCTCAATTGTAAATTTTAACAAAATGTTATCATCTCTCGTCAAATTCAAGCATTATTCTACTGCTATATCTATGATACATCAACTAGGCCTTTTGGGTCTCAACCCTTTGGTGAAGCCTGATATATATGCTTTTCAAATCGCGATAAACTGTTTTTGCCATTCAGATCGTGTGTGTTTCGCGTTTTCTGTTTTAGGGAAGGTTATGAAACTTGGTTACGAACCAAATTGCCCTGTTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1716 bp · TkA05G449380|TK1151|CDS

ATGCTTCAGTCAAGGCCTCTTCCCTCAATTGTAAATTTTAACAAAATGTTATCATCTCTCGTCAAATTCAAGCATTATTCTACTGCTATATCTATGATACATCAACTAGGCCTTTTGGGTCTCAACCCTTTGGTGAAGCCTGATATATATGCTTTTCAAATCGCGATAAACTGTTTTTGCCATTCAGATCGTGTGTGTTTCGCGTTTTCTGTTTTAGGGAAGGTTATGAAACTTGGTTACGAACCAAATTGCCCTGTTTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

571 aa · TkA05G449380|TK1151|PROTEIN

MLQSRPLPSIVNFNKMLSSLVKFKHYSTAISMIHQLGLLGLNPLVKPDIYAFQIAINCFCHSDRVCFAFSVLGKVMKLGYEPNCPVFNTLIWGLCNDGKLYQAVNFFDQIVKNGIEPNVFTYSILINGLCKLGRTSSALVLLKKMERSRACKPNIVAYNTVIDGLCKNEQVTDALNLFYEMIGRGITPNVITYSCLIQGVCDFELWDEAKRLFEDMFAQNIPRNLQTYNILIDALCKEGKATEAHHLFASMIKEGASPDI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G449380
TK1151 IDTkA05G449380
OH-1004 IDLXL04_022183
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 32.750 / OH-1004 31.323
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G449380
位置Chr05:112354603-112363211 (-)
描述Similar to At1g12700: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g12700 推测的含五三螺旋重复蛋白 At1g12700，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g12775 含五肽重复的蛋白 At1g12775，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g12300 含五螺旋肽重复的蛋白 At1g12300，线粒体。 暂无已核实直接文献
At3g22470 含五重复肽的蛋白At3g22470，线粒体。 暂无已核实直接文献
At5g41170 含五聚肽重复的线粒体蛋白 At5g41170。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022183 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006396 RNA processing 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G12700
ath:AT1G62930
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.651
排名 1 · TkA05G449380 · TK1151
质体0.101
排名 2 · TkA05G449380 · TK1151
细胞质0.101
排名 3 · TkA05G449380 · TK1151
细胞核0.077
排名 4 · TkA05G449380 · TK1151
过氧化物酶体0.017
排名 5 · TkA05G449380 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_28-61 aa
PF13812PPR_38-20 aa
PF12921ATP138-35 aa
PF01535PPR13-36 aa
PF17177PPR_long27-76 aa
PF12854PPR_145-71 aa
PF13041PPR_247-83 aa
PF23276TPR_2450-144 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G449380PF13041PPR_28612e-180585.6
TkA05G449380PF13812PPR_38202.3e-67223.7
TkA05G449380PF12921ATP138350.0004520.8
TkA05G449380PF01535PPR13368.2e-117374.4
TkA05G449380PF17177PPR_long27763.9e-38131.7
TkA05G449380PF12854PPR_145717.7e-166538.1
TkA05G449380PF13041PPR_247832e-180585.6
TkA05G449380PF23276TPR_24501442.3e-34118.9
TkA05G449380PF01535PPR54798.2e-117374.4
TkA05G449380PF29070MSC6_N591439.1e-32111.3
TkA05G449380PF13812PPR_3711272.3e-67223.7
TkA05G449380PF12854PPR_1791097.7e-166538.1
TkA05G449380PF29070MSC6_N822149.1e-32111.3
TkA05G449380PF12921ATP13821120.0004520.8
TkA05G449380PF13041PPR_2831312e-180585.6
TkA05G449380PF01535PPR861158.2e-117374.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P0C7Q7拟南芥sp|P0C7Q7|PPR38_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial48.900%Swiss-Prot低置信
Q9LPX2拟南芥sp|Q9LPX2|PPR39_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12775, mitochondrial42.900%Swiss-Prot低置信
Q0WKV3拟南芥sp|Q0WKV3|PPR36_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12300, mitochondrial40.200%Swiss-Prot低置信
Q6NQ83拟南芥sp|Q6NQ83|PP247_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g22470, mitochondrial40.000%Swiss-Prot低置信
Q9FLL3拟南芥sp|Q9FLL3|PP412_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g41170, mitochondrial41.000%Swiss-Prot低置信

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