LXL04_038097 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038097

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 31185531-31188328 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1038 bp · LXL04_038097|LXL04_038097|OH1004|cDNA

ATGTGGGTGAAAGTCAGGGTTTCGATCCTGACTAGGAGCACATATGAGGATTTTCCTAAGAGGTGGTGGGTTCATGACATGGCTGAACCAAAAGGTGGTAGGGGAAAGGAAATACCTACATGGGTAATTGCAAACGGGCTATGCCCACCCATGCAAGGGAGTCCGAGTACTCATAACTATTCGCTATACGGCCCCTTCCCGCCGGTGACGCATCCCGTTATCAAGCTGCACATTAACCACTGTAAGTTTCCAAGTCGTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1038 bp · LXL04_038097|LXL04_038097|OH1004|CDS

ATGTGGGTGAAAGTCAGGGTTTCGATCCTGACTAGGAGCACATATGAGGATTTTCCTAAGAGGTGGTGGGTTCATGACATGGCTGAACCAAAAGGTGGTAGGGGAAAGGAAATACCTACATGGGTAATTGCAAACGGGCTATGCCCACCCATGCAAGGGAGTCCGAGTACTCATAACTATTCGCTATACGGCCCCTTCCCGCCGGTGACGCATCCCGTTATCAAGCTGCACATTAACCACTGTAAGTTTCCAAGTCGTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

345 aa · LXL04_038097|LXL04_038097|OH1004|PROTEIN

MWVKVRVSILTRSTYEDFPKRWWVHDMAEPKGGRGKEIPTWVIANGLCPPMQGSPSTHNYSLYGPFPPVTHPVIKLHINHCKFPSRFLIIVFVIQAYCEEMVEVNKPGQLVPESVLKKQKRNEEWALAKKQETESLKKKNAANRKLIFNRAKQYTKEYEDQQKELIQLKREARLKGGFYVNPEAKMLFIIRIRGINAMDPKSKKILQLLRLRQIFNGVFLKVNKATLNMLHRVEPYVTYGYPNLKSVKELIYKRGYGKLN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038097`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038097

位置 Chr09:31185531-31188328 (-)

描述 Similar to RPL7D: 60S ribosomal protein L7-4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g13580`	大亚基核糖体蛋白 uL30w。	暂无已核实直接文献
`At2g01250`	大核糖体亚基蛋白uL30y。	暂无已核实直接文献
`At2g44120`	大核糖体亚基蛋白uL30x。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038097 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000463 maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0002181 cytoplasmic translation 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0006941 striated muscle contraction 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0042273 ribosomal large subunit biogenesis 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G01250

ath:AT2G44120

ath:AT3G13580

mmu:19989

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.765

排名 1 · LXL04_038097 · OH-1004

细胞质0.139

排名 2 · LXL04_038097 · OH-1004

细胞核0.100

排名 3 · LXL04_038097 · OH-1004

质体0.019

排名 4 · LXL04_038097 · OH-1004

细胞膜0.017

排名 5 · LXL04_038097 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08079.18Ribosomal_L30_N111-181 aa

PF00327.26Ribosomal_L30187-237 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038097	`PF08079.18`	Ribosomal_L30_N	111	181	2.8e-25	89.1
LXL04_038097	`PF00327.26`	Ribosomal_L30	187	237	2.2e-17	63.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LHP1`	拟南芥	Large ribosomal subunit protein uL30w	85.593%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P60040`	拟南芥	Large ribosomal subunit protein uL30y	85.169%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P60039`	拟南芥	Large ribosomal subunit protein uL30x	83.051%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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