TkA05G413680 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G413680

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 102928084-102930244 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1062 bp · TkA05G413680|TK1151|cDNA

AAAACCCTAAACCCTTGTTCCTATAAGAAGCTTCTGCTAGATACTTCACAGTTCTCACATAAACCCTAGCTAGCACAACCGTCGTAATCCTCTTATCGATATCAAGCATGAGGGCTCCAATCAGAGGAGGACGTGGTGGAGGCGGTGGTAGGGGACGCGGTGGAGGCAGAGGAGGACGTGGTGGTGGAATGAAAGGAGGAAGTAAGGTTATAGTTGAGCCACACAGACACGACGGTGTGTTTATTGCTAAAGGGAAGGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

921 bp · TkA05G413680|TK1151|CDS

ATGAGGGCTCCAATCAGAGGAGGACGTGGTGGAGGCGGTGGTTTCAGGGGTGGCCGTGGAGATGGCGGCGGTAGAGGAGGGGGCAGAGGGAGAGGAGGAGGAGGATTCAGTGGCGGAAGAGGTGCTGGTGGAAGGGGCGGTGGTAGGGGACGCGGTGGAGGCAGAGGAGGACGTGGTGGTGGAATGAAAGGAGGAAGTAAGGTTATAGTTGAGCCACACAGACACGACGGTGTGTTTATTGCTAAAGGGAAGGAAGATGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

306 aa · TkA05G413680|TK1151|PROTEIN

MRAPIRGGRGGGGGFRGGRGDGGGRGGGRGRGGGGFSGGRGAGGRGGGRGRGGGRGGRGGGMKGGSKVIVEPHRHDGVFIAKGKEDALCTRNMVPGEAVYNEKRISVQNEDGTKVEYRVWNPFRSKLAAAVLGGVDNIWMKPGSRVLYLGAASGTTVSHVSDLVGPTGAVYAVEFSHRSGRDLVNMAKKRTNVIPIIEDARHPAKYRMLVSMVDVIFSDVAQPDQARILALNASYFLKSGGYFVISIKANCIDSTVPAEA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G413680`
TK1151 ID	TkA05G413680
OH-1004 ID	LXL04_021648
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G413680

位置 Chr05:102928084-102930244 (-)

描述 Similar to FIB1: rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g52470`	依赖S-腺苷-L-甲硫氨酸的甲基转移酶，具有甲基化RNA和蛋白质的能力（可能）。	Fibrillarin genes encode both a conserved nucleolar protein and a novel small nucleolar RNA involved in ribosomal RNA methylation in Arabidopsis thaliana.2000 · DOI: 10.1074/jbc.m002996200 Novel Ribonuclease Activity Differs between Fibrillarins from Arabidopsis thaliana.2017 · DOI: 10.3389/fpls.2017.01878
`At4g25630`	依赖S-腺苷-L-甲硫氨酸的甲基转移酶，具有甲基化RNA和蛋白质的能力（可能）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021648 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000451 rRNA 2'-O-methylation 生物过程

GO:0000494 box C/D sno(s)RNA 3'-end processing 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0016074 sno(s)RNA metabolic process 生物过程

GO:0016556 mRNA modification 生物过程

GO:0030490 maturation of SSU-rRNA 生物过程

GO:0031167 rRNA methylation 生物过程

GO:0042274 ribosomal small subunit biogenesis 生物过程

GO:0048254 snoRNA localization 生物过程

GO:0001650 fibrillar center 细胞组分

GO:0001651 dense fibrillar component 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G25630

ath:AT5G52470

hsa:2091

mmu:14113

rno:292747

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.875

排名 1 · TkA05G413680 · TK1151

细胞质0.225

排名 2 · TkA05G413680 · TK1151

线粒体0.019

排名 3 · TkA05G413680 · TK1151

细胞膜0.018

排名 4 · TkA05G413680 · TK1151

细胞外0.015

排名 5 · TkA05G413680 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01189Methyltr_RsmB-F68-82 aa

PF01269Fibrillarin70-297 aa

PF08704GCD14138-233 aa

PF01135PCMT138-190 aa

PF13847Methyltransf_31141-252 aa

PF01189Methyltr_RsmB-F142-219 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G413680	`PF01189`	Methyltr_RsmB-F	68	82	0.0065	16.9
TkA05G413680	`PF01269`	Fibrillarin	70	297	2.2e-109	364.6
TkA05G413680	`PF08704`	GCD14	138	233	1.9e-05	25.2
TkA05G413680	`PF01135`	PCMT	138	190	0.05	14.1
TkA05G413680	`PF13847`	Methyltransf_31	141	252	0.0017	18.8
TkA05G413680	`PF01189`	Methyltr_RsmB-F	142	219	0.0065	16.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FEF8`	拟南芥	sp\|Q9FEF8\|FBRL1_ARATH rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin 1	91.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q94AH9`	拟南芥	sp\|Q94AH9\|FBRL2_ARATH rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin 2	91.700%	Swiss-Prot	高置信

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