TkA05G115510 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G115510

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 30817388-30823942 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

429 bp · TkA05G115510|TK1151|cDNA

ATGAGTATAGCCAACCAAAAGGCTTGCTCAGAATACCTAGACGCTGTTGAAGCTACTGAAGAAATTGAATCACCAGCACTCGGGTTTGTAAGGCCATCAGATTACAAATCCGCTATAACCCTGCAAAATTCAGCAATTATCAAGCAAAATAATATACTCGTATATCTCCTGATAAAACAAGCTCAAAGATTCGGAGACTTTGAAGAAAAGCTTGAAAAGATAAAACGTGACCTGGAAGCCATCGGGAAAAGAGAGTCAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2379 bp · TkA05G115510|TK1151|CDS

ATGGTCGGACCTCTGGTTCGTGCTCTCTGGTCCACCACCAGAAAATCCATCTCCACCTCCTCCTCCCCGTCTTCCTATCTCAAACCATTCATACTTGCTCGCGCCTCGGGCATTTCACGCTCCTTCTCCGTGGCCACAGCGACAGCTGCTGCCAACGCGACTGCTCCTGGCGGCGCACTGGATCCGAACCGGCTCCGCAACGTAGCGGTGATTGCCCATGTCGATCATGGCAAGACCACTCTTATGGATCGTCTACTTCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

792 aa · TkA05G115510|TK1151|PROTEIN

MVGPLVRALWSTTRKSISTSSSPSSYLKPFILARASGISRSFSVATATAAANATAPGGALDPNRLRNVAVIAHVDHGKTTLMDRLLRQCGADIPHERALDSNQLEKERGITIASKITSIPWKENELNMVDTPGHADFGGEVERVVGMVEGAILVVDAGEGPLAQTKFVLAKALRYGLRPILLLNKVDRPSVSEERCDEVESLVFDLFANLEEQLDFPVLYASAKEGWASLTYTKNPPDDAKNMAQLLDAIVKYVPPPTAS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G115510`
TK1151 ID	TkA05G115510
OH-1004 ID	LXL04_019998
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	95.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 80.556 / OH-1004 97.623 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA05G115510`
位置	Chr05:30817388-30823942 (-)
描述	Similar to bipA: 50S ribosomal subunit assembly factor BipA (Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_019998` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000027 ribosomal large subunit assembly 生物过程 GO:0006412 translation 生物过程 GO:0009408 response to heat 生物过程 GO:0009409 response to cold 生物过程 GO:0010467 gene expression 生物过程 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分 GO:0000049 tRNA binding 分子功能 GO:0003924 GTPase activity 分子功能 GO:0005525 GTP binding 分子功能 GO:0019843 rRNA binding 分子功能 GO:0043022 ribosome binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ecc:c4820 ecj:JW5571 eco:b3871 ecoc:C3026_20930 heo:C694_02460 hpj:jhp_0432 hpy:HP_0480 sfl:SF3941 sfx:S3805 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.562

排名 1 · TkA05G115510 · TK1151

质体0.451

排名 2 · TkA05G115510 · TK1151

细胞质0.045

排名 3 · TkA05G115510 · TK1151

细胞核0.038

排名 4 · TkA05G115510 · TK1151

细胞膜0.013

排名 5 · TkA05G115510 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00009GTP_EFTU64-256 aa

PF01926MMR_HSR168-185 aa

PF03193RsgA_GTPase77-137 aa

PF03193RsgA_GTPase146-225 aa

PF22042EF-G_D2264-354 aa

PF03144GTP_EFTU_D2279-352 aa

PF21018BipA_C404-443 aa

PF00679EFG_C443-526 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G115510	`PF00009`	GTP_EFTU	64	256	4e-53	180.5
TkA05G115510	`PF01926`	MMR_HSR1	68	185	0.00012	22.9
TkA05G115510	`PF03193`	RsgA_GTPase	77	137	0.0069	16.9
TkA05G115510	`PF03193`	RsgA_GTPase	146	225	0.0069	16.9
TkA05G115510	`PF22042`	EF-G_D2	264	354	9.2e-06	26.4
TkA05G115510	`PF03144`	GTP_EFTU_D2	279	352	7.6e-08	33.4
TkA05G115510	`PF21018`	BipA_C	404	443	6e-41	139.3
TkA05G115510	`PF00679`	EFG_C	443	526	1.1e-19	70.9
TkA05G115510	`PF21018`	BipA_C	533	634	6e-41	139.3
TkA05G115510	`PF03193`	RsgA_GTPase	539	568	0.0069	16.9
TkA05G115510	`PF01926`	MMR_HSR1	694	725	0.00012	22.9
TkA05G115510	`PF03193`	RsgA_GTPase	697	754	0.0069	16.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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