TkA05G005390 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G005390

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 1617392-1623418 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4200 bp · TkA05G005390|TK1151|cDNA

CTTTCTAGTCGTAAAACCCTCTCTGTTGGTTTCATCCGACTTGCAGCGACAACATCGTCTTTTCCATATCTCACTCTGTTGTCTTCGTCTCTCTAGCCAAGGCGACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAGCGGAGGCACAGAGAATGGTAGTTGGATGCAAGTTTTGGCTGGTACAAAAGAAGAGGTTTTGTGCAGTTCCGCCGCTCCCCGATTCCGAGTTTTGCGGCAACCACTCTACAAGGCCGGGTGACAGGTGGATT...

CDS

下载 CDS FASTA

3813 bp · TkA05G005390|TK1151|CDS

ATGGTAGTTGGATGCAAGTTTTGGCTGGTACAAAAGAAGAGGTTTTGTGCAGTTCCGCCGCTCCCCGATTCCGAGTTTTGCGGCAACCACTCTACAAGGCCGGGTGACAGGTGGATTTTGTGCTCGATAGATCCCTCCCACTCTGTACTGGAATCCAACCTCGAGAACCACCTTAGACGGTGTGCATTCCTCAAACATAACAACTTGCTGTCCCTCCAATCTTTCTACCAAAAGGGCATTAATGGAGGCGATGCAGACGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1270 aa · TkA05G005390|TK1151|PROTEIN

MVVGCKFWLVQKKRFCAVPPLPDSEFCGNHSTRPGDRWILCSIDPSHSVLESNLENHLRRCAFLKHNNLLSLQSFYQKGINGGDADVSSESKRMESGQYLGEISALCFLHLPPPSSSLPYLLAGSGSQLLFYDLHTGNMIASFQVFNGVRVHGISCSPPTDASLTFRVALFGERMLKLFLFTIQLPDHNKQTLVHLLSFQSLPNFGHWILDVCFMQDCEFLAIGCTDNSVYFWDTSTSTISYEVNSPDRCLLYTMRIWGD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G005390`
TK1151 ID	TkA05G005390
OH-1004 ID	LXL04_018959
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G005390

位置 Chr05:1617392-1623418 (-)

描述 Similar to WDR6: WD repeat-containing protein 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0833200`	tRNA甲基转移酶，在体外催化tRNA(Gly)(GCC)上的2'-O-甲基腺苷(Am)的形成。	The 2'-O-methyladenosine nucleoside modification gene OsTRM13 positively regulates salt stress tolerance in rice.2017 · DOI: 10.1093/jxb/erx061

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018959 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002130 wobble position ribose methylation 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0010507 negative regulation of autophagy 生物过程

GO:0030488 tRNA methylation 生物过程

GO:0048009 insulin-like growth factor receptor signaling pathway 生物过程

GO:0070314 G1 to G0 transition 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0008180 COP9 signalosome 细胞组分

GO:0032991 protein-containing complex 细胞组分

GO:0000049 tRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

bta:526884

hsa:11180

mmu:83669

pon:100174434

rno:301007

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.722

排名 1 · TkA05G005390 · TK1151

细胞质0.279

排名 2 · TkA05G005390 · TK1151

细胞膜0.054

排名 3 · TkA05G005390 · TK1151

内质网0.043

排名 4 · TkA05G005390 · TK1151

线粒体0.032

排名 5 · TkA05G005390 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11722zf-TRM13_CCCH5-30 aa

PF05253zf-U11-48K40-61 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st120-145 aa

PF24805EIF3I122-245 aa

PF24817WD40_WDHD1_1st124-159 aa

PF25171Beta-prop_WDR36-Utp21_1st124-160 aa

PF25172Beta-prop_WDR3_2nd125-376 aa

PF24814WD40_Prp19125-157 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G005390	`PF11722`	zf-TRM13_CCCH	5	30	2.7e-11	43.6
TkA05G005390	`PF05253`	zf-U11-48K	40	61	0.00017	22.1
TkA05G005390	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	120	145	1.1e-15	58.4
TkA05G005390	`PF24805`	EIF3I	122	245	1.7e-07	31.5
TkA05G005390	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	124	159	7.2e-10	39.2
TkA05G005390	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	124	160	9.5e-08	32.5
TkA05G005390	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	125	376	1.4e-14	54.7
TkA05G005390	`PF24814`	WD40_Prp19	125	157	2.6e-14	53.7
TkA05G005390	`PF12894`	ANAPC4_WD40	127	147	0.0024	18.8
TkA05G005390	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	131	157	7.3e-10	39.3
TkA05G005390	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	181	240	7.3e-10	39.3
TkA05G005390	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	189	335	5.7e-16	59.4
TkA05G005390	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	190	238	1.7e-12	48.0
TkA05G005390	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	201	240	1.5e-18	67.8
TkA05G005390	`PF25391`	WD40_Gbeta	202	332	0.0088	15.8
TkA05G005390	`PF00400`	WD40	205	234	1.8e-26	92.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q10B19`	水稻	sp\|Q10B19\|TRM13_ORYSJ tRNA:m(4)X modification enzyme TRM13	45.000%	Swiss-Prot	低置信

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