TkA05G445620 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G445620

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 111467238-111471375 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2284 bp · TkA05G445620|TK1151|cDNA

GAATTTTCATGCTTTTTAGGCATCCATCAAATTACCACGTGTCCCTGTTCTCTCTCTACCCTTCTTTCTCGCTCTAACTTTGTTCCCTCCATCCCTCCCCTTTGTAGAACAAATTATTGACAAAAAACCAAAAAAGTGATGAAAAATAGAAGGATACATCGATAAAAAAACGAATTCCCCATCATTTACTCAAATGGGTCTTCTTTCTCATCTTCAATCTCCATCTTTCCCCTTCAATTTTGCTTTTTAGGGTTTTGAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1512 bp · TkA05G445620|TK1151|CDS

ATGATGGCAATACTTGGGGGCGAAATGGAGAAGGATATTGAATCGAAGCTACATATCCAGGACAATTCAGCTAACCGCGGGGGCGGCAAAGATATTAACAAATCTAGTAGCTTTAAATTTAGGGCACCACAAGAGAATTTCACCATCCAGGATTTCGAAATGGGGAAGATCTATGGTGTTGGTTCTTATTCAAAGGTTGTAAGAGCAAGAAAGAAAGATACAGGAAAAGTGTATGCTTTAAAGATCATGGATAAAAAATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

503 aa · TkA05G445620|TK1151|PROTEIN

MMAILGGEMEKDIESKLHIQDNSANRGGGKDINKSSSFKFRAPQENFTIQDFEMGKIYGVGSYSKVVRARKKDTGKVYALKIMDKKFITKENKTAYVKLERIVLDQLTHPGIVQLHFTFQDTFSLYMALESCEGGELFDQITRKGRLTEDEARFYAAEVIDALEYIHNLGLIHRDIKPENLLLTSDGHIKIADFGSVKPMQDSQITVLPNAASDDKACTFVGTAAYVPPEVLNSSPATIGNDLWALGCTLFQMLSGTSPF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G445620`
TK1151 ID	TkA05G445620
OH-1004 ID	LXL04_035944
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	36.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 56.064 / OH-1004 57.537 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G445620

位置 Chr05:111467238-111471375 (+)

描述 Similar to ATPK2: Serine/threonine-protein kinase AtPK2/AtPK19

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g10540`	3-磷脂肌醇依赖性蛋白激酶 2。	暂无已核实直接文献
`At5g04510`	可能将脂质信号与所谓的 AGC 激酶家族的几种蛋白激酶的激活环磷酸化结合。	Characterisation of a plant 3-phosphoinositide-dependent protein kinase-1 homologue which contains a pleckstrin homology domain.1999 · DOI: 10.1016/s0014-5793(99)00556-6 A protein kinase target of a PDK1 signalling pathway is involved in root hair growth in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7600068 Arabidopsis TARGET OF RAPAMYCIN interacts with RAPTOR, which regulates the activity of S6 kinase in response to osmotic stress signals.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.035931 Phosphorylation and activation of PINOID by the phospholipid signaling kinase 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1 (PDK1) in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1073/pnas.0510283103 Structural and functional insights into the regulation of Arabidopsis AGC VIIIa kinases.2006 · DOI: 10.1074/jbc.m605167200

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035944 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000281 mitotic cytokinesis 生物过程

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0007163 establishment or maintenance of cell polarity 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0030010 establishment of cell polarity 生物过程

GO:0030011 maintenance of cell polarity 生物过程

GO:0030334 regulation of cell migration 生物过程

GO:0031036 myosin II filament assembly 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G08720

ath:AT3G08730

ddi:DDB_G0268620

ddi:DDB_G0277449

ddi:DDB_G0290157

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.689

排名 1 · TkA05G445620 · TK1151

细胞核0.281

排名 2 · TkA05G445620 · TK1151

细胞膜0.174

排名 3 · TkA05G445620 · TK1151

高尔基体0.066

排名 4 · TkA05G445620 · TK1151

溶酶体／液泡0.060

排名 5 · TkA05G445620 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069Pkinase53-319 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr54-303 aa

PF14531Kinase-like59-102 aa

PF03109ABC159-84 aa

PF14531Kinase-like149-269 aa

PF01636APH157-189 aa

PF03109ABC1162-205 aa

PF14593PH_3400-502 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G445620	`PF00069`	Pkinase	53	319	3.4e-66	224.0
TkA05G445620	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	54	303	1e-28	101.1
TkA05G445620	`PF14531`	Kinase-like	59	102	2.8e-08	34.1
TkA05G445620	`PF03109`	ABC1	59	84	0.0016	18.4
TkA05G445620	`PF14531`	Kinase-like	149	269	2.8e-08	34.1
TkA05G445620	`PF01636`	APH	157	189	0.078	13.4
TkA05G445620	`PF03109`	ABC1	162	205	0.0016	18.4
TkA05G445620	`PF14593`	PH_3	400	502	4.9e-29	101.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q4V3C8`	拟南芥	sp\|Q4V3C8\|PDPK2_ARATH 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 2	76.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q9XF67`	拟南芥	sp\|Q9XF67\|PDPK1_ARATH 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1	72.300%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情