RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G416030
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 103524206-103528248 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1663 bp · TkA05G416030|TK1151|cDNA

CTATACCCCAAGATATTTTTATCCTCATCGGTATCATCTCTTTTCTGCAGATTAGGGTTTTGCTGTTTCGCCATCTGAAGGTAAAATGAGGCCCATTTTCTGTGGGAATTTTGAATTTGATGCACGACAGGGTGAACTTGAGAGACTCTTCAGAAAATATGGAAAAGTTGATCGAGTGGATATGAAGTCTGGATTTCTCCAAACTACCCTTGGCTGATGGATGATCATTCACATTACCACATTCCATTTCCAGGCCATGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1089 bp · TkA05G416030|TK1151|CDS

ATGAGGCCCATTTTCTGTGGGAATTTTGAATTTGATGCACGACAGGGTGAACTTGAGAGACTCTTCAGAAAATATGGAAAAGTTGATCGAGTGGATATGAAGTCTGGGTTTGCTTTTGTCTATATGGAGGATGAAAGAGATGCTGAAGATGCTATTCGTGCACTTGACCGCTATGAATTTGGTAGGAAGGGACGCCGACTTCGTGTTGAGTGGACAAAGCAAGAACGCAGTGTGAGACAACCCGCAAGTTCTAGAAGATC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

362 aa · TkA05G416030|TK1151|PROTEIN

MRPIFCGNFEFDARQGELERLFRKYGKVDRVDMKSGFAFVYMEDERDAEDAIRALDRYEFGRKGRRLRVEWTKQERSVRQPASSRRSSSNSRPSKTLFVINFDPYNTRTRDLERHFDPYGKILNIRIRRNFAFIQFELQEDATKALEATNMSKIMDRVISVEYAIKDDDDRRSGGSPGGGRDRSPRRRSGDDRRSPSPYRRERGSPDYGRARDRASPDYGRGRGRSPSPHRRDRGSPDYTRGASPSPGLNGGGTRRDGTA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G416030
TK1151 IDTkA05G416030
OH-1004 IDLXL04_018887
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)48.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 19.061 / OH-1004 22.785
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G416030
位置Chr05:103524206-103528248 (-)
描述Similar to SR34: Serine/arginine-rich-splicing factor SR34
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g52040 可能需要进行构成型及可变前 mRNA 剪接。
A KH-domain RNA-binding protein interacts with FIERY2/CTD phosphatase-like 1 and splicing factors and is important for pre-mRNA splicing in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003875
The RNA-binding protein HOS5 and serine/arginine-rich proteins RS40 and RS41 participate in miRNA biogenesis in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1093/nar/gkv751
At4g25500 可能需要进行构成型及可变前 mRNA 剪接。
A KH-domain RNA-binding protein interacts with FIERY2/CTD phosphatase-like 1 and splicing factors and is important for pre-mRNA splicing in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003875
The RNA-binding protein HOS5 and serine/arginine-rich proteins RS40 and RS41 participate in miRNA biogenesis in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1093/nar/gkv751
At3g61860 需要进行构成型及可变前 mRNA 剪接。 暂无已核实直接文献
At2g46610 可能参与内含子识别和剪接体组装。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018887 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000381 regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0016607 nuclear speck 细胞组分
GO:0035061 interchromatin granule 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G02840
ath:AT1G09140
ath:AT3G49430
ath:AT4G02430
gga:772264
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.972
排名 1 · TkA05G416030 · TK1151
细胞质0.150
排名 2 · TkA05G416030 · TK1151
细胞膜0.014
排名 3 · TkA05G416030 · TK1151
细胞外0.009
排名 4 · TkA05G416030 · TK1151
线粒体0.008
排名 5 · TkA05G416030 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00076RRM_14-62 aa
PF08675RNA_bind12-55 aa
PF11767SET_assoc17-60 aa
PF28976RRM_ACIN117-69 aa
PF13893RRM_518-85 aa
PF09902DUF212920-61 aa
PF16842RRM_occluded21-69 aa
PF14605Nup35_RRM_222-51 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G416030PF00076RRM_14622e-30105.1
TkA05G416030PF08675RNA_bind12550.0002721.6
TkA05G416030PF11767SET_assoc17600.0713.5
TkA05G416030PF28976RRM_ACIN117690.2112.4
TkA05G416030PF13893RRM_518850.0006820.0
TkA05G416030PF09902DUF212920610.08313.7
TkA05G416030PF16842RRM_occluded21690.02715.0
TkA05G416030PF14605Nup35_RRM_222514e-0524.1
TkA05G416030PF03880DbpA27700.0006120.6
TkA05G416030PF29326RRM_MUD2_C28610.09213.5
TkA05G416030PF13893RRM_5891610.0006820.0
TkA05G416030PF00076RRM_1971592e-30105.1
TkA05G416030PF08675RNA_bind971540.0002721.6
TkA05G416030PF11767SET_assoc1071590.0713.5
TkA05G416030PF14605Nup35_RRM_21141464e-0524.1
TkA05G416030PF09902DUF21291141350.08313.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P92966拟南芥sp|P92966|SRS41_ARATH Serine/arginine-rich splicing factor RS4169.200%Swiss-Prot中等置信
P92965拟南芥sp|P92965|RS40_ARATH Serine/arginine-rich splicing factor RS4068.400%Swiss-Prot中等置信
P92964拟南芥sp|P92964|SRS31_ARATH Serine/arginine-rich splicing factor RS3167.700%Swiss-Prot低置信
Q9ZPX8拟南芥sp|Q9ZPX8|RS31A_ARATH Serine/arginine-rich splicing factor RS31A61.100%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看