TkA04G365510 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G365510

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 91863685-91867943 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3380 bp · TkA04G365510|TK1151|cDNA

AAAAATTCTCCCTTCAAAGAGACTGTAAAATTTATCTATGGCGCGAATAATCGAACTAAAAACACCCTCCAGAGTCCAGACTAGGGTTCATCTCCACAAATAATCAATCCCTCAAAATTCTCCATTTTCAACGAGAAACAAACGATGGGGCTTTTCACGACCGAAGTCCATGAGTTGAAAACCCTATTATCTGCTAATAATAACTCAAAATCAGAAAAATCGTCCCTGTACTCGACGCTATTACAACTCCAAGAACACTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2955 bp · TkA04G365510|TK1151|CDS

ATGGGGCTTTTCACGACCGAAGTCCATGAGTTGAAAACCCTATTATCTGCTAATAATAACTCAAAATCAGAAAAATCGTCCCTGTACTCGACGCTATTACAACTCCAAGAACACTCGACTACTAATCCTTCCCTCCTCCAATCTCTGGCTGATTCATCTCACGTTCTTCTAACGTCGATGGCGAACGATATTTCAGACGATGATGAGGAAATTGCTGCACAGGCCTTGAAGTGCATGGGATTCATGATTTACCATCCATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

984 aa · TkA04G365510|TK1151|PROTEIN

MGLFTTEVHELKTLLSANNNSKSEKSSLYSTLLQLQEHSTTNPSLLQSLADSSHVLLTSMANDISDDDEEIAAQALKCMGFMIYHPSIVTGILGADADMVLNSLQKVILSTRIKSVCNLGVWCISVQQFSPSILDAHIDSLVRAIVHALDNPTGSLSTTFEAMQAVMKLVTQSNEKMREISNLWAPPIYRRLVSANKREKDMSERCLLKIKPTLCPPPKSLSKAVIIDVKRKLLPAMEELLKNGMKIQAIQSWGWFTLLI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G365510`
TK1151 ID	TkA04G365510
OH-1004 ID	LXL04_002729
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	96.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G365510`
位置	Chr04:91863685-91867943 (+)
描述	Similar to Rif1: Telomere-associated protein RIF1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_002729` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0000723 telomere maintenance 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006974 DNA damage response 生物过程 GO:0019827 stem cell population maintenance 生物过程 GO:0031509 subtelomeric heterochromatin formation 生物过程 GO:0043247 telomere maintenance in response to DNA damage 生物过程 GO:0045814 negative regulation of gene expression, epigenetic 生物过程 GO:1990830 cellular response to leukemia inhibitory factor 生物过程 GO:2000042 negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination 生物过程 GO:2001034 positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining 生物过程 GO:0000781 chromosome, telomeric region 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	gga:424316 hsa:55183 mmu:51869 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.673

排名 1 · TkA04G365510 · TK1151

细胞质0.354

排名 2 · TkA04G365510 · TK1151

高尔基体0.038

排名 3 · TkA04G365510 · TK1151

细胞膜0.036

排名 4 · TkA04G365510 · TK1151

内质网0.032

排名 5 · TkA04G365510 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08146BP28CT14-35 aa

PF12231Rif1_N19-363 aa

PF16213DCB23-108 aa

PF25782TPR_CAND126-84 aa

PF21047HEAT_Maestro56-114 aa

PF14644DUF445698-202 aa

PF25782TPR_CAND1126-171 aa

PF16213DCB127-174 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G365510	`PF08146`	BP28CT	14	35	0.81	10.3
TkA04G365510	`PF12231`	Rif1_N	19	363	8.3e-38	131.0
TkA04G365510	`PF16213`	DCB	23	108	0.18	12.3
TkA04G365510	`PF25782`	TPR_CAND1	26	84	0.51	11.4
TkA04G365510	`PF21047`	HEAT_Maestro	56	114	0.12	12.9
TkA04G365510	`PF14644`	DUF4456	98	202	0.11	13.0
TkA04G365510	`PF25782`	TPR_CAND1	126	171	0.51	11.4
TkA04G365510	`PF16213`	DCB	127	174	0.18	12.3
TkA04G365510	`PF16213`	DCB	326	375	0.18	12.3
TkA04G365510	`PF16213`	DCB	450	490	0.18	12.3
TkA04G365510	`PF08146`	BP28CT	450	496	0.81	10.3
TkA04G365510	`PF21047`	HEAT_Maestro	460	513	0.12	12.9
TkA04G365510	`PF08146`	BP28CT	558	607	0.81	10.3
TkA04G365510	`PF25782`	TPR_CAND1	576	607	0.51	11.4
TkA04G365510	`PF16213`	DCB	709	749	0.18	12.3
TkA04G365510	`PF25782`	TPR_CAND1	710	760	0.51	11.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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