TkA05G437060 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G437060

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 109131596-109134308 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2358 bp · TkA05G437060|TK1151|cDNA

ATAAAAAACACTATAATATAATAACTTTTTTTAAACGTAGTTAACACAAAAACAAACCTCGAGGATAGTTTATGTAACATCAATAAACTCCAAGGACTAAACAGAATCATCTGCTGAAGTTGCAGTATATGAACCTTCTCAGCATTTTCCTCGTGTTGTAGTCTATACTTTGTTCTGTGTATCGATAGGCAAATACCATTGGAACTCTCCCATTTGTAACTACTTGTGAAACACCTCAGATTCTAGAGTTTGGTCGCTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

486 bp · TkA05G437060|TK1151|CDS

ATGGCCGTGAAAGGTGCTAGCAGCGAGATCGTCAAATTACTGCTCGAAGCTGACGCCGCCATCGTTATGCTGCCGGACAAATCCGGTTTCACCGCATTACACGTAGCCACGAGAAAAAAGAGAGCAGAGATAGTAAACGAACTGCTTAGTCTGCCGGATACGAACGTTAACGCGTTAACCAGAGATCACAAAACGGCTCTAGACATAGCCGAAGGGCTTTCGTTATCGGAAGAATCCGCCGACATACGCGCGTGTTTAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

161 aa · TkA05G437060|TK1151|PROTEIN

MAVKGASSEIVKLLLEADAAIVMLPDKSGFTALHVATRKKRAEIVNELLSLPDTNVNALTRDHKTALDIAEGLSLSEESADIRACLVRCGGVRANDLNQPRDELRKTVTQIKNDVHIQLLQTKKKQTKTSMESLKSFENCTAKESTTPPIPSPSSPCSSQQ

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G437060`
TK1151 ID	TkA05G437060
OH-1004 ID	LXL04_021984
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 46.584 / OH-1004 12.690 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G437060

位置 Chr05:109131596-109134308 (+)

描述 Similar to ITN1: Ankyrin repeat-containing protein ITN1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g12360`	参与耐盐胁迫。	ITN1, a novel gene encoding an ankyrin-repeat protein that affects the ABA-mediated production of reactive oxygen species and is involved in salt-stress tolerance in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03614.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0837000`	参与耐盐胁迫。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021984 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G01680

ath:AT3G12360

ath:AT5G02620

dosa:Os01g0837000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.563

排名 1 · TkA05G437060 · TK1151

细胞核0.378

排名 2 · TkA05G437060 · TK1151

线粒体0.101

排名 3 · TkA05G437060 · TK1151

细胞膜0.083

排名 4 · TkA05G437060 · TK1151

高尔基体0.045

排名 5 · TkA05G437060 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13857Ank_51-19 aa

PF13606Ank_31-19 aa

PF12796Ank_22-57 aa

PF00023Ank2-21 aa

PF13637Ank_48-45 aa

PF13857Ank_514-70 aa

PF00023Ank29-60 aa

PF13606Ank_329-57 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G437060	`PF13857`	Ank_5	1	19	4.2e-08	34.1
TkA05G437060	`PF13606`	Ank_3	1	19	0.00039	21.3
TkA05G437060	`PF12796`	Ank_2	2	57	3.3e-08	34.7
TkA05G437060	`PF00023`	Ank	2	21	9.9e-08	32.6
TkA05G437060	`PF13637`	Ank_4	8	45	0.00045	21.2
TkA05G437060	`PF13857`	Ank_5	14	70	4.2e-08	34.1
TkA05G437060	`PF00023`	Ank	29	60	9.9e-08	32.6
TkA05G437060	`PF13606`	Ank_3	29	57	0.00039	21.3
TkA05G437060	`PF13637`	Ank_4	45	70	0.00045	21.2
TkA05G437060	`PF00023`	Ank	64	70	9.9e-08	32.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C7A2`	拟南芥	sp\|Q9C7A2\|ITN1_ARATH Ankyrin repeat-containing protein ITN1	80.000%	Swiss-Prot	低置信
`A2CIR5`	水稻	sp\|A2CIR5\|NPR4_ORYSJ Ankyrin repeat-containing protein NPR4	68.800%	Swiss-Prot	低置信

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