TkA05G435840 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G435840

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 108801064-108804025 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1483 bp · TkA05G435840|TK1151|cDNA

AGAGTGGAGAGTCATGGAATTTGTGCAAAAGAAGTGGATTACTTCTCTAGCTTTCTCATGACATGCAACCCATAAGCATATTGCAATGCTATATATAAACCCCATTGCCCTCATCTTCTTCTCACCAACAAACACACACAGTTCCAAACTATCAAAACAACATGACACTAGAAAATCTAAAGCCATATTTAGCTGTCATCTTTTTGCAATTTGGCAATGCAGGTTTAGTTGTAATTGCCAAAGCTGCTCTTAATCATGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1155 bp · TkA05G435840|TK1151|CDS

ATGACACTAGAAAATCTAAAGCCATATTTAGCTGTCATCTTTTTGCAATTTGGCAATGCAGGTTTAGTTGTAATTGCCAAAGCTGCTCTTAATCATGGCATGAATCACTACACTTTCGCAGTTTATCGAAACCTCGTTGCCACCCTAGTTATCGCTCCTTTTGCCCTCTTCTTTGAAAGGAAAGGGAGGCCAAAACTGACGTTTTCGATTTTCGTCAAGATAATGTTGCTAGGACTCTTGGAGCCCGTTATCGATCAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

384 aa · TkA05G435840|TK1151|PROTEIN

MTLENLKPYLAVIFLQFGNAGLVVIAKAALNHGMNHYTFAVYRNLVATLVIAPFALFFERKGRPKLTFSIFVKIMLLGLLEPVIDQNLYYAGMQYTTATFAIAMCNIIPAMTFLMAWVCRLEKVNIKKIHSIGKIVGTLVTVGGAMIMTIVVGPTIGLPWTKGSATAHNQQPTAAVSPGDNLKGSMMIIAGCLSWSCFYIVQALTLRVYPAELSLTALICAAGTLQGSIVTIIAERGNNEAWKLQWDAGLVTIVYGGVIC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G435840`
TK1151 ID	TkA05G435840
OH-1004 ID	LXL04_021964
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G435840

位置 Chr05:108801064-108804025 (+)

描述 Similar to At2g39510: WAT1-related protein At2g39510

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g39510`	WAT1 相关蛋白 At2g39510。	暂无已核实直接文献
`At2g37460`	与WAT1相关的蛋白At2g37460。	暂无已核实直接文献
`At4g08290`	WAT1相关蛋白At4g08290。	暂无已核实直接文献
`At1g21890`	与WAT1相关的蛋白At1g21890。	暂无已核实直接文献
`At1g44800`	WAT1相关蛋白 At1g44800。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021964 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006865 amino acid transport 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0032973 amino acid export across plasma membrane 生物过程

GO:0043090 amino acid import 生物过程

GO:0048316 seed development 生物过程

GO:0080144 intracellular amino acid homeostasis 生物过程

GO:0098712 L-glutamate import across plasma membrane 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0015171 amino acid transmembrane transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G21890

ath:AT1G44800

ath:AT2G37460

ath:AT2G39510

ath:AT4G08290

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.519

排名 1 · TkA05G435840 · TK1151

溶酶体／液泡0.185

排名 2 · TkA05G435840 · TK1151

内质网0.149

排名 3 · TkA05G435840 · TK1151

高尔基体0.075

排名 4 · TkA05G435840 · TK1151

细胞质0.074

排名 5 · TkA05G435840 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00892EamA9-140 aa

PF05653Mg_trans_NIPA30-73 aa

PF10639TMEM23488-147 aa

PF20712CyanoTRADDas_TM136-146 aa

PF09534Trp_oprn_chp155-192 aa

PF00892EamA183-322 aa

PF10639TMEM234209-260 aa

PF20712CyanoTRADDas_TM213-268 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G435840	`PF00892`	EamA	9	140	3.2e-27	96.1
TkA05G435840	`PF05653`	Mg_trans_NIPA	30	73	0.00087	19.3
TkA05G435840	`PF10639`	TMEM234	88	147	2.7	8.8
TkA05G435840	`PF20712`	CyanoTRADDas_TM	136	146	7.7	7.4
TkA05G435840	`PF09534`	Trp_oprn_chp	155	192	0.87	10.2
TkA05G435840	`PF00892`	EamA	183	322	3.2e-27	96.1
TkA05G435840	`PF10639`	TMEM234	209	260	2.7	8.8
TkA05G435840	`PF20712`	CyanoTRADDas_TM	213	268	7.7	7.4
TkA05G435840	`PF05653`	Mg_trans_NIPA	246	324	0.00087	19.3
TkA05G435840	`PF09534`	Trp_oprn_chp	276	323	0.87	10.2
TkA05G435840	`PF10639`	TMEM234	280	321	2.7	8.8
TkA05G435840	`PF20712`	CyanoTRADDas_TM	308	326	7.7	7.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80638`	拟南芥	sp\|O80638\|WTR14_ARATH WAT1-related protein At2g39510	56.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZUS1`	拟南芥	sp\|Q9ZUS1\|WTR13_ARATH WAT1-related protein At2g37460	53.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SUF1`	拟南芥	sp\|Q9SUF1\|WTR31_ARATH WAT1-related protein At4g08290	47.100%	Swiss-Prot	中等置信
`F4HZQ7`	拟南芥	sp\|F4HZQ7\|WTR5_ARATH WAT1-related protein At1g21890	48.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LPF1`	拟南芥	sp\|Q9LPF1\|WTR8_ARATH WAT1-related protein At1g44800	44.900%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情