TkA04G488970 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G488970

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 123649510-123655052 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3339 bp · TkA04G488970|TK1151|cDNA

AAAAAGGTTAGTGTTTAGATTGTGGTTTGAAGTTAATCAGCTATCTTTAAATACTCCGTCCCGGTAAGCAAATTGACAGCAGAGGGAGACAAACTCAACCGACAAGATGAATCAGCGAAGCCCTAAAAATGGTACTCTTGCACCTGCATTTCTAGTTGCGAGTGAATGAAAGTGACGTTAGGGTTTATATGCATCACAACAATATATAAGCTACAGCTGGTGTAATTGAAATTCAAAAATGGGTGTGGAGCAAGGGAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2904 bp · TkA04G488970|TK1151|CDS

ATGGGTGTGGAGCAAGGGAAGAAGGTGCTGGAGGAAGGATGGTTGGCTGCTCGATCCACCGACGTTGAACTCACCGGAATACAGCTGACGACTACTCATCCTCCTTCTTCCGACACTTCTCTATGGATGCCGGCAGTGATTCCCGGAACTGTTTTGGCAACCCTTTTGAAGAACGATCTCATTCCAGATCCTTTCTATGGGATAAATAATGAAGCAATCATTGACATTGGTGATTCAGGGAGGGAATACTACACCTTTTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

967 aa · TkA04G488970|TK1151|PROTEIN

MGVEQGKKVLEEGWLAARSTDVELTGIQLTTTHPPSSDTSLWMPAVIPGTVLATLLKNDLIPDPFYGINNEAIIDIGDSGREYYTFWFFTTFHCKLSSGQHVDLNFRGINYSAEVYLNGHQIILPKGMFRRHSIDVTDILHPDGDNMLAVLVHPPDHPGTIPPQGGQGGDHEIGKDVTTQYVQGWDWMAPIRDRNTGIWDEVSITVTGPVKIVDPHLVSSFFDGYKRVYLHATAELVNKSATSANCSLKILVSTELEGST...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G488970`
TK1151 ID	TkA04G488970
OH-1004 ID	LXL04_038970
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.793 / OH-1004 89.289 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G488970

位置 Chr04:123649510-123655052 (+)

描述 Similar to EBM: Mannosylglycoprotein endo-beta-mannosidase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g09010`	糖苷酶，专门水解N-糖基化三甘露糖核心结构中的Man-beta-1,4-GlcNAc键。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038970 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000272 polysaccharide catabolic process 生物过程

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0006032 chitin catabolic process 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0004553 hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds 分子功能

GO:0030246 carbohydrate binding 分子功能

GO:0033947 mannosylglycoprotein endo-beta-mannosidase activity 分子功能

GO:0052761 exo-1,4-beta-D-glucosaminidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

abe:ARB_07888

ag:AAX62629

ath:AT1G09010

sma:SAVERM_1223

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.524

排名 1 · TkA04G488970 · TK1151

细胞核0.194

排名 2 · TkA04G488970 · TK1151

溶酶体／液泡0.106

排名 3 · TkA04G488970 · TK1151

细胞外0.098

排名 4 · TkA04G488970 · TK1151

内质网0.097

排名 5 · TkA04G488970 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22666Glyco_hydro_2_N238-199 aa

PF02837Glyco_hydro_2_N83-152 aa

PF00703Glyco_hydro_2210-329 aa

PF02836Glyco_hydro_2_C343-469 aa

PF00703Glyco_hydro_2714-735 aa

PF18368Ig_GlcNase784-834 aa

PF00703Glyco_hydro_2810-842 aa

PF18368Ig_GlcNase913-959 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G488970	`PF22666`	Glyco_hydro_2_N2	38	199	1.9e-27	97.1
TkA04G488970	`PF02837`	Glyco_hydro_2_N	83	152	0.036	14.7
TkA04G488970	`PF00703`	Glyco_hydro_2	210	329	5.3e-11	43.9
TkA04G488970	`PF02836`	Glyco_hydro_2_C	343	469	0.00013	22.0
TkA04G488970	`PF00703`	Glyco_hydro_2	714	735	5.3e-11	43.9
TkA04G488970	`PF18368`	Ig_GlcNase	784	834	4.8e-12	46.6
TkA04G488970	`PF00703`	Glyco_hydro_2	810	842	5.3e-11	43.9
TkA04G488970	`PF18368`	Ig_GlcNase	913	959	4.8e-12	46.6
TkA04G488970	`PF17753`	Ig_mannosidase	920	943	0.0011	19.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q75W54`	拟南芥	sp\|Q75W54\|EBM_ARATH Mannosylglycoprotein endo-beta-mannosidase	68.100%	Swiss-Prot	高置信

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