RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G351470
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 88719068-88721762 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1274 bp · TkA04G351470|TK1151|cDNA

TTTACTTCCAGTTGAAGAGGCGACTGAGAGATATTTGCAGTCTAGTAACCGACTTCTTATACTGGCAAGGATTTAATGCGACATTAACTGAACCGCTTGATAGTCCTGAGAGACGTGGAGGTGATCAGATAAGAGAAATGGATCTTAAATTGCACCCGGATTTGAAAGAACCGCTGACTAGGATTTGTAGTGATCCAAAAACGACAGTTGTTGTACTTAGTGGAAGCGATAGAGGTGTACTTGATGAGAACTTTGGTGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

594 bp · TkA04G351470|TK1151|CDS

ATGCAGAATTTGTTGGCTGCAAAGCGAGAGACATGTTGCAGCATCTTGGACAGGCCAATATCAAATGCGTCAGTAGATGTTGTCCAAGGTAGCCGATCTGTCGAGGTTCGAGCCGTTGGTGTTACAAAGGGTGTTACAATTGTTCGAATATTAGGAGAGATCGTTCACAGCAAATCCATTTCGGCCCCAATTGATTATGTCCTATGTGTTGGCCATTCTCTAGGAAAGGACGAAGATATTTACACGTTTTTTGAGCCGGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

197 aa · TkA04G351470|TK1151|PROTEIN

MQNLLAAKRETCCSILDRPISNASVDVVQGSRSVEVRAVGVTKGVTIVRILGEIVHSKSISAPIDYVLCVGHSLGKDEDIYTFFEPELPSDNIGIPRTKLSDSTKSCRDRKSGRSGSKSSQKHGNRHNENKRNSNGNSSNNNGNSNGNSGRRSSPSPDKITWNVLDLKGDNYFSCAVGRKRTNARYLLRHRMMWFVF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G351470
TK1151 IDTkA04G351470
OH-1004 IDLXL04_037795
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)98.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 86.294 / OH-1004 18.418
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G351470
位置Chr04:88719068-88721762 (+)
描述Similar to TPS1: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase [UDP-forming] 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g78580 正常胚胎发育、营养生长和开花过渡所需。
Trehalose metabolism in Arabidopsis: occurrence of trehalose and molecular cloning and characterization of trehalose-6-phosphate synthase homologues.2001 · DOI: 10.1093/jexbot/52.362.1817
Trehalose-6-phosphate synthase 1, which catalyses the first step in trehalose synthesis, is essential for Arabidopsis embryo maturation.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01220.x
Truncation of Arabidopsis thaliana and Selaginella lepidophylla trehalose-6-phosphate synthase unlocks high catalytic activity and supports high trehalose levels on expression in yeast.2002 · DOI: 10.1042/bj20020517
Trehalose 6-phosphate is indispensable for carbohydrate utilization and growth in Arabidopsis thaliana.2003 · DOI: 10.1073/pnas.1132018100
Arabidopsis trehalose-6-phosphate synthase 1 is essential for normal vegetative growth and transition to flowering.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.039743
Trehalose metabolism and glucose sensing in plants.2005 · DOI: 10.1042/bst0330276
The role of trehalose-6-phosphate synthase in Arabidopsis embryo development.2005 · DOI: 10.1042/bst0330280
Delayed embryo development in the ARABIDOPSIS TREHALOSE-6-PHOSPHATE SYNTHASE 1 mutant is associated with altered cell wall structure, decreased cell division and starch accumulation.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02662.x
Isolation and molecular characterization of the Arabidopsis TPS1 gene, encoding trehalose-6-phosphate synthase.1998 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.1998.00063.x
At4g27550 可能的 α,α-海藻糖磷酸合酶 [UDP 形成型] 4。 暂无已核实直接文献
At1g16980 可能的 α,α-海藻糖磷酸合酶 [UDP形成] 2。 暂无已核实直接文献
At1g17000 可能的α,α-海藻糖-磷酸合酶 [UDP-形成] 3。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037795 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0005991 trehalose metabolic process 生物过程
GO:0005992 trehalose biosynthetic process 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0009832 plant-type cell wall biogenesis 生物过程
GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0048574 long-day photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0051301 cell division 生物过程
GO:0080186 developmental vegetative growth 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G16980
ath:AT1G17000
ath:AT1G78580
ath:AT4G27550
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.527
排名 1 · TkA04G351470 · TK1151
细胞质0.406
排名 2 · TkA04G351470 · TK1151
细胞膜0.074
排名 3 · TkA04G351470 · TK1151
线粒体0.048
排名 4 · TkA04G351470 · TK1151
内质网0.036
排名 5 · TkA04G351470 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02358Trehalose_PPase19-106 aa
PF09726Macoilin96-155 aa
PF02358Trehalose_PPase171-188 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G351470PF02358Trehalose_PPase191066.4e-1349.1
TkA04G351470PF09726Macoilin961553.66.8
TkA04G351470PF02358Trehalose_PPase1711886.4e-1349.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SYM4拟南芥sp|Q9SYM4|TPS1_ARATH Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase [UDP-forming] 168.900%Swiss-Prot高置信
Q9T079拟南芥sp|Q9T079|TPS4_ARATH Probable alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase [UDP-forming] 446.500%Swiss-Prot中等置信
Q9FZ57拟南芥sp|Q9FZ57|TPS2_ARATH Probable alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase [UDP-forming] 268.100%Swiss-Prot低置信
Q9SHG0拟南芥sp|Q9SHG0|TPS3_ARATH Probable alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase [UDP-forming] 353.800%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看