TkA05G438870 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G438870

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 109598106-109598768 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

663 bp · TkA05G438870|TK1151|cDNA

ATGAGGCAAGAAGCTGAAGAAACATTTAATTCCATGGTGAGATCGGGTATTAAACCCGATCTACTTGCTTATTCGGTAATGTTAGATGTTTTATTAAGATTTGATGTAGGTAAAGCTATGATGTTGTATAACAACATGGTTCGTGATGGGTTCACACTTGATTTGTCGCTTTATGAGCTTTTAATGAAATCTCTTCACCATGAAAACAGAGAAAATCAGGTTGAAAAGGTAATTGAAGATATGCGGAAGTTATGTAATTT...

CDS

下载 CDS FASTA

663 bp · TkA05G438870|TK1151|CDS

ATGAGGCAAGAAGCTGAAGAAACATTTAATTCCATGGTGAGATCGGGTATTAAACCCGATCTACTTGCTTATTCGGTAATGTTAGATGTTTTATTAAGATTTGATGTAGGTAAAGCTATGATGTTGTATAACAACATGGTTCGTGATGGGTTCACACTTGATTTGTCGCTTTATGAGCTTTTAATGAAATCTCTTCACCATGAAAACAGAGAAAATCAGGTTGAAAAGGTAATTGAAGATATGCGGAAGTTATGTAATTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

220 aa · TkA05G438870|TK1151|PROTEIN

MRQEAEETFNSMVRSGIKPDLLAYSVMLDVLLRFDVGKAMMLYNNMVRDGFTLDLSLYELLMKSLHHENRENQVEKVIEDMRKLCNLNPQVISSTLVKGGSYDYAAKMFKLAILEGYDLDHESLLSILSSYSSSGRHPEALDLLDFLKEHAPESGRIITEALIVILCRSNQLDAAIDEYRKSRNSNTLSGSSSMYESLIEGCESAKLFSEASQVLFRSCW

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G438870`
TK1151 ID	TkA05G438870
OH-1004 ID	LXL04_022008
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 91.364 / OH-1004 49.024 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G438870

位置 Chr05:109598106-109598768 (+)

描述 Similar to LBD1: LOB domain-containing protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g18110`	可能在胚胎发生中起作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022008 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009736 cytokinin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程

GO:0010016 shoot system morphogenesis 生物过程

GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0080117 secondary growth 生物过程

GO:2000377 regulation of reactive oxygen species metabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G07900

ath:AT1G16530

ath:AT2G28500

ath:AT2G30130

ath:AT3G18110

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.653

排名 1 · TkA05G438870 · TK1151

质体0.189

排名 2 · TkA05G438870 · TK1151

细胞核0.093

排名 3 · TkA05G438870 · TK1151

细胞质0.053

排名 4 · TkA05G438870 · TK1151

细胞膜0.014

排名 5 · TkA05G438870 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13812PPR_32-30 aa

PF13041PPR_23-31 aa

PF29070MSC6_N3-80 aa

PF01535PPR4-17 aa

PF17177PPR_long4-84 aa

PF23276TPR_245-45 aa

PF01535PPR35-51 aa

PF13041PPR_236-65 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G438870	`PF13812`	PPR_3	2	30	1.5e-07	32.1
TkA05G438870	`PF13041`	PPR_2	3	31	9.6e-16	58.4
TkA05G438870	`PF29070`	MSC6_N	3	80	2.2e-05	24.4
TkA05G438870	`PF01535`	PPR	4	17	6.9e-11	42.3
TkA05G438870	`PF17177`	PPR_long	4	84	0.0044	17.1
TkA05G438870	`PF23276`	TPR_24	5	45	0.036	14.7
TkA05G438870	`PF01535`	PPR	35	51	6.9e-11	42.3
TkA05G438870	`PF13041`	PPR_2	36	65	9.6e-16	58.4
TkA05G438870	`PF29070`	MSC6_N	38	92	2.2e-05	24.4
TkA05G438870	`PF10366`	Vps39_1	41	92	0.019	16.0
TkA05G438870	`PF13812`	PPR_3	42	83	1.5e-07	32.1
TkA05G438870	`PF13041`	PPR_2	57	83	9.6e-16	58.4
TkA05G438870	`PF12921`	ATP13	57	150	0.0056	17.3
TkA05G438870	`PF01535`	PPR	58	83	6.9e-11	42.3
TkA05G438870	`PF01535`	PPR	96	112	6.9e-11	42.3
TkA05G438870	`PF23276`	TPR_24	107	183	0.036	14.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q5G1S8`	拟南芥	sp\|Q5G1S8\|PP241_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g18110, chloroplastic	53.400%	Swiss-Prot	中等置信

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