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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G392820
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 98795792-98799020 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1681 bp · TkA04G392820|TK1151|cDNA

TGAACGAGGCAAGTGGAGCCTTCTATCATCCATTAAATTTGTACTTGACTCATCTCGTTTTCGTTTTAGTATTGTTCGTTGCTCTTTCTTCACTCTTTTCGAGCCCGTCGGCGTTCTCTTCTCCAATCTCTTCTGACACCATAATCTTTACGCCACTGTAGATGCGGAATCCTGCCTCAAGTTTTCACCAACGCAAACTATCTGTTCGATGAAATGCCTGAACGATGATGTTGTTTATCGCCTCCACAACTCCGCATCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1284 bp · TkA04G392820|TK1151|CDS

ATGATGTTGTTTATCGCCTCCACAACTCCGCATCATTTGATTTTCCCCGTTGTTCCCATTCTTGGTCTGGGAACTAACTTCAAGATCAGGCCGCGAGTTTCCTTGATTTTGGTGAAAAGGGGTCGAGGTTTGAAAGAAACAAGAACAAGAAGCGGGATTTCGTGTAAAGGGTATTCGGACAGTGAAGCAGAGTTGGCTTTAGAGAGGGAAATTTTGAATTTCATGAAGAATTCGAGTAACCCAAACGAGTTTCCGACTAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

427 aa · TkA04G392820|TK1151|PROTEIN

MMLFIASTTPHHLIFPVVPILGLGTNFKIRPRVSLILVKRGRGLKETRTRSGISCKGYSDSEAELALEREILNFMKNSSNPNEFPTKKQLLDAGRVDLVDGISKTGGWLALGWDYSDDENDSESDDLNDKRELQTRVESFQQRQDPYGHSSSFHTSSHQPASPSGRSLETEADEDTGVEGILSRLKKHRSLTFDSHMEKNTHYTYPRKQFLDFQPAEIDYRKEELKSNTDLQVEDGNNRPDDIRSRLKEMQLELSSALGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G392820
TK1151 IDTkA04G392820
OH-1004 IDLXL04_006972
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)40.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 21.780 / OH-1004 33.677
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G392820
位置Chr04:98795792-98799020 (-)
描述Similar to PTST: Protein PTST, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g27070 参与叶绿体中淀粉颗粒的起始。
Homologs of PROTEIN TARGETING TO STARCH Control Starch Granule Initiation in Arabidopsis Leaves.2017 · DOI: 10.1105/tpc.17.00222
Two Plastidial Coiled-Coil Proteins Are Essential for Normal Starch Granule Initiation in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1105/tpc.18.00219
At5g39790 参与将GBSS1靶向至淀粉颗粒。
Arabidopsis At5g39790 encodes a chloroplast-localized, carbohydrate-binding, coiled-coil domain-containing putative scaffold protein.2008 · DOI: 10.1186/1471-2229-8-120
At5g03420 参与叶绿体中淀粉颗粒的起始。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0686900 参与复合淀粉颗粒的形成和胚乳中淀粉的合成。
FLOURY ENDOSPERM6 encodes a CBM48 domain-containing protein involved in compound granule formation and starch synthesis in rice endosperm.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12444
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006972 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程
GO:0010581 regulation of starch biosynthetic process 生物过程
GO:0019252 starch biosynthetic process 生物过程
GO:2000014 regulation of endosperm development 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分
GO:0009569 chloroplast starch grain 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
GO:0030247 polysaccharide binding 分子功能
GO:2001066 amylopectin binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G27070
ath:AT5G03420
ath:AT5G39790
dosa:Os03g0686900
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.937
排名 1 · TkA04G392820 · TK1151
细胞核0.066
排名 2 · TkA04G392820 · TK1151
细胞质0.055
排名 3 · TkA04G392820 · TK1151
线粒体0.043
排名 4 · TkA04G392820 · TK1151
过氧化物酶体0.037
排名 5 · TkA04G392820 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20355DUF6650164-202 aa
PF20355DUF6650251-310 aa
PF16561AMPK1_CBM347-424 aa
PF02922CBM_48348-405 aa
PF16760CBM53354-395 aa
PF22058X25_BaPul_like367-404 aa
PF19662DUF6165388-425 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G392820PF20355DUF66501642020.03514.7
TkA04G392820PF20355DUF66502513100.03514.7
TkA04G392820PF16561AMPK1_CBM3474242.6e-1969.9
TkA04G392820PF02922CBM_483484050.0002622.0
TkA04G392820PF16760CBM533543950.02315.7
TkA04G392820PF22058X25_BaPul_like3674040.07813.8
TkA04G392820PF19662DUF61653884250.07813.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LFY0拟南芥sp|Q9LFY0|PTST2_ARATH Protein PTST homolog 2, chloroplastic37.900%Swiss-Prot中等置信
Q94AX2拟南芥sp|Q94AX2|PTST_ARATH Protein PTST, chloroplastic36.400%Swiss-Prot低置信
F4KFB3拟南芥sp|F4KFB3|PTST3_ARATH Protein PTST homolog 3, chloroplastic38.500%Swiss-Prot低置信
Q10F03水稻sp|Q10F03|FLO6_ORYSJ Protein FLOURY ENDOSPERM 6, chloroplastic36.500%Swiss-Prot中等置信

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