TkA04G388560 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G388560

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 97738097-97742173 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1052 bp · TkA04G388560|TK1151|cDNA

CTAAATCCCATTTATGCTCTGAATTCGATAGTTTTCTAGTGAAGATACGGCCCCTTCCCGCCGGTGACGCATCCCGTTATCAAGCTGCACATTCACCACTTGTGAAGAAATGGTTGAAGTAAACAAGCCAGGACAATTGGTTCCTGAATCTGTATTGAAGAAACAAAAGAGAAATGAAGAATGGGCTTTAGCAAAGAAGCAAGAAACTGAATCATTGAAGAAGAAGAATGCTGCTAACAGGAAGTTGATCTTCAACAGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

738 bp · TkA04G388560|TK1151|CDS

ATGGTTGAAGTAAACAAGCCAGGACAATTGGTTCCTGAATCTGTATTGAAGAAACAAAAGAGAAATGAAGAATGGGCTTTAGCAAAGAAGCAAGAAACTGAATCATTGAAGAAGAAGAATGCTGCTAACAGGAAGTTGATCTTCAACAGAGCCAAACAGTACACCAAAGAATATGAAGACCAGCAAAAGGAGCTAATCCAATTGAAACGTGAAGCAAGATTGAAAGGTGGATTCTATGTGAACCCAGAAGCCAAGATGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

245 aa · TkA04G388560|TK1151|PROTEIN

MVEVNKPGQLVPESVLKKQKRNEEWALAKKQETESLKKKNAANRKLIFNRAKQYTKEYEDQQKELIQLKREARLKGGFYVNPEAKMLFIIRIRGINAMDPKSKKILQLLRLRQIFNGVFLKVNKATLNMLHRVEPYVTYGYPNLKSVKELIYKRGYGKLNKQRIALTDNSIVEQGLGKFGLICVEDLIHEILTAGPHFKEANNFLWPFKLKAPLGGMKKKRNHYVEGGDAGNREDYINELIRRMN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G388560`
TK1151 ID	TkA04G388560
OH-1004 ID	LXL04_038097
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 71.014 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G388560

位置 Chr04:97738097-97742173 (-)

描述 Similar to RPL7D: 60S ribosomal protein L7-4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g13580`	大亚基核糖体蛋白 uL30w。	暂无已核实直接文献
`At2g01250`	大核糖体亚基蛋白uL30y。	暂无已核实直接文献
`At2g44120`	大核糖体亚基蛋白uL30x。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038097 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000463 maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0002181 cytoplasmic translation 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0006941 striated muscle contraction 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0042273 ribosomal large subunit biogenesis 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G01250

ath:AT2G44120

ath:AT3G13580

mmu:19989

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.462

排名 1 · TkA04G388560 · TK1151

细胞核0.198

排名 2 · TkA04G388560 · TK1151

线粒体0.189

排名 3 · TkA04G388560 · TK1151

内质网0.018

排名 4 · TkA04G388560 · TK1151

细胞膜0.010

排名 5 · TkA04G388560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08079Ribosomal_L30_N11-81 aa

PF16753Tipalpha52-96 aa

PF00327Ribosomal_L3087-137 aa

PF16753Tipalpha112-161 aa

PF08079Ribosomal_L30_N218-225 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G388560	`PF08079`	Ribosomal_L30_N	11	81	3.3e-25	88.9
TkA04G388560	`PF16753`	Tipalpha	52	96	0.052	14.1
TkA04G388560	`PF00327`	Ribosomal_L30	87	137	1.1e-17	64.2
TkA04G388560	`PF16753`	Tipalpha	112	161	0.052	14.1
TkA04G388560	`PF08079`	Ribosomal_L30_N	218	225	3.3e-25	88.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LHP1`	拟南芥	sp\|Q9LHP1\|RL74_ARATH Large ribosomal subunit protein uL30w	85.600%	Swiss-Prot	高置信
`P60040`	拟南芥	sp\|P60040\|RL72_ARATH Large ribosomal subunit protein uL30y	85.200%	Swiss-Prot	高置信
`P60039`	拟南芥	sp\|P60039\|RL73_ARATH Large ribosomal subunit protein uL30x	83.100%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情