基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_019900
当前版本: OH-1004
染色体: Chr04
坐标: 43779601-43780727
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA816 bp · LXL04_019900|LXL04_019900|OH1004|cDNA
ATGGCAATGGAACAATACACTCAAGAATCCGTCCCTCAAAACAGCTTCATCAAAGACAACGAAACCTCGTCCGACAAATGGAAATCATTAACCGAATCAATAGACGACTTCGAAAACAATCCTTCATCCGGTTTTGACTGCAATATTTGTCTAGATTCGGTCCAAGATCCAGTCGTAACACTCTGCGGCCACCTCTATTGTTGGCCATGCATATACAAGTGGATACAACACCAAAACACTTCACCCGAAACCCCAAAAAA...
CDS
下载 CDS FASTA816 bp · LXL04_019900|LXL04_019900|OH1004|CDS
ATGGCAATGGAACAATACACTCAAGAATCCGTCCCTCAAAACAGCTTCATCAAAGACAACGAAACCTCGTCCGACAAATGGAAATCATTAACCGAATCAATAGACGACTTCGAAAACAATCCTTCATCCGGTTTTGACTGCAATATTTGTCTAGATTCGGTCCAAGATCCAGTCGTAACACTCTGCGGCCACCTCTATTGTTGGCCATGCATATACAAGTGGATACAACACCAAAACACTTCACCCGAAACCCCAAAAAA...
271 aa · LXL04_019900|LXL04_019900|OH1004|PROTEIN
MAMEQYTQESVPQNSFIKDNETSSDKWKSLTESIDDFENNPSSGFDCNICLDSVQDPVVTLCGHLYCWPCIYKWIQHQNTSPETPKKHKPQCPVCKQDISQKTLVPLYGRDQTTKPESDDKGLDLGMVIPRRPLSPSCGAVRSATEQVNDRGHQLQTQFVINPTSPTTGMLGEMVYGGVFGNTQTSLYAYPNSYNLVAVSTQRARRHAIQADRSLGRICSKQQRDSKSTLECFEPEKPGCLKRPNNIQSLEVKRFMIEES...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_019900 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_019900 | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr04:43779601-43780727 (-) | ||||||||||||
| 描述 | Similar to RMA1H1: E3 ubiquitin-protein ligase RMA1H1 | ||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0006914 autophagy 生物过程 GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程 GO:0009409 response to cold 生物过程 GO:0009414 response to water deprivation 生物过程 GO:0009611 response to wounding 生物过程 GO:0009723 response to ethylene 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0032527 protein exit from endoplasmic reticulum 生物过程 GO:0036503 ERAD pathway 生物过程 GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0044314 protein K27-linked ubiquitination 生物过程 | ||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT4G03510 ath:AT4G27470 ath:AT4G28270 cann:107855034 mmu:193670 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.740
细胞质0.323
细胞膜0.049
线粒体0.037
内质网0.032
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF13639.13zf-RING_246-96 aaPF13920.13zf-C3HC4_346-101 aaPF14634.13zf-RING_546-97 aaPF24921.2RING_XB3-XBAT3147-101 aaPF00097.32zf-C3HC447-95 aaPF13923.13zf-C3HC4_247-82 aaPF13445.13zf-RING_UBOX47-79 aaPF15227.13zf-C3HC4_447-95 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_019900 | PF13639.13 | zf-RING_2 | 46 | 96 | 1.6e-08 | 35.4 |
| LXL04_019900 | PF13920.13 | zf-C3HC4_3 | 46 | 101 | 3.5e-06 | 27.4 |
| LXL04_019900 | PF14634.13 | zf-RING_5 | 46 | 97 | 8.2e-06 | 26.4 |
| LXL04_019900 | PF24921.2 | RING_XB3-XBAT31 | 47 | 101 | 1.2e-10 | 41.9 |
| LXL04_019900 | PF00097.32 | zf-C3HC4 | 47 | 95 | 2.7e-10 | 40.7 |
| LXL04_019900 | PF13923.13 | zf-C3HC4_2 | 47 | 82 | 2.2e-09 | 37.7 |
| LXL04_019900 | PF13445.13 | zf-RING_UBOX | 47 | 79 | 6.9e-09 | 36.3 |
| LXL04_019900 | PF15227.13 | zf-C3HC4_4 | 47 | 95 | 5.3e-07 | 30.3 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。