TkA05G071280 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G071280

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 19023495-19028590 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1243 bp · TkA05G071280|TK1151|cDNA

GAAATATATAGCTGGCTGTCTAAAGCTACTGCAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAAGGTGTTTCCCATTTCTCTCTGCAGACAAAACACACACAAACACACACTATTTGTATGAAATGTTCCGAAATCAATGAATGTGCTGCTGATTTTGGTCTTTATTTTGTAGCTAGTGTGGACATATTTTAGGGTTTTGATTTTTGCGGAGAAATTTTGCAGCTTTTTTTGGCCTGAAGCAGAGGAGAGTA...

CDS

下载 CDS FASTA

597 bp · TkA05G071280|TK1151|CDS

ATGAGCGCATCTCGGTTTATAAAGTGCGTTACGGTCGGCGATGGAGCTGTCGGGAAGACCTGTATGCTTATTTCTTACACCAGCAACACTTTCCCCACTGATTATGTGCCAACAGTTTTTGACAATTTTAGTGCAAATGTTGTGGTGGATGGAAGCACTGTAAATCTTGGATTGTGGGATACTGCAGGTCAAGAAGATTACAATAGATTGAGACCTTTGAGTTATCGTGGTGCTGATGTCTTCATACTTGCATTTTCTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

198 aa · TkA05G071280|TK1151|PROTEIN

MSASRFIKCVTVGDGAVGKTCMLISYTSNTFPTDYVPTVFDNFSANVVVDGSTVNLGLWDTAGQEDYNRLRPLSYRGADVFILAFSLISKASYENVSKKWIPELRHYAPGVPIILVGTKLDLRDDKQFLSDHPGAVPITTAQGEELKKLIGAPAYIECSSKTQQNVKGVFDAAIKVVLQPPKQKKKKKRRGQKACSIL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G071280`
TK1151 ID	TkA05G071280
OH-1004 ID	LXL04_019650
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G071280

位置 Chr05:19023495-19028590 (-)

描述 Similar to RAC1: Rac-like GTP-binding protein RAC1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g35020`	非活性 GDP 结合 Rho GTP 酶驻留在细胞质中，存在于与 Rho GDP 解离抑制剂的复合物中，并从 GDI 蛋白中释放出来，以便在激活后易位到膜上。	Arabidopsis thaliana Rop GTPases are localized to tips of root hairs and control polar growth.2001 · DOI: 10.1093/emboj/20.11.2779 A ROP GTPase-dependent auxin signaling pathway regulates the subcellular distribution of PIN2 in Arabidopsis roots.2012 · DOI: 10.1016/j.cub.2012.05.019
`At2g17800`	非活性 GDP 结合 Rho GTP 酶驻留在细胞质中，存在于与 Rho GDP 解离抑制剂 (Rho GDI) 的复合物中，并从 GDI 蛋白中释放出来，以便在激活后易位到膜上。	暂无已核实直接文献
`At4g35950`	可能参与花粉管依赖肌动蛋白的顶端生长过程中的细胞极性控制。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019650 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007015 actin filament organization 生物过程

GO:0007163 establishment or maintenance of cell polarity 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0007264 small GTPase-mediated signal transduction 生物过程

GO:0008360 regulation of cell shape 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009958 positive gravitropism 生物过程

GO:0010928 regulation of auxin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0030865 cortical cytoskeleton organization 生物过程

GO:0032956 regulation of actin cytoskeleton organization 生物过程

GO:0043622 cortical microtubule organization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G17800

ath:AT4G35020

dosa:Os02g0312600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.632

排名 1 · TkA05G071280 · TK1151

细胞质0.366

排名 2 · TkA05G071280 · TK1151

细胞核0.128

排名 3 · TkA05G071280 · TK1151

高尔基体0.083

排名 4 · TkA05G071280 · TK1151

内质网0.048

排名 5 · TkA05G071280 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00025Arf4-83 aa

PF00009GTP_EFTU6-23 aa

PF00071Ras8-178 aa

PF08477Roc8-121 aa

PF12775AAA_78-46 aa

PF00009GTP_EFTU44-176 aa

PF12775AAA_7159-185 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G071280	`PF00025`	Arf	4	83	0.0013	19.0
TkA05G071280	`PF00009`	GTP_EFTU	6	23	0.0034	17.7
TkA05G071280	`PF00071`	Ras	8	178	4.4e-49	166.9
TkA05G071280	`PF08477`	Roc	8	121	1e-23	84.5
TkA05G071280	`PF12775`	AAA_7	8	46	0.26	11.5
TkA05G071280	`PF00009`	GTP_EFTU	44	176	0.0034	17.7
TkA05G071280	`PF12775`	AAA_7	159	185	0.26	11.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q38912`	拟南芥	sp\|Q38912\|RAC3_ARATH Rac-like GTP-binding protein ARAC3	90.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q38902`	拟南芥	sp\|Q38902\|RAC1_ARATH Rac-like GTP-binding protein ARAC1	90.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SBJ6`	拟南芥	sp\|Q9SBJ6\|RAC6_ARATH Rac-like GTP-binding protein ARAC6	89.900%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情