RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G314210
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 79141958-79148470 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3159 bp · TkA04G314210|TK1151|cDNA

ATAGTACCCTGATGATGGTCTGATCGAAGAATTCGGTTACTATTTTCATTCGCACACGTTTCTGCAAAATTCGATTACGATATTATTGAAGTTCATAATCAAAACTATTGCACAATTTCATAACTTCCTGCTAAGTAGTTTGTTTCCGCTGATCCTATCAAGACAAAATGGAGGACGTATTCGTTGCCATCGTTTCGATGCTTCTCATTGTTGCTTTAATTCCACTTTACCTATGGCGACGACGTCAGGTCCCGCAGTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1968 bp · TkA04G314210|TK1151|CDS

ATGATCACATTCCCATGGAAACCATGGCTTCTCCTGTTTCTTTTCCACGTATGTAAAGCTCAAGACAATGGAGAAACTCCAGTCACGTTACCGAAGGACGCCGACACCTGTAACGGAATCTTCTTACAATACAACTTCGATTCACGACAGAAAGAATACCCGCATCTGAAGAACGCCACCGCACAATCATGGGCGTTCAAGTCGCAGTTAAACGTCATCAACACCGGGGCCACCGAGCTGAAAACATGGCAGGCGTTTAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

655 aa · TkA04G314210|TK1151|PROTEIN

MITFPWKPWLLLFLFHVCKAQDNGETPVTLPKDADTCNGIFLQYNFDSRQKEYPHLKNATAQSWAFKSQLNVINTGATELKTWQAFIGFQHREILVSVDGATILNGDSFPTKVGKNGTHLTGYPQADLRTAIDTAGDLGQMAAKVKIKGTMFGVRVGGNVMPTSIKLENEGFKCPKATTKGRQSMHVCCTKDPKFKPKKKLLKFFPRRRADLSFTYDVIQSFAGNYMAQVTIDNNHPLGRLDHWNLTFEWMRNEFIYDMR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G314210
TK1151 IDTkA04G314210
OH-1004 IDLXL04_037498
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.542 / OH-1004 99.694
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G314210
位置Chr04:79141958-79148470 (-)
描述Similar to COBL10: COBRA-like protein 10
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g20580 参与花粉管中顶端果胶帽和纤维素微纤维的沉积。
Arabidopsis COBRA-LIKE 10, a GPI-anchored protein, mediates directional growth of pollen tubes.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12139
At4g27110 参与花粉管顶端果胶帽和纤维素微纤维的沉积。 暂无已核实直接文献
At4g16120 类 COBRA 蛋白 7。 暂无已核实直接文献
At3g16860 类眼镜蛇样蛋白 8。 暂无已核实直接文献
At5g49270 COBRA 样蛋白 9。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os07g0103200 ufmylation底物适配器，将类泛素修饰物UFM1共价连接到底物蛋白上。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037498 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009860 pollen tube growth 生物过程
GO:0009932 cell tip growth 生物过程
GO:0010053 root epidermal cell differentiation 生物过程
GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程
GO:0010215 cellulose microfibril organization 生物过程
GO:0048765 root hair cell differentiation 生物过程
GO:0048768 root hair cell tip growth 生物过程
GO:0052324 plant-type cell wall cellulose biosynthetic process 生物过程
GO:0071555 cell wall organization 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005768 endosome 细胞组分
GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G16860
ath:AT3G20580
ath:AT4G16120
ath:AT4G27110
ath:AT5G49270
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.600
排名 1 · TkA04G314210 · TK1151
细胞外0.241
排名 2 · TkA04G314210 · TK1151
内质网0.102
排名 3 · TkA04G314210 · TK1151
细胞质0.069
排名 4 · TkA04G314210 · TK1151
高尔基体0.066
排名 5 · TkA04G314210 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25079COB_C43-118 aa
PF00553CBM_265-105 aa
PF04833COBRA_N81-102 aa
PF04833COBRA_N183-193 aa
PF25079COB_C213-251 aa
PF00553CBM_2215-258 aa
PF04833COBRA_N226-405 aa
PF25079COB_C413-623 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G314210PF25079COB_C431182.1e-99332.4
TkA04G314210PF00553CBM_2651057.7e-0523.7
TkA04G314210PF04833COBRA_N811027.5e-61205.6
TkA04G314210PF04833COBRA_N1831937.5e-61205.6
TkA04G314210PF25079COB_C2132512.1e-99332.4
TkA04G314210PF00553CBM_22152587.7e-0523.7
TkA04G314210PF04833COBRA_N2264057.5e-61205.6
TkA04G314210PF25079COB_C4136232.1e-99332.4
TkA04G314210PF00553CBM_24935307.7e-0523.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LJU0拟南芥sp|Q9LJU0|CBL10_ARATH COBRA-like protein 1060.600%Swiss-Prot高置信
Q9T045拟南芥sp|Q9T045|CBL11_ARATH COBRA-like protein 1156.800%Swiss-Prot高置信
Q8GZ17拟南芥sp|Q8GZ17|COBL7_ARATH COBRA-like protein 751.400%Swiss-Prot高置信
Q9LIB6拟南芥sp|Q9LIB6|COBL8_ARATH COBRA-like protein 848.700%Swiss-Prot中等置信
Q9FJ13拟南芥sp|Q9FJ13|COBL9_ARATH COBRA-like protein 949.600%Swiss-Prot中等置信
Q8LH03水稻sp|Q8LH03|DDRGK_ORYSJ DDRGK domain-containing protein 168.800%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看