RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G103430
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 27722539-27724463 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

981 bp · TkA05G103430|TK1151|cDNA

ATTCTCTCTCTATCTTCCATCTCAATCTACTCTCCTCATCTCACGAACAAACATATCCCTAAATCTGCTTTCGCCGCTTTTGACAGTCTCGTAAACAATTTCCAAATCAGCGTTTAATCGACATATAACATCAAAGAATTACCTGAATCAACTCAAATCAAATGGCAATGGAACAATACACTCAAGAATCCGTCCCTCAAAACAGCTTCATCAAAGACAACGAAACCTCGTCCGACAAATGGAAATCATTAACCGAATCA...

CDS

下载 CDS FASTA

702 bp · TkA05G103430|TK1151|CDS

ATGGCAATGGAACAATACACTCAAGAATCCGTCCCTCAAAACAGCTTCATCAAAGACAACGAAACCTCGTCCGACAAATGGAAATCATTAACCGAATCAATAGACGACTTCGAAAACAATCCTTCAGCCGGTTTTGACTGCAATATTTGTCTAGATTCGGTCCAAGATCCAGTCGTAACACTCTGCGGCCACCTCTATTGTTGGCCATGCATATACAAGTGGATACAACACCAAAACACTTCGCCCGAAACCCCAAACAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

233 aa · TkA05G103430|TK1151|PROTEIN

MAMEQYTQESVPQNSFIKDNETSSDKWKSLTESIDDFENNPSAGFDCNICLDSVQDPVVTLCGHLYCWPCIYKWIQHQNTSPETPNKHKPQCPVCKQDISQKTLVPLYGRDQTTKPESDDKGLDLGMVIPRRPLSPSCGAVRSATEQVNDRGHQLQTQLVINPTSPTTGMLGEMVYGGVFGNTQTSLYAYPNSYNLVAVSTQRARRHAIQADRSLGRIWFFLFCCIMLCLVLF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G103430
TK1151 IDTkA05G103430
OH-1004 IDLXL04_019900
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)98.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 93.562 / OH-1004 80.443
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G103430
位置Chr05:27722539-27724463 (-)
描述Similar to RMA1H1: E3 ubiquitin-protein ligase RMA1H1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g03510 E3 泛素蛋白连接酶，促进水通道蛋白 PIP2-1 的泛素化和蛋白酶体降解。
Rma1, a novel type of RING finger protein conserved from Arabidopsis to human, is a membrane-bound ubiquitin ligase.2001 · DOI: 10.1242/jcs.114.10.1949
Characterization of three Arabidopsis homologs of human RING membrane anchor E3 ubiquitin ligase.2009 · DOI: 10.1007/s00299-009-0680-8
Drought stress-induced Rma1H1, a RING membrane-anchor E3 ubiquitin ligase homolog, regulates aquaporin levels via ubiquitination in transgenic Arabidopsis plants.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.061994
At4g28270 E3 泛素蛋白连接酶，可促进生长素结合蛋白 ERABP1 的泛素化和蛋白酶体降解。
Characterization of three Arabidopsis homologs of human RING membrane anchor E3 ubiquitin ligase.2009 · DOI: 10.1007/s00299-009-0680-8
In vitro and in vivo interaction of AtRma2 E3 ubiquitin ligase and auxin binding protein 1.2010 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2010.02.032
At4g27470 E3 泛素蛋白连接酶。
Characterization of three Arabidopsis homologs of human RING membrane anchor E3 ubiquitin ligase.2009 · DOI: 10.1007/s00299-009-0680-8

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019900 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0006914 autophagy 生物过程
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009611 response to wounding 生物过程
GO:0009723 response to ethylene 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0032527 protein exit from endoplasmic reticulum 生物过程
GO:0036503 ERAD pathway 生物过程
GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0044314 protein K27-linked ubiquitination 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G03510
ath:AT4G27470
ath:AT4G28270
cann:107855034
mmu:193670
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.447
排名 1 · TkA05G103430 · TK1151
细胞核0.239
排名 2 · TkA05G103430 · TK1151
细胞质0.214
排名 3 · TkA05G103430 · TK1151
高尔基体0.177
排名 4 · TkA05G103430 · TK1151
细胞膜0.121
排名 5 · TkA05G103430 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05290Baculo_IE-143-99 aa
PF21936Pcf11_C44-55 aa
PF15906zf-NOSIP45-78 aa
PF04564U-box45-91 aa
PF13639zf-RING_246-96 aa
PF13920zf-C3HC4_346-101 aa
PF14634zf-RING_546-97 aa
PF17123zf-RING_1146-71 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G103430PF05290Baculo_IE-143993.08.5
TkA05G103430PF21936Pcf11_C44550.1912.4
TkA05G103430PF15906zf-NOSIP45780.01915.7
TkA05G103430PF04564U-box45910.1612.9
TkA05G103430PF13639zf-RING_246961.9e-0835.1
TkA05G103430PF13920zf-C3HC4_3461018.2e-0729.4
TkA05G103430PF14634zf-RING_546976e-0626.8
TkA05G103430PF17123zf-RING_1146710.1412.6
TkA05G103430PF24921RING_XB3-XBAT31471013.6e-1143.6
TkA05G103430PF00097zf-C3HC447959.8e-1142.1
TkA05G103430PF13923zf-C3HC4_247821.7e-0938.1
TkA05G103430PF13445zf-RING_UBOX47793.2e-0937.3
TkA05G103430PF15227zf-C3HC4_447954.5e-0730.6
TkA05G103430PF14447Prok-RING_447710.01615.8
TkA05G103430PF21362Sina_RING47733.68.5
TkA05G103430PF12678zf-rbx153961.010.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O64425拟南芥sp|O64425|RMA1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RMA140.300%Swiss-Prot中等置信
P93030拟南芥sp|P93030|RMA2_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RMA240.700%Swiss-Prot中等置信
Q8GUK7拟南芥sp|Q8GUK7|RMA3_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RMA338.900%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看