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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G415210
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 104587626-104591077 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2248 bp · TkA04G415210|TK1151|cDNA

CCTTTCGACTTTTCCAACTCCTTTTGAAAGAAATCAGACTTCTCCAACTCCTTTCCAATATCTCGCCATTACTCCTCACACAGTCGACGCCATTACTCCTCACACAGTCGACGCCATAAGTCAAATCGATTGCTCCTCTAAAATCGATCGCTTCTCTGAAATCGATTCTGAAATCGCCGGATATGGAACTCGATTCTGCCCATTACTCTTGCATCTACCCCCTTCTTCATTAATGGACTTCCCATTTACACTGAAAAGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

957 bp · TkA04G415210|TK1151|CDS

ATGCCAGTTAGAGATCTACACTCCAGCAACATCATGTTATCCGGGTATATGAAATCCGGGGAGGTTCACCTCGCCCACAACCTGTTCGCTAATATGCCAACTAAAGACGATGTTTCCTATAGCACAATGATCACAGGATTTTCTCATAATGGGTACTTCGACGAAGCTTTCAATCTCTTCCAACAATCTCACGGCCTTGGATTACCACCAAACGAGGTAACCTTAACCGGAATTCTTTCCGTTTCCACACAATCCGGGGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

318 aa · TkA04G415210|TK1151|PROTEIN

MPVRDLHSSNIMLSGYMKSGEVHLAHNLFANMPTKDDVSYSTMITGFSHNGYFDEAFNLFQQSHGLGLPPNEVTLTGILSVSTQSGEFQFAQILHCYLQKSGFVSRSIINNTLMDTYFKSGNTTVARSLFHKMPGKKNLVSWTTMVAGTAMQGHGQEAMELFHQMVESGIKPDSIAFISILYACSHAGLLDHGCKYFSMMTNDYKIEPSYEHYGCMVDLYGRAGELEKAYDFITKMPIEANDVIWRTLLGACWIHGDVEL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G415210
TK1151 IDTkA04G415210
OH-1004 IDLXL04_038300
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)98.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 81.132 / OH-1004 50.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G415210
位置Chr04:104587626-104591077 (-)
描述Similar to PCMP-H71: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74630
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g74630 含五复肽重复的蛋白 At1g74630。 暂无已核实直接文献
At3g26782 含五重复肽的蛋白 At3g26782，线粒体。 暂无已核实直接文献
At5g56310 含五肽重复蛋白 At5g56310。 暂无已核实直接文献
At1g08070 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。 暂无已核实直接文献
At4g33990 含五肽重复的蛋白At4g33990。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038300 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G74630
ath:AT3G29230
ath:AT4G18840
ath:AT5G15300
ath:AT5G48910
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.668
排名 1 · TkA04G415210 · TK1151
质体0.179
排名 2 · TkA04G415210 · TK1151
细胞核0.044
排名 3 · TkA04G415210 · TK1151
细胞质0.034
排名 4 · TkA04G415210 · TK1151
细胞膜0.005
排名 5 · TkA04G415210 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_26-34 aa
PF01535PPR10-34 aa
PF12854PPR_110-32 aa
PF13812PPR_310-32 aa
PF20431E_motif19-38 aa
PF22330Rib_mS39_PPR23-48 aa
PF13041PPR_236-79 aa
PF12854PPR_136-61 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G415210PF13041PPR_26341.7e-36124.8
TkA04G415210PF01535PPR10347.3e-39130.0
TkA04G415210PF12854PPR_110321.2e-2280.1
TkA04G415210PF13812PPR_310324.4e-1143.4
TkA04G415210PF20431E_motif19381.4e-1970.8
TkA04G415210PF22330Rib_mS39_PPR23480.1113.0
TkA04G415210PF13041PPR_236791.7e-36124.8
TkA04G415210PF12854PPR_136611.2e-2280.1
TkA04G415210PF29070MSC6_N36616.7e-0729.5
TkA04G415210PF23276TPR_2437811.8e-0628.6
TkA04G415210PF01535PPR38637.3e-39130.0
TkA04G415210PF13812PPR_338814.4e-1143.4
TkA04G415210PF17177PPR_long391202.7e-0937.4
TkA04G415210PF12921ATP1342600.04914.2
TkA04G415210PF13176TPR_748620.2412.3
TkA04G415210PF13428TPR_1449620.005718.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9CA54拟南芥sp|Q9CA54|PP122_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g7463054.400%Swiss-Prot高置信
Q9LW32拟南芥sp|Q9LW32|PP258_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g26782, mitochondrial40.700%Swiss-Prot中等置信
Q9FMA1拟南芥sp|Q9FMA1|PP433_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g5631042.000%Swiss-Prot中等置信
Q9LN01拟南芥sp|Q9LN01|PPR21_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic39.400%Swiss-Prot中等置信
O81767拟南芥sp|O81767|PP348_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3399039.600%Swiss-Prot中等置信

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