RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G112150
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 30037420-30038943 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

876 bp · TkA05G112150|TK1151|cDNA

ATGGCAATGTGCTCTTTAAACTTGGAGATGATGGCTATGTTCAGGCTGAAGAGGGCGAGGACAGCTACATACTTGGTGCCTTATTCAACCTACCAAAACTTGCCACGTGAAGTTGAAGGATATGGGAATGAATCTGATTCCACTATATCATCTGAATTTGATGTTAATGCAACTGTTAATGAAGGTTCCACAATTCAAAACAACAAAAGATCAGAAATGAGAATGTTGGATCTTTATTCAGGATGTGGGGCCATGTCTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

876 bp · TkA05G112150|TK1151|CDS

ATGGCAATGTGCTCTTTAAACTTGGAGATGATGGCTATGTTCAGGCTGAAGAGGGCGAGGACAGCTACATACTTGGTGCCTTATTCAACCTACCAAAACTTGCCACGTGAAGTTGAAGGATATGGGAATGAATCTGATTCCACTATATCATCTGAATTTGATGTTAATGCAACTGTTAATGAAGGTTCCACAATTCAAAACAACAAAAGATCAGAAATGAGAATGTTGGATCTTTATTCAGGATGTGGGGCCATGTCTAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

291 aa · TkA05G112150|TK1151|PROTEIN

MAMCSLNLEMMAMFRLKRARTATYLVPYSTYQNLPREVEGYGNESDSTISSEFDVNATVNEGSTIQNNKRSEMRMLDLYSGCGAMSTGLCLGANMANVNLVTVRNESAEDFLQLLKEWEKLCQSYSLIGGGDSQPKEEPATIEEDEEVEEEDDNDVDNVEIFEVDQILSICYGDPKEIKKRDLYLKVRWKDYGPEEDTWEPLEGLSDCHDKIKEFVIPLCFAMTINKAQGQTIQNVGIYLPEPVFSHGQLYVALSRGISR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G112150
TK1151 IDTkA05G112150
OH-1004 IDLXL04_024061
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)97.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 95.189 / OH-1004 87.937
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G112150
位置Chr05:30037420-30038943 (-)
描述Similar to CMT3: DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g69770 参与CpXpG序列（如CHG位点胞嘧啶）的甲基化及基因沉默。
Requirement of CHROMOMETHYLASE3 for maintenance of CpXpG methylation.2001 · DOI: 10.1126/science.1059745
Arabidopsis cmt3 chromomethylase mutations block non-CG methylation and silencing of an endogenous gene.2001 · DOI: 10.1101/gad.905701
Genome-wide profiling of DNA methylation reveals transposon targets of CHROMOMETHYLASE3.2002 · DOI: 10.1016/s0960-9822(01)00622-4
JMJ24 targets CHROMOMETHYLASE3 for proteasomal degradation in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1101/gad.274647.115
At1g80740 可能参与CpXpG甲基化及基因沉默。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0226800 参与CpXpG DNA甲基化（通过同源推测）。 暂无已核实直接文献
Os10g0104900 参与CpXpG DNA甲基化。 暂无已核实直接文献
UniProt: Q5KQL9 参与CpXpG DNA甲基化。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024061 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006346 DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0010069 zygote asymmetric cytokinesis in embryo sac 生物过程
GO:0032259 methylation 生物过程
GO:0044027 negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation 生物过程
GO:0045814 negative regulation of gene expression, epigenetic 生物过程
GO:0141010 transposable element silencing by siRNA-mediated DNA methylation 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003682 chromatin binding 分子功能
GO:0003886 DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity 分子功能
GO:0031625 ubiquitin protein ligase binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G69770
dosa:Os03g0226800
dosa:Os05g0224800
dosa:Os05g0224900
dosa:Os10g0104900
osa:4338140
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.531
排名 1 · TkA05G112150 · TK1151
细胞质0.384
排名 2 · TkA05G112150 · TK1151
线粒体0.075
排名 3 · TkA05G112150 · TK1151
内质网0.057
排名 4 · TkA05G112150 · TK1151
细胞外0.056
排名 5 · TkA05G112150 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01443Viral_helicase123-106 aa
PF22589SPMIP1137-196 aa
PF00385Chromo162-215 aa
PF13538UvrD_C_2220-256 aa
PF02689Herpes_Helicase221-284 aa
PF01443Viral_helicase1222-256 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G112150PF01443Viral_helicase1231060.02215.3
TkA05G112150PF22589SPMIP11371960.09313.6
TkA05G112150PF00385Chromo1622155.8e-1246.1
TkA05G112150PF13538UvrD_C_22202560.004817.4
TkA05G112150PF02689Herpes_Helicase2212840.0004619.0
TkA05G112150PF01443Viral_helicase12222560.02215.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q94F88拟南芥sp|Q94F88|CMT3_ARATH DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT343.600%Swiss-Prot中等置信
O49139拟南芥sp|O49139|CMT1_ARATH Putative DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT136.600%Swiss-Prot中等置信
A0A0P0VUY4水稻sp|A0A0P0VUY4|CMT1_ORYSJ DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT139.600%Swiss-Prot中等置信
C0SQ89水稻sp|C0SQ89|CMT3_ORYSJ DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT338.900%Swiss-Prot中等置信
Q5KQL9水稻sp|Q5KQL9|CMT2_ORYSJ DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT240.600%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看