RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G388530
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 97727921-97730834 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1923 bp · TkA04G388530|TK1151|cDNA

ATGTTGTTTTTGGTGCAGATTAAGGTTGGAGACAAAATCAGGCGCCTGCATGCAGCAGGATTTGATTATCTTCATCACCTGGACACATTAGAGGAGAGTATTTCCATCCTCTTTGCTCTAGACCTCAATGCCGATTGCATACAGGGTCTGAATCTAAGAAGAAGGCACCAAAACAATCAAAACCAGTACCCTACACAGCCGGAGATCAATCACGGTTCTGCAGCACCGGCGGCGGTGGCTACGAACCCTAGGTATCCTAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1923 bp · TkA04G388530|TK1151|CDS

ATGTTGTTTTTGGTGCAGATTAAGGTTGGAGACAAAATCAGGCGCCTGCATGCAGCAGGATTTGATTATCTTCATCACCTGGACACATTAGAGGAGAGTATTTCCATCCTCTTTGCTCTAGACCTCAATGCCGATTGCATACAGGGTCTGAATCTAAGAAGAAGGCACCAAAACAATCAAAACCAGTACCCTACACAGCCGGAGATCAATCACGGTTCTGCAGCACCGGCGGCGGTGGCTACGAACCCTAGGTATCCTAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

640 aa · TkA04G388530|TK1151|PROTEIN

MLFLVQIKVGDKIRRLHAAGFDYLHHLDTLEESISILFALDLNADCIQGLNLRRRHQNNQNQYPTQPEINHGSAAPAAVATNPRYPSWREEVVALNKGISINKETVKIKRDQEDPEKYLVQFTYDANDDGIIILHFGSKRGDGSSDGLTKEDLIPSIKLHIQKGFGQKFIQESGTGIDLSTYKVDVQEVYMLVIQAATYGPISSKDYVFQFTSATFKKEEGECHIRVVHQFLRMNGVRYVLHDIYGDTDDEARNDRLEGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G388530
TK1151 IDTkA04G388530
OH-1004 IDLXL04_038096
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)75.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 53.906 / OH-1004 54.397
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G388530
位置Chr04:97727921-97730834 (-)
描述Similar to IRE1A: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1a
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g24360 Senses 通过其 N 末端结构域在内质网腔中展开蛋白质，从而导致酶自动激活。
Heat induces the splicing by IRE1 of a mRNA encoding a transcription factor involved in the unfolded protein response in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1073/pnas.1102117108
AtIRE1A/AtIRE1B and AGB1 independently control two essential unfolded protein response pathways in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04788.x
Arabidopsis IRE1 catalyses unconventional splicing of bZIP60 mRNA to produce the active transcription factor.2011 · DOI: 10.1038/srep00029
IRE1/bZIP60-mediated unfolded protein response plays distinct roles in plant immunity and abiotic stress responses.2012 · DOI: 10.1371/journal.pone.0031944
Alteration of the bZIP60/IRE1 pathway affects plant response to ER stress in Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1371/journal.pone.0039023
Degradation of the endoplasmic reticulum by autophagy during endoplasmic reticulum stress in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.101535
At2g17520 Senses 通过其 N 末端结构域在内质网腔中展开蛋白质，从而导致酶自动激活。
Characterization of two homologs of Ire1p, a kinase/endoribonuclease in yeast, in Arabidopsis thaliana.2002 · DOI: 10.1016/s0167-4781(02)00237-3
AtIRE1A/AtIRE1B and AGB1 independently control two essential unfolded protein response pathways in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04788.x
Arabidopsis IRE1 catalyses unconventional splicing of bZIP60 mRNA to produce the active transcription factor.2011 · DOI: 10.1038/srep00029
IRE1/bZIP60-mediated unfolded protein response plays distinct roles in plant immunity and abiotic stress responses.2012 · DOI: 10.1371/journal.pone.0031944

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os07g0471000 参与内质网 应激反应。
Signal transduction by IRE1-mediated splicing of bZIP50 and other stress sensors in the endoplasmic reticulum stress response of rice.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04844.x
Conservation of IRE1-regulated bZIP74 mRNA unconventional splicing in rice (Oryza sativa L.) involved in ER stress responses.2012 · DOI: 10.1093/mp/ssr115
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038096 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000394 RNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation 生物过程
GO:0002376 immune system process 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0006914 autophagy 生物过程
GO:0006986 response to unfolded protein 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程
GO:0030968 endoplasmic reticulum unfolded protein response 生物过程
GO:0034263 positive regulation of autophagy in response to ER overload 生物过程
GO:0034976 response to endoplasmic reticulum stress 生物过程
GO:0035966 response to topologically incorrect protein 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G17520
ath:AT3G11870
ath:AT5G24360
cel:CELE_C41C4.4
dosa:Os07g0471000
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.547
排名 1 · TkA04G388530 · TK1151
细胞核0.355
排名 2 · TkA04G388530 · TK1151
细胞膜0.118
排名 3 · TkA04G388530 · TK1151
线粒体0.079
排名 4 · TkA04G388530 · TK1151
内质网0.077
排名 5 · TkA04G388530 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08936CsoSCA_C7-54 aa
PF06293Kdo8-22 aa
PF26192RNF157-like_N100-241 aa
PF00069Pkinase259-517 aa
PF07714PK_Tyr_Ser-Thr266-511 aa
PF17667Pkinase_fungal357-446 aa
PF06293Kdo369-402 aa
PF08936CsoSCA_C435-459 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G388530PF08936CsoSCA_C7540.1712.4
TkA04G388530PF06293Kdo8220.06613.4
TkA04G388530PF26192RNF157-like_N1002413.1e-29103.0
TkA04G388530PF00069Pkinase2595172.9e-40139.0
TkA04G388530PF07714PK_Tyr_Ser-Thr2665111.1e-30107.5
TkA04G388530PF17667Pkinase_fungal3574462.4e-0524.0
TkA04G388530PF06293Kdo3694020.06613.4
TkA04G388530PF08936CsoSCA_C4354590.1712.4
TkA04G388530PF06479Ribonuc_2-5A5176351.7e-2796.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q93VJ2拟南芥sp|Q93VJ2|IRE1B_ARATH Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1b44.200%Swiss-Prot中等置信
Q9C5S2拟南芥sp|Q9C5S2|IRE1A_ARATH Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1a47.000%Swiss-Prot中等置信
Q7XIT1水稻sp|Q7XIT1|IRE1_ORYSJ Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE147.800%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看