TkA05G379110 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G379110

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 94186865-94188994 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1429 bp · TkA05G379110|TK1151|cDNA

CTTATACCTCCTTGCAGGAAGTATGTAGTTCATCCTGCTCCCCTTTTCTCTTTCAAATGGCTCCCCCTCTCTCTAGATTAATCGAGAATTTATTCATCTGATTTTATTCTTCAAACAAGAATCAAGCAACAATTTCATTGTAGAACCGCTATTTTAGTTCAGGGAACAATTTATTGAGAAAATGCAGAACTACACCGATTTTCCGTTCAGTGGCGACGAAGACAACAAACTGTGGACTTCGTTCATCGAACAATCGGACG...

CDS

下载 CDS FASTA

993 bp · TkA05G379110|TK1151|CDS

ATGCAGAACTACACCGATTTTCCGTTCAGTGGCGACGAAGACAACAAACTGTGGACTTCGTTCATCGAACAATCGGACGGCAGCGCGTATGATGATTTCGACACATCTCTTTACTCTCCGATCTTCCCTACCAGTACTCCACCTCATCACTTCCCCGGAACTCCAAACACGGCATCCCTTCCACTACCGCCGATCGTCCTTGATTATAGCCGCAAACATTCAATGGATTTTGCTCCGTTTCAAGATCTAATCGACCGCCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

330 aa · TkA05G379110|TK1151|PROTEIN

MQNYTDFPFSGDEDNKLWTSFIEQSDGSAYDDFDTSLYSPIFPTSTPPHHFPGTPNTASLPLPPIVLDYSRKHSMDFAPFQDLIDRRNWCLSNLRLTAKEAEALRQENVNLHMANSELNKQLSHLQQQAASASSLQNYANATIYPSTKALADRFGRMRVGEKGPTATDKRSAARGVENVDPVKKTEAERVKLPKSISVRSNGYLKTIQAGDGTAGRPRAVDRVKTGSDTQRVYVRGKKEEAPLELQVYNQGMTKTELCNK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G379110`
TK1151 ID	TkA05G379110
OH-1004 ID	LXL04_009520
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	90.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 22.727 / OH-1004 86.207 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G379110

位置 Chr05:94186865-94188994 (+)

描述 Protein of unknown function

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g68200`	可能作为转录因子发挥作用，激活参与次生细胞壁生物合成的基因。	The Arabidopsis CALLOSE DEFECTIVE MICROSPORE1 gene is required for male fertility through regulating callose metabolism during microsporogenesis.2014 · DOI: 10.1104/pp.113.233387 Arabidopsis C3H14 and C3H15 have overlapping roles in the regulation of secondary wall thickening and anther development.2015 · DOI: 10.1093/jxb/erv060 The CCCH zinc finger protein C3H15 negatively regulates cell elongation by inhibiting brassinosteroid signaling.2022 · DOI: 10.1093/plphys/kiac046
`At1g66810`	可能作为转录因子功能，激活参与次生细胞壁生物合成的基因。	AtC3H14, a plant-specific tandem CCCH zinc-finger protein, binds to its target mRNAs in a sequence-specific manner and affects cell elongation in Arabidopsis thaliana.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12667 Arabidopsis C3H14 and C3H15 have overlapping roles in the regulation of secondary wall thickening and anther development.2015 · DOI: 10.1093/jxb/erv060

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0645000`	含锌指 CCCH 结构域的蛋白 9。	暂无已核实直接文献
`Os05g0576300`	含锌指CCCH结构域蛋白39。	暂无已核实直接文献
`Os03g0301500`	假定的含锌指CCCH结构域蛋白21。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009520 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）暂无功能描述

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.597

排名 1 · TkA05G379110 · TK1151

细胞核0.430

排名 2 · TkA05G379110 · TK1151

细胞膜0.063

排名 3 · TkA05G379110 · TK1151

线粒体0.051

排名 4 · TkA05G379110 · TK1151

内质网0.041

排名 5 · TkA05G379110 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20992CBP66_2nd247-290 aa

PF16131Torus250-280 aa

PF14625Lustrin_cystein253-276 aa

PF00642zf-CCCH254-278 aa

PF25585zf-CCCH_DUS3L254-277 aa

PF25427zf-CCCH_UNK254-284 aa

PF18044zf-CCCH_4257-277 aa

PF25542zf-CCCH_12257-278 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G379110	`PF20992`	CBP66_2nd	247	290	0.072	13.8
TkA05G379110	`PF16131`	Torus	250	280	0.0025	19.0
TkA05G379110	`PF14625`	Lustrin_cystein	253	276	0.0082	17.2
TkA05G379110	`PF00642`	zf-CCCH	254	278	2.3e-15	56.8
TkA05G379110	`PF25585`	zf-CCCH_DUS3L	254	277	2.4e-08	34.5
TkA05G379110	`PF25427`	zf-CCCH_UNK	254	284	7.7e-05	23.2
TkA05G379110	`PF18044`	zf-CCCH_4	257	277	4.9e-10	39.6
TkA05G379110	`PF25542`	zf-CCCH_12	257	278	0.0013	19.0
TkA05G379110	`PF25261`	zf-CCCH_PARP12	257	280	0.0079	17.1
TkA05G379110	`PF18345`	zf_CCCH_4	258	277	5.2e-06	27.1
TkA05G379110	`PF14608`	zf-CCCH_2	258	278	0.00076	20.6
TkA05G379110	`PF22623`	zf-CCCH_9	258	277	0.26	11.8
TkA05G379110	`PF23261`	zf-CCCH_11	260	278	0.25	11.6
TkA05G379110	`PF25543`	zf-CCCH_tandem	264	277	3.1	8.7
TkA05G379110	`PF06357`	Omega-toxin	267	273	1.1	9.9
TkA05G379110	`PF00642`	zf-CCCH	291	315	2.3e-15	56.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C9F5`	拟南芥	sp\|Q9C9F5\|C3H15_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 15	47.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9C9N3`	拟南芥	sp\|Q9C9N3\|C3H14_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 14	56.900%	Swiss-Prot	低置信
`A2ZVY5`	水稻	sp\|A2ZVY5\|C3H9_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 9	41.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6L5G1`	水稻	sp\|Q6L5G1\|C3H39_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 39	44.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q10MN8`	水稻	sp\|Q10MN8\|C3H21_ORYSJ Putative zinc finger CCCH domain-containing protein 21	43.800%	Swiss-Prot	低置信

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