TkA05G282200 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G282200

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 69767527-69769511 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1724 bp · TkA05G282200|TK1151|cDNA

GAAAATAAAATTGCGAAAGATTATGGTGATAACACGTGTCCTATACGTACTCTTTTATCAGTAGTAGATTATATGCAAGAAATGCTAAATGACAAAAACATAAAAGAGTACTATATATCGTAGCCAAGCGATATTCAATATCATTCAATTTTGACCTACAATTCATATATAGACATATCTTTGCGAGCCCGTTCACGTAGTTTCTGGAACTATGGATTCAGAAGAGGCTAAGGTCGAGAATGGATCTACAAAATCTAAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1230 bp · TkA05G282200|TK1151|CDS

ATGGATTCAGAAGAGGCTAAGGTCGAGAATGGATCTACAAAATCTAAATTGTTAGACCTTTTGAAGAAAATTTTCGCGGTATATTTGGCATTAGTCACGAGTGTGTTCCAGAAACTCGAAGATTTTCTTGAACTGATTCACGTCTCTGTACATGACAAGGTTGACAACTATGCTCCGTCTCCGGTCAAGAACCTTCATGACAAATTCGATTCTCATTCCCGGGAAGCCGTTAAAAAAACAAAGTCGTTGTTCGTGGGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

409 aa · TkA05G282200|TK1151|PROTEIN

MDSEEAKVENGSTKSKLLDLLKKIFAVYLALVTSVFQKLEDFLELIHVSVHDKVDNYAPSPVKNLHDKFDSHSREAVKKTKSLFVGGIPVLGNVVGGITNSIANPKDVANKMIDRTTSLVMDNPVAQAVNSAAEKMMQEAQSAGKKAALKSVYASITLLLLPLIAELWYKANTKEWFSKLAEVILPLIEKFCKWYNDTVDKMEEKGYSFFGYLPTMPILEMETAYKLVKTKNDGIEALEDAGEVASGIVGNIPIVGGLAQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G282200`
TK1151 ID	TkA05G282200
OH-1004 ID	LXL04_020647
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA05G282200`
位置	Chr05:69767527-69769511 (+)
描述	Similar to At1g67360: REF/SRPP-like protein At1g67360
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_020647` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0009555 pollen development 生物过程 GO:0034389 lipid droplet organization 生物过程 GO:0045927 positive regulation of growth 生物过程 GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程 GO:0080186 developmental vegetative growth 生物过程 GO:1902584 positive regulation of response to water deprivation 生物过程 GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分 GO:0005811 lipid droplet 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G67360 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.238

排名 1 · TkA05G282200 · TK1151

细胞外0.180

排名 2 · TkA05G282200 · TK1151

细胞膜0.175

排名 3 · TkA05G282200 · TK1151

内质网0.145

排名 4 · TkA05G282200 · TK1151

线粒体0.106

排名 5 · TkA05G282200 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10653Phage-A118_gp4529-45 aa

PF17316Perilipin_232-82 aa

PF07855ATG10143-76 aa

PF06046Sec646-208 aa

PF05755REF50-83 aa

PF04888SseC90-149 aa

PF12331Rad26-like_helical_rpts91-136 aa

PF23706Rv189391-123 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G282200	`PF10653`	Phage-A118_gp45	29	45	0.6	10.9
TkA05G282200	`PF17316`	Perilipin_2	32	82	0.069	13.3
TkA05G282200	`PF07855`	ATG101	43	76	0.19	12.3
TkA05G282200	`PF06046`	Sec6	46	208	0.011	15.1
TkA05G282200	`PF05755`	REF	50	83	2.3e-28	100.2
TkA05G282200	`PF04888`	SseC	90	149	0.012	16.0
TkA05G282200	`PF12331`	Rad26-like_helical_rpts	91	136	0.18	11.8
TkA05G282200	`PF23706`	Rv1893	91	123	0.28	11.8
TkA05G282200	`PF03036`	Perilipin	93	141	0.003	17.4
TkA05G282200	`PF07855`	ATG101	104	157	0.19	12.3
TkA05G282200	`PF17928`	TetR_C_22	105	134	0.001	20.1
TkA05G282200	`PF30416`	BcsA_N	115	180	0.072	14.4
TkA05G282200	`PF22240`	ISP_coupler	117	157	0.1	13.7
TkA05G282200	`PF17316`	Perilipin_2	122	204	0.069	13.3
TkA05G282200	`PF24987`	HEAT_EF3_N	122	156	0.2	12.4
TkA05G282200	`PF05755`	REF	124	226	2.3e-28	100.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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