LXL04_021984 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021984

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 141864595-141866724 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1776 bp · LXL04_021984|LXL04_021984|OH1004|cDNA

ATGCAATCAGCCATGGATGAAGGAATAGGAGGTTTATCGAAGCGCCACATGACTCCATCAAAGCAAATTCAAAATTCTAACCCTAGTTGTGATCAATCACCATTACCATCACCATCACCATCTCCATCTTCTACATCTGCTCCGGCACTGGTACTAACTGCTTCCGGTAAGCGGATTGATCAGGTAGGGAAGAAGAAATACGTGAAGCAAGTGACAGGAAAACATAACGACACCGAGCTACACTTAGCAGCCCAAAGAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1776 bp · LXL04_021984|LXL04_021984|OH1004|CDS

ATGCAATCAGCCATGGATGAAGGAATAGGAGGTTTATCGAAGCGCCACATGACTCCATCAAAGCAAATTCAAAATTCTAACCCTAGTTGTGATCAATCACCATTACCATCACCATCACCATCTCCATCTTCTACATCTGCTCCGGCACTGGTACTAACTGCTTCCGGTAAGCGGATTGATCAGGTAGGGAAGAAGAAATACGTGAAGCAAGTGACAGGAAAACATAACGACACCGAGCTACACTTAGCAGCCCAAAGAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

591 aa · LXL04_021984|LXL04_021984|OH1004|PROTEIN

MQSAMDEGIGGLSKRHMTPSKQIQNSNPSCDQSPLPSPSPSPSSTSAPALVLTASGKRIDQVGKKKYVKQVTGKHNDTELHLAAQRGDLAAVKQILDGINSQMVGTLVGADFDAEVAEIRASVVNEVNELGETALYTASEKGHLEVVKELLKYSDKDIILRRSRLEFDALHVAASEGHHAIVELLLNHDVTLCQTRSQGNATPLITAASKGHTAVVNELLSKDPTLLNVPRSNGKNALHLAARSGHVETLKILLDKDSYL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021984`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021984

位置 Chr04:141864595-141866724 (+)

描述 Similar to ITN1: Ankyrin repeat-containing protein ITN1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g12360`	参与耐盐胁迫。	ITN1, a novel gene encoding an ankyrin-repeat protein that affects the ABA-mediated production of reactive oxygen species and is involved in salt-stress tolerance in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03614.x
`At2g01680`	含锚蛋白重复的蛋白 At2g01680。	暂无已核实直接文献
`At5g02620`	含锚蛋白重复序列的蛋白At5g02620。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0837000`	参与耐盐胁迫。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021984 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G01680

ath:AT3G12360

ath:AT5G02620

dosa:Os01g0837000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.836

排名 1 · LXL04_021984 · OH-1004

细胞质0.097

排名 2 · LXL04_021984 · OH-1004

细胞核0.074

排名 3 · LXL04_021984 · OH-1004

内质网0.066

排名 4 · LXL04_021984 · OH-1004

溶酶体／液泡0.028

排名 5 · LXL04_021984 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12796.14Ank_276-156 aa

PF12796.14Ank_280-190 aa

PF24521.3Ank_KRIT1132-222 aa

PF13637.13Ank_4136-186 aa

PF12796.14Ank_2170-257 aa

PF13637.13Ank_4170-216 aa

PF13857.13Ank_5185-241 aa

PF13637.13Ank_4205-254 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021984	`PF12796.14`	Ank_2	76	156	3.2e-49	166.1
LXL04_021984	`PF12796.14`	Ank_2	80	190	3.2e-49	166.1
LXL04_021984	`PF24521.3`	Ank_KRIT1	132	222	4.6e-14	53.1
LXL04_021984	`PF13637.13`	Ank_4	136	186	1.7e-31	108.3
LXL04_021984	`PF12796.14`	Ank_2	170	257	3.2e-49	166.1
LXL04_021984	`PF13637.13`	Ank_4	170	216	1.7e-31	108.3
LXL04_021984	`PF13857.13`	Ank_5	185	241	6.1e-30	103.7
LXL04_021984	`PF13637.13`	Ank_4	205	254	1.7e-31	108.3
LXL04_021984	`PF00023.37`	Ank	233	256	1.1e-38	129.7
LXL04_021984	`PF13637.13`	Ank_4	238	288	1.7e-31	108.3
LXL04_021984	`PF13857.13`	Ank_5	261	292	6.1e-30	103.7
LXL04_021984	`PF12796.14`	Ank_2	262	330	3.2e-49	166.1
LXL04_021984	`PF00023.37`	Ank	268	294	1.1e-38	129.7
LXL04_021984	`PF13857.13`	Ank_5	287	343	6.1e-30	103.7
LXL04_021984	`PF13962.12`	PGG	415	521	1.1e-28	100.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C7A2`	拟南芥	Ankyrin repeat-containing protein ITN1	77.544%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZU96`	拟南芥	Ankyrin repeat-containing protein At2g01680	41.843%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6AWW5`	拟南芥	Ankyrin repeat-containing protein At5g02620	40.900%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A2CIR5`	水稻	Ankyrin repeat-containing protein NPR4	62.385%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情