TkA05G004680 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G004680

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 1376609-1382048 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4214 bp · TkA05G004680|TK1151|cDNA

TTAACAACTGTCACGCGTATCAAAACTTGCAGTCGGCGGGATATTCAGCGAAACATTTTACTTTCTCCCGCTTGCTGTTTCAAAATCGAAAACAAAAATTGAAGACAAATGTGTGAATTCCCCTTTCTACCCCTGGCCGTCATTCATTCCAATCACTATCCCTACTCCTTCCCGAGAAGCTTTGCATTTGAATTTGTTCATCTATCCTGTTACTGCTCTGCGATTTATTTATCTCATGCTTTCATTACTCTCTCATCGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

939 bp · TkA05G004680|TK1151|CDS

ATGTGGTTCATATTGACTGGACATAAACTGCAAAGACGTGAATTCCAGCAGATAATTCGGCGGTTAAAAGGAAAAATATGCAGAGTCTCTCATCAATGGTCATATCAAGCAACTCATTTCATCGTCCCTGATCCCATTAAAAGAACAGAGAAGTTCTTTGCTGCTGCTGCTTCCGGAAGTTGGATTCTCAAGACAGATTACTTATCTGCAAGTAATGAGGCAGGAAGATTCCTAACAGAGGAACCTTACGAATGGCACAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

312 aa · TkA05G004680|TK1151|PROTEIN

MWFILTGHKLQRREFQQIIRRLKGKICRVSHQWSYQATHFIVPDPIKRTEKFFAAAASGSWILKTDYLSASNEAGRFLTEEPYEWHKNGLSEDGQINMEAPRKWRLIKKKTGHGAFFGMRVVIYGECIAPTLDTLKRAVKAGDGTILATSPPYTRFLNTNIDYAIVSPGMPRVDIWVQEFIKHEIPCVTADYLVEYVCKPGYPLERHVQFDTNVWAERSYNNLKNRLNEEESSETPRIDDLACEVCGSRDRGEEMLICGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G004680`
TK1151 ID	TkA05G004680
OH-1004 ID	LXL04_018935
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 21.458 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G004680

位置 Chr05:1376609-1382048 (+)

描述 Similar to At4g02110: BRCT domain-containing protein At4g02110

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02110`	含 BRCT 结构域的蛋白 At4g02110。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018935 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000076 DNA replication checkpoint signaling 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006270 DNA replication initiation 生物过程

GO:0006277 DNA amplification 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007095 mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling 生物过程

GO:0016925 protein sumoylation 生物过程

GO:0030174 regulation of DNA-templated DNA replication initiation 生物过程

GO:0031334 positive regulation of protein-containing complex assembly 生物过程

GO:0032204 regulation of telomere maintenance 生物过程

GO:0033138 positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation 生物过程

GO:0033314 mitotic DNA replication checkpoint signaling 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G02110

hsa:84250

xla:398573

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.953

排名 1 · TkA05G004680 · TK1151

细胞质0.103

排名 2 · TkA05G004680 · TK1151

细胞膜0.025

排名 3 · TkA05G004680 · TK1151

内质网0.011

排名 4 · TkA05G004680 · TK1151

线粒体0.008

排名 5 · TkA05G004680 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16589BRCT_22-84 aa

PF16770RTT107_BRCT_54-83 aa

PF00533BRCT7-70 aa

PF16589BRCT_2116-193 aa

PF00533BRCT118-195 aa

PF00628PHD126-133 aa

PF00628PHD243-293 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G004680	`PF16589`	BRCT_2	2	84	6.2e-08	33.6
TkA05G004680	`PF16770`	RTT107_BRCT_5	4	83	3.4e-05	24.4
TkA05G004680	`PF00533`	BRCT	7	70	4.6e-12	46.7
TkA05G004680	`PF16589`	BRCT_2	116	193	6.2e-08	33.6
TkA05G004680	`PF00533`	BRCT	118	195	4.6e-12	46.7
TkA05G004680	`PF00628`	PHD	126	133	2.6e-06	28.0
TkA05G004680	`PF00628`	PHD	243	293	2.6e-06	28.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O04251`	拟南芥	sp\|O04251\|Y4211_ARATH BRCT domain-containing protein At4g02110	71.100%	Swiss-Prot	高置信

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