TkA05G445830 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G445830

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 111525323-111525742 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

315 bp · TkA05G445830|TK1151|cDNA

ATGGCACCAAAGGCTGAGAAGAAACCGGCAGAGAAGAAACCAGCGGCGGAGAAGGCTCCGGCAGAGAAGAAACCGAAGGCGGAGAAGAAGCTACCGAAAATCTCAAGCAAGGCTATGGGGATTATGAATTCGTTCATCAACGATATATTTGAGAAATTGGCGCAGGAATCTTCAAAACTCGCGAGGTATAACAAGAAGCCTACTATCACTTCTAGGGAAATTCAGACCGCTGTTAGACTTGTTCTTCCTGGTGAATTGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

315 bp · TkA05G445830|TK1151|CDS

ATGGCACCAAAGGCTGAGAAGAAACCGGCAGAGAAGAAACCAGCGGCGGAGAAGGCTCCGGCAGAGAAGAAACCGAAGGCGGAGAAGAAGCTACCGAAAATCTCAAGCAAGGCTATGGGGATTATGAATTCGTTCATCAACGATATATTTGAGAAATTGGCGCAGGAATCTTCAAAACTCGCGAGGTATAACAAGAAGCCTACTATCACTTCTAGGGAAATTCAGACCGCTGTTAGACTTGTTCTTCCTGGTGAATTGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

104 aa · TkA05G445830|TK1151|PROTEIN

MAPKAEKKPAEKKPAAEKAPAEKKPKAEKKLPKISSKAMGIMNSFINDIFEKLAQESSKLARYNKKPTITSREIQTAVRLVLPGELAKHAVSEGTKAVTKFTSA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G445830`
TK1151 ID	TkA05G445830
OH-1004 ID	LXL04_022111
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	74.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G445830

位置 Chr05:111525323-111525742 (+)

描述 Similar to H2B-3: Histone H2B.3 (Fragment)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g02570`	核小体的核心成分。	暂无已核实直接文献
`At1g07790`	核小体的核心成分。	暂无已核实直接文献
`At2g37470`	核小体的核心成分。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022111 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0000786 nucleosome 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0030527 structural constituent of chromatin 分子功能

GO:0046982 protein heterodimerization activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G37470

ath:AT3G45980

mtr:11417139

mtr:11442767

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.888

排名 1 · TkA05G445830 · TK1151

细胞质0.135

排名 2 · TkA05G445830 · TK1151

细胞外0.056

排名 3 · TkA05G445830 · TK1151

线粒体0.021

排名 4 · TkA05G445830 · TK1151

细胞膜0.017

排名 5 · TkA05G445830 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17671DUF55314-60 aa

PF29070MSC6_N14-94 aa

PF01873eIF-5_eIF-2B24-92 aa

PF26281Histone_ABTB26-102 aa

PF00808CBFD_NFYB_HMF29-78 aa

PF00125Histone33-80 aa

PF03847TFIID_20kDa39-76 aa

PF17671DUF553158-100 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G445830	`PF17671`	DUF5531	4	60	0.47	11.1
TkA05G445830	`PF29070`	MSC6_N	14	94	0.028	14.2
TkA05G445830	`PF01873`	eIF-5_eIF-2B	24	92	0.25	11.9
TkA05G445830	`PF26281`	Histone_ABTB	26	102	1.1e-07	32.2
TkA05G445830	`PF00808`	CBFD_NFYB_HMF	29	78	0.0017	19.3
TkA05G445830	`PF00125`	Histone	33	80	6.9e-13	49.5
TkA05G445830	`PF03847`	TFIID_20kDa	39	76	0.11	13.7
TkA05G445830	`PF17671`	DUF5531	58	100	0.47	11.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LZ45`	拟南芥	sp\|Q9LZ45\|H2B9_ARATH Histone H2B.9	66.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LQQ4`	拟南芥	sp\|Q9LQQ4\|H2B1_ARATH Histone H2B.1	100.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9ZUS0`	拟南芥	sp\|Q9ZUS0\|H2B4_ARATH Histone H2B.4	98.600%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情