TkA04G348670 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G348670

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 88081426-88084956 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1923 bp · TkA04G348670|TK1151|cDNA

AAAAATCAAGAAATTTTGCCTCCCGCTATTTTCCATTTTGCTCCCCCAAAGTCCCAAACCCTCCCACTCGCCAATACTGAAGATTTGAAAATTTTGAAATTGAGAGAAGTGGTCGAGAAGATGAGGGAAGAAGATATCGAGAAATTGAGAGGAGTCGTCAGAGATTGCGTTAGTAAACATCTATACTCGTCGGCGATATTCTTCGCTGACAAGGTCGCCGCCTTCACTTCCGATCCCGCTGATATCTACATGCAAGCACA...

CDS

下载 CDS FASTA

1749 bp · TkA04G348670|TK1151|CDS

AAAAATCAAGAAATTTTGCCTCCCGCTATTTTCCATTTTGCTCCCCCAAAGTCCCAAACCCTCCCACTCGCCAATACTGAAGATTTGAAAATTTTGAAATTGAGAGAAGTGGTCGAGAAGATGAGGGAAGAAGATATCGAGAAATTGAGAGGAGTCGTCAGAGATTGCGTTAGTAAACATCTATACTCGTCGGCGATATTCTTCGCTGACAAGGTCGCCGCCTTCACTTCCGATCCCGCTGATATCTACATGCAAGCACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

582 aa · TkA04G348670|TK1151|PROTEIN

KNQEILPPAIFHFAPPKSQTLPLANTEDLKILKLREVVEKMREEDIEKLRGVVRDCVSKHLYSSAIFFADKVAAFTSDPADIYMQAQALFLGRHYRRAFHLLNASQIVLRDLRFRYLAAKCLEELKEWDQCLLMLGEAKVDEYGNFSDTKDSNAMYLDKDSEDREINISSAICFLRGKAYEALENRSQARQWYKAAIRADPLCYEAIECLIENHMLTCEEEKSLLSSLQFAQEDSWLSSFYSCLIKKYDKVSVVEEKFKE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G348670`
TK1151 ID	TkA04G348670
OH-1004 ID	LXL04_037769
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 95.902 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G348670

位置 Chr04:88081426-88084956 (-)

描述 Similar to APC6: Anaphase-promoting complex subunit 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g78770`	后期促进复合物/环体的组成部分，这是一种细胞周期调节的 E3 泛素-蛋白连接酶复合物，可控制细胞周期有丝分裂和 G1 期的进展。	The NOMEGA gene required for female gametophyte development encodes the putative APC6/CDC16 component of the Anaphase Promoting Complex in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01925.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037769 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007346 regulation of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031145 anaphase-promoting complex-dependent catabolic process 生物过程

GO:0032297 negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation 生物过程

GO:0032875 regulation of DNA endoreduplication 生物过程

GO:0045842 positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051445 regulation of meiotic cell cycle 生物过程

GO:0070936 protein K48-linked ubiquitination 生物过程

GO:0070979 protein K11-linked ubiquitination 生物过程

GO:0141198 protein branched polyubiquitination 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G78770

hsa:8881

mmu:69957

sce:YKL022C

spo:2541592

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.494

排名 1 · TkA04G348670 · TK1151

细胞核0.439

排名 2 · TkA04G348670 · TK1151

高尔基体0.096

排名 3 · TkA04G348670 · TK1151

溶酶体／液泡0.081

排名 4 · TkA04G348670 · TK1151

细胞膜0.060

排名 5 · TkA04G348670 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30049POG1_N29-61 aa

PF12895ANAPC359-138 aa

PF29407CFAP70_TPR_C59-139 aa

PF23300HEAT_Nup12075-109 aa

PF07719TPR_283-103 aa

PF13432TPR_1683-129 aa

PF13174TPR_683-102 aa

PF21033RMD1-3103-138 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G348670	`PF30049`	POG1_N	29	61	0.03	15.0
TkA04G348670	`PF12895`	ANAPC3	59	138	8.8e-24	84.4
TkA04G348670	`PF29407`	CFAP70_TPR_C	59	139	2.1e-08	34.7
TkA04G348670	`PF23300`	HEAT_Nup120	75	109	0.026	15.1
TkA04G348670	`PF07719`	TPR_2	83	103	2.4e-28	96.6
TkA04G348670	`PF13432`	TPR_16	83	129	1.3e-09	39.1
TkA04G348670	`PF13174`	TPR_6	83	102	0.86	11.1
TkA04G348670	`PF21033`	RMD1-3	103	138	1.9e-08	34.5
TkA04G348670	`PF13429`	TPR_15	110	229	0.037	14.2
TkA04G348670	`PF14559`	TPR_19	111	136	1.3e-11	45.3
TkA04G348670	`PF13428`	TPR_14	114	138	3.5e-14	52.6
TkA04G348670	`PF07719`	TPR_2	116	132	2.4e-28	96.6
TkA04G348670	`PF13174`	TPR_6	116	135	0.86	11.1
TkA04G348670	`PF00515`	TPR_1	119	132	6.8e-25	86.5
TkA04G348670	`PF24575`	TPR_Slam	126	182	0.002	19.2
TkA04G348670	`PF25068`	ARM_TT21_4th	158	197	6.6e-08	33.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`B3DNN5`	拟南芥	sp\|B3DNN5\|CDC16_ARATH Anaphase-promoting complex subunit 6	78.200%	Swiss-Prot	高置信

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