TkA04G480260 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G480260

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 121320938-121326547 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3618 bp · TkA04G480260|TK1151|cDNA

ATGCTGATAAAATATCTATTCAAGTATATATCCAAAGGTGTTGATCGTATATCTTTCGCCATTCGTAAGGCTGAATTGCACTCTACTCAAGCATCGTCTTCTACACTTATTGAGGTAGACGAAATCCAGAATTTTATTGATGGTCGTTATGTTTGTGCTCATGAAGCTGCGTGGCGAATATTTAATTACTTTATCCATGAGCGTTGGCCTGCTGTCCAGATTTTAGTTGTACATCTACGTGACATGCAGGCAACTAGATT...

CDS

下载 CDS FASTA

3618 bp · TkA04G480260|TK1151|CDS

ATGCTGATAAAATATCTATTCAAGTATATATCCAAAGGTGTTGATCGTATATCTTTCGCCATTCGTAAGGCTGAATTGCACTCTACTCAAGCATCGTCTTCTACACTTATTGAGGTAGACGAAATCCAGAATTTTATTGATGGTCGTTATGTTTGTGCTCATGAAGCTGCGTGGCGAATATTTAATTACTTTATCCATGAGCGTTGGCCTGCTGTCCAGATTTTAGTTGTACATCTACGTGACATGCAGGCAACTAGATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1205 aa · TkA04G480260|TK1151|PROTEIN

MLIKYLFKYISKGVDRISFAIRKAELHSTQASSSTLIEVDEIQNFIDGRYVCAHEAAWRIFNYFIHERWPAVQILVVHLRDMQATRFEDSSRLANVVRNPNFGRTTLTAWFEYNRNGSDGRHLIYSEFPYLYRWEARTREWVQRRRDFSLAVGRMVYVHPTSGELFYLRMLLSHQKGCGSFEDVRTVAGRLLPSFRSAWYVLGLLGEDKEWLLAFDDAAVWASAAQLCSLFYHLLLFCDVTDPLFFWSHAWNRMGDDILH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G480260`
TK1151 ID	TkA04G480260
OH-1004 ID	LXL04_015388
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	50.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 90.041 / OH-1004 53.749 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G480260`
位置	Chr04:121320938-121326547 (-)
描述	Similar to pif1: ATP-dependent DNA helicase PIF1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_015388` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000723 telomere maintenance 生物过程 GO:0001117 protein-DNA-RNA complex disassembly 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0007004 telomere maintenance via telomerase 生物过程 GO:0032211 negative regulation of telomere maintenance via telomerase 生物过程 GO:0000781 chromosome, telomeric region 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0042645 mitochondrial nucleoid 细胞组分 GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	hsa:80119 mmu:208084 rno:367645 xla:734585 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.879

排名 1 · TkA04G480260 · TK1151

细胞质0.200

排名 2 · TkA04G480260 · TK1151

线粒体0.034

排名 3 · TkA04G480260 · TK1151

细胞膜0.015

排名 4 · TkA04G480260 · TK1151

内质网0.009

排名 5 · TkA04G480260 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05970PIF1351-517 aa

PF21530Pif1_2B_dom592-638 aa

PF13538UvrD_C_2685-723 aa

PF02689Herpes_Helicase686-729 aa

PF16900REPA_OB_2847-928 aa

PF08646Rep_fac-A_C948-1035 aa

PF03310Cauli_DNA-bind984-1071 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G480260	`PF05970`	PIF1	351	517	5.5e-51	174.0
TkA04G480260	`PF21530`	Pif1_2B_dom	592	638	2.5e-15	56.6
TkA04G480260	`PF13538`	UvrD_C_2	685	723	0.0011	19.4
TkA04G480260	`PF02689`	Herpes_Helicase	686	729	1.7e-06	27.1
TkA04G480260	`PF16900`	REPA_OB_2	847	928	0.13	13.0
TkA04G480260	`PF08646`	Rep_fac-A_C	948	1035	0.24	11.9
TkA04G480260	`PF03310`	Cauli_DNA-bind	984	1071	0.29	12.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情