TkA05G445870 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G445870

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 111537577-111543034 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2878 bp · TkA05G445870|TK1151|cDNA

GAGAAAACCAAACTCGGACGAAAATCAGAATCCCTCTTTTTTCTCTCTCTCCTCTCACCATCATCACCGGAGTTTTGACGTCCATGGCGATGCCAAGAAATCGACGAACAACTTCCCTACGTGACTCCGATAGTCGACTCGGTGAGTCCGACAAAATTGAAGGAACCGGTAGTTGGGACGCTATTGAGTGGACCAAGATCGATCAGCCTGTTTCGAGACCTGTACCTCATGGATTATCTGATTTTTTGTTCGAAGCTGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2148 bp · TkA05G445870|TK1151|CDS

ATGCGGATTATTATTTTCGCTTTTCGTTCTCGAACCAAACAGAGACGAGCTGTGTTTGAGGCATTACTGAGGTGGGCAAGGCCACCAAGGCTATGGGATCTGTATACTTTTTCATCAGGCCCTTCAAGATTCAGCAATACAAGCCCTAGAATACGTTTAGTGAATGAATACCTACGACTCATTGGAATGAGATCACATGATCTATCACCAACCGCCATTGAAGATGGTTCTTTCACCTTCTCTAATGACTGGTGGAGAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

715 aa · TkA05G445870|TK1151|PROTEIN

MRIIIFAFRSRTKQRRAVFEALLRWARPPRLWDLYTFSSGPSRFSNTSPRIRLVNEYLRLIGMRSHDLSPTAIEDGSFTFSNDWWRITDINANYDMCPTYPFSLLLPKSIRDEDVLQACKFRARCRLPAISWCDARTGAVLARSSQPLVGLMMNMRSNADENLVGALCTQLSGGKKGRRKLYIADARPRKNALANGAMGGGSESSSNYFQSEIVFFGIDNIHAMRESLVRLRDYLDTYGTKSSDGMSSFLRNGGWTWGGG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G445870`
TK1151 ID	TkA05G445870
OH-1004 ID	LXL04_022114
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 83.784 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G445870

位置 Chr05:111537577-111543034 (-)

描述 Similar to MTM1: Phosphatidylinositol-3-phosphatase myotubularin-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g10550`	具有磷酸肌醇3'-磷酸酶活性的磷酸酶，可以以3-磷酸磷脂酰肌醇和3,5-二磷酸磷脂酰肌醇为底物，产生5-磷酸磷脂酰肌醇。	The Arabidopsis chromatin modifier ATX1, the myotubularin-like AtMTM and the response to drought.2009 · DOI: 10.4161/psb.4.11.10103
`At5g04540`	具有磷酸肌醇3'-磷酸酶活性的磷酸酶，可以以3-磷酸磷脂酰肌醇和3,5-二磷酸磷脂酰肌醇为底物，产生5-磷酸磷脂酰肌醇。	Divergent functions of the myotubularin (MTM) homologs AtMTM1 and AtMTM2 in Arabidopsis thaliana: evolution of the plant MTM family.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2012.04936.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022114 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002091 negative regulation of receptor internalization 生物过程

GO:0006661 phosphatidylinositol biosynthetic process 生物过程

GO:0016311 dephosphorylation 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0042631 cellular response to water deprivation 生物过程

GO:0045806 negative regulation of endocytosis 生物过程

GO:0046488 phosphatidylinositol metabolic process 生物过程

GO:0046856 phosphatidylinositol dephosphorylation 生物过程

GO:0060304 regulation of phosphatidylinositol dephosphorylation 生物过程

GO:0097062 dendritic spine maintenance 生物过程

GO:2000070 regulation of response to water deprivation 生物过程

GO:2000643 positive regulation of early endosome to late endosome transport 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G10550

ath:AT5G04540

bta:536810

hsa:8898

mmu:77116

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.653

排名 1 · TkA05G445870 · TK1151

细胞核0.244

排名 2 · TkA05G445870 · TK1151

高尔基体0.155

排名 3 · TkA05G445870 · TK1151

细胞膜0.108

排名 4 · TkA05G445870 · TK1151

溶酶体／液泡0.086

排名 5 · TkA05G445870 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06602Myotub-related79-455 aa

PF13350Y_phosphatase3297-325 aa

PF00102Y_phosphatase298-323 aa

PF125783-PAP488-544 aa

PF25539Bestrophin_2523-641 aa

PF15233SYCE1525-567 aa

PF30970DUF8768573-648 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G445870	`PF06602`	Myotub-related	79	455	2.1e-122	409.1
TkA05G445870	`PF13350`	Y_phosphatase3	297	325	0.064	13.9
TkA05G445870	`PF00102`	Y_phosphatase	298	323	0.17	12.2
TkA05G445870	`PF12578`	3-PAP	488	544	0.05	14.2
TkA05G445870	`PF25539`	Bestrophin_2	523	641	0.35	11.1
TkA05G445870	`PF15233`	SYCE1	525	567	0.049	14.4
TkA05G445870	`PF30970`	DUF8768	573	648	0.38	11.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4J3T8`	拟南芥	sp\|F4J3T8\|MYTM1_ARATH Phosphatidylinositol-3-phosphatase myotubularin-1	65.300%	Swiss-Prot	高置信
`F4JWB3`	拟南芥	sp\|F4JWB3\|MYTM2_ARATH Phosphatidylinositol-3-phosphatase myotubularin-2	62.900%	Swiss-Prot	高置信

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