RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G371330
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 93307399-93309144 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1548 bp · TkA04G371330|TK1151|cDNA

ATGCCATGTCGAGATTTTGTTTCTTACAATACCGTGATTGCAGGCTTGGCTTCAAGTGGTCGCGCAAGACACGCCTTGAAGGTGTTTGTTAAAATGCAACAAGAAGGATTTCAGGCAACCGGGCATACTTTCGTGAGTGTATTAAATGCATGTTCACGTGGATTGGATTTAAGACACGGGAAGCAAGTTCACGGAAATATCATAACTTGTGGTTCACTCTCCAATCCTTTTATCTGCAATGCTTTGACTGATTTCTATGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1548 bp · TkA04G371330|TK1151|CDS

ATGCCATGTCGAGATTTTGTTTCTTACAATACCGTGATTGCAGGCTTGGCTTCAAGTGGTCGCGCAAGACACGCCTTGAAGGTGTTTGTTAAAATGCAACAAGAAGGATTTCAGGCAACCGGGCATACTTTCGTGAGTGTATTAAATGCATGTTCACGTGGATTGGATTTAAGACACGGGAAGCAAGTTCACGGAAATATCATAACTTGTGGTTCACTCTCCAATCCTTTTATCTGCAATGCTTTGACTGATTTCTATGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

515 aa · TkA04G371330|TK1151|PROTEIN

MPCRDFVSYNTVIAGLASSGRARHALKVFVKMQQEGFQATGHTFVSVLNACSRGLDLRHGKQVHGNIITCGSLSNPFICNALTDFYAKCGQLDEAHKLFTEVEDKDVISWTTMISGYVQNGKEEDALMLFNKMLTNNIKPDKFTISSVVSSCARLAALTYGQTIHAKSVHMGVDKDTLVSTALVDMYAKCGQPSQSREIFDKINSKTIVSWNSMILGYAQNGKDLDSLRLYEEMLKDKIKPDGITFIGVLSACIHEALIE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G371330
TK1151 IDTkA04G371330
OH-1004 IDLXL04_019026
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)88.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 96.505 / OH-1004 81.007
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G371330
位置Chr04:93307399-93309144 (+)
描述Similar to PCMP-H60: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g27610
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g23330 推定含五重复肽的蛋白 At3g23330。 暂无已核实直接文献
At4g33170 含五肽重复序列的蛋白 At4g33170。 暂无已核实直接文献
At5g09950 推测为含有五聚重复肽的蛋白质At5g09950。 暂无已核实直接文献
At1g68930 推测含有五肽重复序列的蛋白 At1g68930。 暂无已核实直接文献
At5g40410 含五重复肽的蛋白 At5g40410，线粒体。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019026 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G68930
ath:AT2G27610
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.665
排名 1 · TkA04G371330 · TK1151
质体0.176
排名 2 · TkA04G371330 · TK1151
细胞核0.061
排名 3 · TkA04G371330 · TK1151
细胞质0.034
排名 4 · TkA04G371330 · TK1151
过氧化物酶体0.007
排名 5 · TkA04G371330 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12854PPR_13-33 aa
PF13041PPR_25-52 aa
PF13812PPR_35-51 aa
PF01535PPR7-37 aa
PF23276TPR_248-55 aa
PF17177PPR_long19-153 aa
PF13170DUF400321-46 aa
PF29070MSC6_N26-104 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G371330PF12854PPR_13332.8e-2485.3
TkA04G371330PF13041PPR_25521.6e-47160.1
TkA04G371330PF13812PPR_35511.5e-2073.8
TkA04G371330PF01535PPR7378.6e-48158.0
TkA04G371330PF23276TPR_248559.4e-1039.2
TkA04G371330PF17177PPR_long191534e-1040.2
TkA04G371330PF13170DUF400321460.01815.3
TkA04G371330PF29070MSC6_N261041.9e-1247.7
TkA04G371330PF01535PPR43708.6e-48158.0
TkA04G371330PF00637Clathrin70990.03514.6
TkA04G371330PF18768RNPP_C751050.1212.6
TkA04G371330PF17049AEP1751190.1312.1
TkA04G371330PF13041PPR_2771031.6e-47160.1
TkA04G371330PF01535PPR781068.6e-48158.0
TkA04G371330PF14475Mso1_Sec1_bdg78900.1112.7
TkA04G371330PF13812PPR_3791051.5e-2073.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LW63拟南芥sp|Q9LW63|PP251_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2333039.600%Swiss-Prot中等置信
Q9SMZ2拟南芥sp|Q9SMZ2|PP347_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3317038.200%Swiss-Prot中等置信
Q9FIB2拟南芥sp|Q9FIB2|PP373_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g0995040.700%Swiss-Prot中等置信
Q9CAA8拟南芥sp|Q9CAA8|PP108_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g6893036.500%Swiss-Prot中等置信
Q9FND6拟南芥sp|Q9FND6|PP411_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g40410, mitochondrial38.600%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看