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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G350470
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 86818872-86820731 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1860 bp · TkA05G350470|TK1151|cDNA

ATGGAAAATATCATTACAGGTTCACCTTCATCTTATTCCATCCCACTTACCCATGACACCGATTCCAGAAAGTCATCACTTATTGGCAAGCTTGAATCTTGTAATTCCTTAAAACAGCTCAAACAAATCCATTCCTATATCATCAAAACATCTCCAACATTACCACACCAAACCCAACAATTGGTTTACACCACAATCATCTCTATCTCTTCTAGAGCACCAAAACACGCTCCTGATATCACATACATACACTCTCTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1860 bp · TkA05G350470|TK1151|CDS

ATGGAAAATATCATTACAGGTTCACCTTCATCTTATTCCATCCCACTTACCCATGACACCGATTCCAGAAAGTCATCACTTATTGGCAAGCTTGAATCTTGTAATTCCTTAAAACAGCTCAAACAAATCCATTCCTATATCATCAAAACATCTCCAACATTACCACACCAAACCCAACAATTGGTTTACACCACAATCATCTCTATCTCTTCTAGAGCACCAAAACACGCTCCTGATATCACATACATACACTCTCTTCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

619 aa · TkA05G350470|TK1151|PROTEIN

MENIITGSPSSYSIPLTHDTDSRKSSLIGKLESCNSLKQLKQIHSYIIKTSPTLPHQTQQLVYTTIISISSRAPKHAPDITYIHSLLNKLDNPTIDLYNTVIKSFTQSTHNSLFAILFYSDLLVKGLIGDSFTYPYLLKACTVSRALREGEQIHSHVVKTAFVLNLYVANTLIGFYGVCRDMKIAQKVFDESPERDLVTWTTLIQGYVQSGSLKKGVEVFYEMCEAGIKPDEITMVVVISACAKLRDLNLGTKLHTYIYN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G350470
TK1151 IDTkA05G350470
OH-1004 IDLXL04_021074
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)77.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.192 / OH-1004 73.596
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G350470
位置Chr05:86818872-86820731 (+)
描述Similar to PCMP-H28: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21065
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g08070 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。 暂无已核实直接文献
At2g22410 含五肽重复序列蛋白At2g22410，线粒体。 暂无已核实直接文献
At3g15930 推定的含五聚肽重复的蛋白 At3g15930。 暂无已核实直接文献
At1g50270 含五聚肽重复序列的蛋白At1g50270。 暂无已核实直接文献
At4g38010 含五重复肽结构蛋白 At4g38010。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021074 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0004519 endonuclease activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G59720
ath:AT2G02980
ath:AT4G21065
ath:AT5G48910
ath:AT5G66520
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.678
排名 1 · TkA05G350470 · TK1151
质体0.165
排名 2 · TkA05G350470 · TK1151
细胞核0.039
排名 3 · TkA05G350470 · TK1151
细胞质0.027
排名 4 · TkA05G350470 · TK1151
细胞膜0.005
排名 5 · TkA05G350470 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070MSC6_N23-109 aa
PF12854PPR_163-68 aa
PF23276TPR_2478-106 aa
PF22330Rib_mS39_PPR81-104 aa
PF13812PPR_392-105 aa
PF13041PPR_293-141 aa
PF12854PPR_193-105 aa
PF01535PPR98-107 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G350470PF29070MSC6_N231091.5e-1454.6
TkA05G350470PF12854PPR_163683.9e-2278.4
TkA05G350470PF23276TPR_24781061.2e-1455.0
TkA05G350470PF22330Rib_mS39_PPR811040.0002721.5
TkA05G350470PF13812PPR_3921051.4e-34118.6
TkA05G350470PF13041PPR_2931411.1e-55186.2
TkA05G350470PF12854PPR_1931053.9e-2278.4
TkA05G350470PF01535PPR981076.3e-45149.0
TkA05G350470PF28771RMD9_mid1021120.008516.6
TkA05G350470PF13812PPR_31261761.4e-34118.6
TkA05G350470PF10602RPN71361760.01815.5
TkA05G350470PF28771RMD9_mid1391970.008516.6
TkA05G350470PF06239ECSIT_N1552390.02814.4
TkA05G350470PF13812PPR_31571911.4e-34118.6
TkA05G350470PF13041PPR_21671911.1e-55186.2
TkA05G350470PF01535PPR1701956.3e-45149.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LN01拟南芥sp|Q9LN01|PPR21_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic34.700%Swiss-Prot中等置信
Q9SJZ3拟南芥sp|Q9SJZ3|PP169_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22410, mitochondrial37.900%Swiss-Prot中等置信
Q9LSB8拟南芥sp|Q9LSB8|PP235_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g1593037.000%Swiss-Prot中等置信
Q9SX45拟南芥sp|Q9SX45|PPR75_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g5027038.700%Swiss-Prot中等置信
Q9SZK1拟南芥sp|Q9SZK1|PP355_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3801036.900%Swiss-Prot中等置信

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