TkA05G012420 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G012420

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 3545432-3550816 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2956 bp · TkA05G012420|TK1151|cDNA

TTTACGTCAGTTAACAAAACCCTATCGCAAACTTCATAGCCGTTCCTTCCTCTCGTCTTCGACCAGAAACCAAACAAATCGGGGGTTCTCTCTGTCTCGCTCGAATTCACAGCTGCTACTCGCTCGTAAAAGCAGATATCTTCTTAGCTGATAATTGGAAATAACCAGCAAAAAGATGACTTCAGTGACATTGAAGAAGAACTACCGTTGTGTTCAGTCACTGCAACAATTCTACTCAGGCGGACCCTACACAGTCTCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2535 bp · TkA05G012420|TK1151|CDS

ATGACTTCAGTGACATTGAAGAAGAACTACCGTTGTGTTCAGTCACTGCAACAATTCTACTCAGGCGGACCCTACACAGTCTCTTCTGTTGGATCATTCATAGCCTGTGCATGCAATGACACCATCACCATAGTCGATTCCTCCAATGCTTCCATTAAATCCACCATTGAAGGTGATTCAGAGTCTGTCACAGCTCTTACTCTTAGCCCTGATGACAAGTTCCTCTTTTCCGCCAGTCACAGTCGCCAAATTAGGGTCTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

844 aa · TkA05G012420|TK1151|PROTEIN

MTSVTLKKNYRCVQSLQQFYSGGPYTVSSVGSFIACACNDTITIVDSSNASIKSTIEGDSESVTALTLSPDDKFLFSASHSRQIRVWDLSSLKCLRSWKGHEGPVMGMTCHASGGLLATAGADGKVKVWDVDGGFCTHFFKGHKGVVTSAVFHPDPNNLLLFSSSDDTTVRIWDLTSKKCVANLERHRSTVTSIAITEDGWTLISGGRDQVVNLWDLHDYSCKMSVPTNEAIEGVCYVGSLSPFASCVQGKKVGDSSAFQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G012420`
TK1151 ID	TkA05G012420
OH-1004 ID	LXL04_019027
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.289 / OH-1004 93.841 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G012420

位置 Chr05:3545432-3550816 (+)

描述 Similar to Tbl3: Transducin beta-like protein 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g16750`	在胚胎发生过程中调节细胞分裂平面的重要蛋白，定义细胞模式，特别是前胚的纵向分裂平面，可能通过调节胚胎模式基因的表达模式实现。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019027 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000472 endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0000480 endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009880 embryonic pattern specification 生物过程

GO:0030490 maturation of SSU-rRNA 生物过程

GO:0042274 ribosomal small subunit biogenesis 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0030686 90S preribosome 细胞组分

GO:0032040 small-subunit processome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G16750

bta:618429

hsa:10607

mmu:213773

rno:287120

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.847

排名 1 · TkA05G012420 · TK1151

细胞质0.198

排名 2 · TkA05G012420 · TK1151

线粒体0.025

排名 3 · TkA05G012420 · TK1151

细胞膜0.023

排名 4 · TkA05G012420 · TK1151

高尔基体0.021

排名 5 · TkA05G012420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15492Nbas_N12-104 aa

PF23410Beta-prop_VPS817-101 aa

PF20426NBCH_WD4021-131 aa

PF25174Beta-prop_THOC325-155 aa

PF00400WD4025-44 aa

PF23414Beta-prop_EML_225-133 aa

PF29037DSE1_N26-133 aa

PF23342WDR90_beta-prop_4th26-90 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G012420	`PF15492`	Nbas_N	12	104	0.0013	18.9
TkA05G012420	`PF23410`	Beta-prop_VPS8	17	101	9.3e-09	35.5
TkA05G012420	`PF20426`	NBCH_WD40	21	131	1.5e-17	64.3
TkA05G012420	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	25	155	4.7e-81	272.5
TkA05G012420	`PF00400`	WD40	25	44	8.6e-80	260.5
TkA05G012420	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	25	133	1.3e-44	153.3
TkA05G012420	`PF29037`	DSE1_N	26	133	1.1e-23	84.7
TkA05G012420	`PF23342`	WDR90_beta-prop_4th	26	90	5.3e-16	59.3
TkA05G012420	`PF13570`	Beta-prop_ACSF4	27	321	2.6e-06	27.8
TkA05G012420	`PF23769`	Beta-prop_WDR75_2nd	27	99	9.9e-05	22.0
TkA05G012420	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	28	156	6.5e-98	328.3
TkA05G012420	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	29	184	1.2e-66	225.8
TkA05G012420	`PF24782`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	29	89	1.1e-39	137.1
TkA05G012420	`PF23409`	Beta-prop_EML	29	89	9.4e-33	114.5
TkA05G012420	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	30	95	3e-78	263.7
TkA05G012420	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	30	100	1.1e-57	196.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LFE2`	拟南芥	sp\|Q9LFE2\|TOZ_ARATH Protein TORMOZ EMBRYO DEFECTIVE	67.600%	Swiss-Prot	高置信

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