TkA04G369070 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G369070

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 92792107-92793254 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

648 bp · TkA04G369070|TK1151|cDNA

ATGTTTAATCAATGGTTTAGATCTTCACCAACACCACTTCACACGGATCACCATTACAATTTCACTCGGATCACCCGGAGCGCCATTCCTCCGACACCAGCCTCGATCTTCACCAGCTCCTCTCCACGCTTGCACGCCGATTCACTTGCACGCCAGACGATTTCCATCTCTATATTTATCCTCCCGATTTCAAATGGAGATGAAATTGGTTTTCGATTCCATCCCAATTTCACCTCCGACACACACAGGTATGGTTTCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

648 bp · TkA04G369070|TK1151|CDS

ATGTTTAATCAATGGTTTAGATCTTCACCAACACCACTTCACACGGATCACCATTACAATTTCACTCGGATCACCCGGAGCGCCATTCCTCCGACACCAGCCTCGATCTTCACCAGCTCCTCTCCACGCTTGCACGCCGATTCACTTGCACGCCAGACGATTTCCATCTCTATATTTATCCTCCCGATTTCAAATGGAGATGAAATTGGTTTTCGATTCCATCCCAATTTCACCTCCGACACACACAGGTATGGTTTCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

215 aa · TkA04G369070|TK1151|PROTEIN

MFNQWFRSSPTPLHTDHHYNFTRITRSAIPPTPASIFTSSSPRLHADSLARQTISISIFILPISNGDEIGFRFHPNFTSDTHRYGFVLSSTLSSSFHNNRTSIIFAAQISLMHHLDDSTISLPLHRHHHRITLTAPPSHRSGTPSQVCSSMAEHLASIFGTEKDRVNCPFYFKIGACRHGDRCSSLHTTSSTFVYMQTAVLPMVKLPVCYSFYHG

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G369070`
TK1151 ID	TkA04G369070
OH-1004 ID	LXL04_020562
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 54.419 / OH-1004 31.536 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G369070

位置 Chr04:92792107-92793254 (+)

描述 Similar to Tbc1d8b: TBC1 domain family member 8B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g42820`	对前mRNA的剪接是必需的（按相似性）。	暂无已核实直接文献
`At1g27650`	对前mRNA的剪接是必需的（按相似性）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0564200`	前体 mRNA 剪接所必需的。	暂无已核实直接文献
`Os09g0491756`	前体 mRNA 剪接所必需的。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020562 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0003008 system process 生物过程

GO:0003094 glomerular filtration 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005096 GTPase activator activity 分子功能

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

dre:566657

hsa:23158

hsa:54885

mmu:245638

mmu:71310

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.561

排名 1 · TkA04G369070 · TK1151

细胞质0.412

排名 2 · TkA04G369070 · TK1151

细胞膜0.064

排名 3 · TkA04G369070 · TK1151

线粒体0.060

排名 4 · TkA04G369070 · TK1151

内质网0.059

排名 5 · TkA04G369070 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23192NOMO_12th71-114 aa

PF16131Torus161-189 aa

PF25585zf-CCCH_DUS3L163-187 aa

PF00642zf-CCCH164-187 aa

PF18345zf_CCCH_4168-187 aa

PF18044zf-CCCH_4168-183 aa

PF23192NOMO_12th190-196 aa

PF00642zf-CCCH206-213 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G369070	`PF23192`	NOMO_12th	71	114	0.13	13.7
TkA04G369070	`PF16131`	Torus	161	189	0.23	12.7
TkA04G369070	`PF25585`	zf-CCCH_DUS3L	163	187	0.028	15.1
TkA04G369070	`PF00642`	zf-CCCH	164	187	5e-07	30.2
TkA04G369070	`PF18345`	zf_CCCH_4	168	187	0.0087	16.8
TkA04G369070	`PF18044`	zf-CCCH_4	168	183	0.061	13.8
TkA04G369070	`PF23192`	NOMO_12th	190	196	0.13	13.7
TkA04G369070	`PF00642`	zf-CCCH	206	213	5e-07	30.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FMY5`	拟南芥	sp\|Q9FMY5\|U2AFB_ARATH Splicing factor U2af small subunit B	97.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q9S709`	拟南芥	sp\|Q9S709\|U2AFA_ARATH Splicing factor U2af small subunit A	97.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q6AUG0`	水稻	sp\|Q6AUG0\|U2AFB_ORYSJ Splicing factor U2af small subunit B	85.100%	Swiss-Prot	低置信
`Q9ZQW8`	水稻	sp\|Q9ZQW8\|U2AFA_ORYSJ Splicing factor U2af small subunit A	90.200%	Swiss-Prot	低置信

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