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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G012410
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 3539112-3540759 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1038 bp · TkA05G012410|TK1151|cDNA

ATGCAACAAGAAGGATTTCAGGCAACCGGGCATACTTTCGTGAGTGTATTAAATGCATGTTCACGTGGATTGGATTTAAGACACGGGAAGCAAGTTCACGGAAATATCATAACTTGTGGTTCACTCTCCAATCCTTTTATCTGCAATGCTTTGACTGATTTCTATGCTAAATGTGGTGAAATTAACACTGCTCGTTGGTTATTTAACCATATGTCTAACAAGAATGCGGTTTCATGGAATTCAATGATTTCTGGATGCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1038 bp · TkA05G012410|TK1151|CDS

ATGCAACAAGAAGGATTTCAGGCAACCGGGCATACTTTCGTGAGTGTATTAAATGCATGTTCACGTGGATTGGATTTAAGACACGGGAAGCAAGTTCACGGAAATATCATAACTTGTGGTTCACTCTCCAATCCTTTTATCTGCAATGCTTTGACTGATTTCTATGCTAAATGTGGTGAAATTAACACTGCTCGTTGGTTATTTAACCATATGTCTAACAAGAATGCGGTTTCATGGAATTCAATGATTTCTGGATGCAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

345 aa · TkA05G012410|TK1151|PROTEIN

MQQEGFQATGHTFVSVLNACSRGLDLRHGKQVHGNIITCGSLSNPFICNALTDFYAKCGEINTARWLFNHMSNKNAVSWNSMISGCMKNGLPEECLELFHEMKMLTNNIKPDKFTISSVVSSCARLAALTYGQTIHAKSVHMGVDKDTLVSTALVDMYAKCGQPSQSREIFDKINSKTIVSWNSMILGYAQNGKDLDSLRLYEEMLKDKIKPDGITFIGVLSACIHEDRTHPESQLIYQRLNEMIRRLVECGFSPNKDLV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G012410
TK1151 IDTkA05G012410
OH-1004 IDLXL04_019026
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)62.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 79.137
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G012410
位置Chr05:3539112-3540759 (-)
描述Similar to PCMP-H60: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g27610
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g33170 含五肽重复序列的蛋白 At4g33170。 暂无已核实直接文献
At4g21065 含五聚肽重复的蛋白质 At4g21065。 暂无已核实直接文献
At2g01510 含五肽重复序列蛋白 At2g01510，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g56690 Pentatricopeptide重复含蛋白At1g56690，线粒体。 暂无已核实直接文献
At3g23330 推定含五重复肽的蛋白 At3g23330。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019026 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G68930
ath:AT2G27610
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.717
排名 1 · TkA05G012410 · TK1151
质体0.145
排名 2 · TkA05G012410 · TK1151
细胞核0.065
排名 3 · TkA05G012410 · TK1151
细胞质0.041
排名 4 · TkA05G012410 · TK1151
细胞膜0.009
排名 5 · TkA05G012410 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_21-21 aa
PF13812PPR_31-26 aa
PF01535PPR12-39 aa
PF29070MSC6_N16-122 aa
PF17177PPR_long17-177 aa
PF00637Clathrin39-107 aa
PF17049AEP144-83 aa
PF13041PPR_246-75 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G012410PF13041PPR_21217.3e-32110.0
TkA05G012410PF13812PPR_31261.6e-0835.2
TkA05G012410PF01535PPR12394.5e-2999.3
TkA05G012410PF29070MSC6_N161222e-0627.9
TkA05G012410PF17177PPR_long171770.001318.8
TkA05G012410PF00637Clathrin391070.000321.3
TkA05G012410PF17049AEP144830.02414.4
TkA05G012410PF13041PPR_246757.3e-32110.0
TkA05G012410PF01535PPR47744.5e-2999.3
TkA05G012410PF14475Mso1_Sec1_bdg47580.07513.3
TkA05G012410PF12854PPR_155719.4e-1038.8
TkA05G012410PF23546Zn_ribbon_TOP3B56590.2211.9
TkA05G012410PF13041PPR_2741257.3e-32110.0
TkA05G012410PF12854PPR_1751039.4e-1038.8
TkA05G012410PF13812PPR_3751211.6e-0835.2
TkA05G012410PF01535PPR771034.5e-2999.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SMZ2拟南芥sp|Q9SMZ2|PP347_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3317028.400%Swiss-Prot低置信
A8MQA3拟南芥sp|A8MQA3|PP330_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g2106529.400%Swiss-Prot低置信
Q9ZVF4拟南芥sp|Q9ZVF4|PP140_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g01510, mitochondrial26.800%Swiss-Prot低置信
Q9FXB9拟南芥sp|Q9FXB9|PPR84_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g56690, mitochondrial30.600%Swiss-Prot中等置信
Q9LW63拟南芥sp|Q9LW63|PP251_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2333027.600%Swiss-Prot低置信

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