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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G314650
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 79307113-79309082 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1200 bp · TkA04G314650|TK1151|cDNA

TTCAAAAAAGTATAAAACTCTAAAATAAAAAACAAAGTCTGCTAGATGACGCTGAACCACTCTCTAGTGGACGAATAATAAAAACAAATCTACAAAAGAACCCCAACACAGCAACACCAATCAACCAATTATTCCCCTCCATTTTCCATTTTCTCTTTCATTTCTCCACCATAACACCCAAACCCCACTTGTGTTCTTCCTTTTTCACCCACAACCCTCACCGGAAAATCTCCAATTGTTTAAATTCCGGCAATGGTCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

756 bp · TkA04G314650|TK1151|CDS

ATGGTCTCTCCGGAACCCACGAATTGGATCTACGAGTACGGGTTGATTGATGAAATTGCAGTACCTGATGGAAACTACACCGTTCCTGTTTCCGGATTCAGCTGGCCGATTCACGCAACGACCGTGAACAACAACGGTTCGTCGTCGAACCCTAGTTTGGATCTCGATGGCTCGATCATGGATTCAGACAGCCATAATAATGACTCCAGATCGAAAAAACGATTTATAAACGAAGATTGTCACTTTGATAGGGGAAGATC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

251 aa · TkA04G314650|TK1151|PROTEIN

MVSPEPTNWIYEYGLIDEIAVPDGNYTVPVSGFSWPIHATTVNNNGSSSNPSLDLDGSIMDSDSHNNDSRSKKRFINEDCHFDRGRSESCSGTSTKACREKLRRDKLNDKFLELASILEPGRPPKIDKSAILVDAVRMVTQLRKEAQKLKDSSSDLQEKIKELKTEKNELRDEKQRLKIEKEKLEQQVNTMNAQPPSFMPHHPPAIPTYGGHAIGNKLVPIMSYPGMAMWQFMPPAAVDTSQDHVLHPPVA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G314650
TK1151 IDTkA04G314650
OH-1004 IDLXL04_037512
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G314650
位置Chr04:79307113-79309082 (-)
描述Similar to ILR3: Transcription factor ILR3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g54680 转录因子。
An Arabidopsis basic helix-loop-helix leucine zipper protein modulates metal homeostasis and auxin conjugate responsiveness.2006 · DOI: 10.1534/genetics.106.061044
At1g51070 转录因子 bHLH115。 暂无已核实直接文献
At4g14410 转录因子bHLH104。 暂无已核实直接文献
At3g23210 转录因子 bHLH34。 暂无已核实直接文献
At3g19860 转录因子 bHLH121。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037512 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006879 intracellular iron ion homeostasis 生物过程
GO:0010030 positive regulation of seed germination 生物过程
GO:0019760 glucosinolate metabolic process 生物过程
GO:0060586 multicellular organismal-level iron ion homeostasis 生物过程
GO:0071333 cellular response to glucose stimulus 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能
GO:0043565 sequence-specific DNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G51070
ath:AT3G19860
ath:AT3G23210
ath:AT4G14410
ath:AT5G54680
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.973
排名 1 · TkA04G314650 · TK1151
细胞质0.120
排名 2 · TkA04G314650 · TK1151
细胞膜0.022
排名 3 · TkA04G314650 · TK1151
内质网0.013
排名 4 · TkA04G314650 · TK1151
质体0.008
排名 5 · TkA04G314650 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13600DUF414019-56 aa
PF08644SPT1628-48 aa
PF09726Macoilin42-191 aa
PF13476AAA_2372-190 aa
PF10267Tmemb_cc284-190 aa
PF29075NOCA1_mid87-96 aa
PF30829MIA2_CC88-151 aa
PF23177bHLH_IRO393-181 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G314650PF13600DUF414019560.00219.3
TkA04G314650PF08644SPT1628480.312.2
TkA04G314650PF09726Macoilin421910.1811.1
TkA04G314650PF13476AAA_23721900.005618.1
TkA04G314650PF10267Tmemb_cc2841900.08612.8
TkA04G314650PF29075NOCA1_mid87960.3611.4
TkA04G314650PF30829MIA2_CC881512.46.8
TkA04G314650PF23177bHLH_IRO3931811.9e-42144.2
TkA04G314650PF00010HLH951434.2e-0936.8
TkA04G314650PF03879Cgr1961071.110.4
TkA04G314650PF23435DUF71211011130.006716.6
TkA04G314650PF30671CCDC170_1st1041910.0215.0
TkA04G314650PF13600DUF41401231900.00219.3
TkA04G314650PF23649FKBP151291940.001718.7
TkA04G314650PF02888CaMBD1311930.06914.0
TkA04G314650PF20492ERM_helical1321920.01216.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FH37拟南芥sp|Q9FH37|ILR3_ARATH Transcription factor ILR362.700%Swiss-Prot高置信
Q9C682拟南芥sp|Q9C682|BH115_ARATH Transcription factor bHLH11552.400%Swiss-Prot高置信
Q8L467拟南芥sp|Q8L467|BH104_ARATH Transcription factor bHLH10448.600%Swiss-Prot中等置信
Q9LTC7拟南芥sp|Q9LTC7|BH034_ARATH Transcription factor bHLH3448.600%Swiss-Prot中等置信
Q9LT23拟南芥sp|Q9LT23|BH121_ARATH Transcription factor bHLH12153.800%Swiss-Prot低置信

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