TkA05G031260 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G031260

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 8473561-8476140 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2171 bp · TkA05G031260|TK1151|cDNA

TCTACATGTCATTTCTTACATCTCTTAAAAATAAATCAAAAAGTTTCGAGCGTTTATTTGGTCTTTCACCATGATTGTGATTTGTGGTACATTCTATTCTAGATCTATTTACCGACCTCCCTTTACCTCCAAACATTTCTCTTTAATTTAAACCTCATTGTGAATCTTTTTGCTATCGCGTTAGATTCCCCCTTTCGATTCCTTCCTCGTCATTCTTGTTCCGTCGTAACCCTAGTTTTTTTCGCAGCATTAGGGAGAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1635 bp · TkA05G031260|TK1151|CDS

ATGGCATTTGAATGCAAATTAAGCACAGAGATTCATTCTACAGATAATTCAGAAGATACTACAGAAGTTAATTCAAATCATATTCATTCATCCGAAAAGATTTTGCTCATTGATTCAGAAACCCTAATCACCGATTCTGGAAAACCAAACTACAATCGGGCCATAACCATTCCCAGTAACACTAAATTACCTCTTCATAGAACAATTACTGACCTCCCACCTGCATTAATCTCTGAAATATTTAACTGCCTTGACCCAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

544 aa · TkA05G031260|TK1151|PROTEIN

MAFECKLSTEIHSTDNSEDTTEVNSNHIHSSEKILLIDSETLITDSGKPNYNRAITIPSNTKLPLHRTITDLPPALISEIFNCLDPKELGVVSCVNPSLYQIASDHHVWKQFYCERWGLPAAAPGRPSPDFSGEKSWKELFVEREFHSKTFMGRYTMETLYGHTETVRTVFLLPSKKLVFTSGYDSVVRMWDMEDGISISTSRPLGCTIRALSADSKLLIAGGSDGFIHGWRAEEGHPRLFDMNGCDRNRNQNRNRNHEF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G031260`
TK1151 ID	TkA05G031260
OH-1004 ID	LXL04_033958
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	22.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 47.978 / OH-1004 68.983 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G031260

位置 Chr05:8473561-8476140 (-)

描述 Similar to JGB: Protein JINGUBANG

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g21040`	含F-box/WD-40重复的蛋白质At5g21040。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033958 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000132 establishment of mitotic spindle orientation 生物过程

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0000281 mitotic cytokinesis 生物过程

GO:0006470 protein dephosphorylation 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006935 chemotaxis 生物过程

GO:0007097 nuclear migration 生物过程

GO:0007281 germ cell development 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0016055 Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031023 microtubule organizing center organization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G26490

ddi:DDB_G0290687

mmu:103583

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.655

排名 1 · TkA05G031260 · TK1151

细胞质0.315

排名 2 · TkA05G031260 · TK1151

细胞膜0.044

排名 3 · TkA05G031260 · TK1151

线粒体0.041

排名 4 · TkA05G031260 · TK1151

内质网0.022

排名 5 · TkA05G031260 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12937F-box-like69-114 aa

PF00646F-box69-110 aa

PF25173Beta-prop_WDR3_1st156-232 aa

PF25174Beta-prop_THOC3156-237 aa

PF25175Beta-prop_WDR5156-237 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st157-235 aa

PF24817WD40_WDHD1_1st157-199 aa

PF24814WD40_Prp19157-229 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G031260	`PF12937`	F-box-like	69	114	5.5e-09	36.4
TkA05G031260	`PF00646`	F-box	69	110	4.3e-08	33.4
TkA05G031260	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	156	232	2.7e-25	89.9
TkA05G031260	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	156	237	2e-23	83.5
TkA05G031260	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	156	237	3.5e-21	76.5
TkA05G031260	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	157	235	8.5e-22	78.5
TkA05G031260	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	157	199	3.8e-18	66.4
TkA05G031260	`PF24814`	WD40_Prp19	157	229	6.4e-17	62.2
TkA05G031260	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	157	237	9.2e-16	58.7
TkA05G031260	`PF23869`	Beta-prop_WDR75_1st	157	213	1.3e-07	32.0
TkA05G031260	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	157	199	1.5e-05	25.1
TkA05G031260	`PF23342`	WDR90_beta-prop_4th	157	194	0.014	15.2
TkA05G031260	`PF00400`	WD40	158	192	1.5e-29	101.8
TkA05G031260	`PF24805`	EIF3I	158	202	1.2e-06	28.7
TkA05G031260	`PF25499`	Beta-prop_pof12	158	203	5.3e-05	23.0
TkA05G031260	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	159	233	3.7e-14	53.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94AD8`	拟南芥	sp\|Q94AD8\|FBW3_ARATH F-box/WD-40 repeat-containing protein At5g21040	61.900%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情