TkA04G307110 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G307110

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 77522625-77523553 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

770 bp · TkA04G307110|TK1151|cDNA

CCATTTCTCCCATTCCTCTACGTTATTCCCACCTCCACCGACCCCTCCTTCCTCCGGCGGCTTCCTCCGGCAACCACCACGGCGATGGAGACTCTTCTAAATGTCATCAACAGAATCTTCACGGCGTTGCTCACTTGCGCCTTCGCTTCTGGAGGAGCGGTGATCGGGATAATTACCGGCGCAATCAAAGGGCAAACGACGGAAACGGGGCTAGTTCGTGGAGCTGGTGTAGGTGCAGTCACTGGTGCGATCACAGCTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

585 bp · TkA04G307110|TK1151|CDS

ATGGAGACTCTTCTAAATGTCATCAACAGAATCTTCACGGCGTTGCTCACTTGCGCCTTCGCTTCTGGAGGAGCGGTGATCGGGATAATTACCGGCGCAATCAAAGGGCAAACGACGGAAACGGGGCTAGTTCGTGGAGCTGGTGTAGGTGCAGTCACTGGTGCGATCACAGCTTTGCAGATCATGGATATGATCGCTAATGGCGAACCATTCTCGAAGGTCGCATTGTTGCATAGTCTTGTAAACGGGAAAGTGTTCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

194 aa · TkA04G307110|TK1151|PROTEIN

METLLNVINRIFTALLTCAFASGGAVIGIITGAIKGQTTETGLVRGAGVGAVTGAITALQIMDMIANGEPFSKVALLHSLVNGKVFIEWVSPAVLKAYQWQTSAIEMSLVDMFDTEINGERGLSDDDLNRLPKCQFANRKGEECKHTNCAICLQDFENEEEGRELPNCGHGFHLDCIDEWLIRQGSCPICRRDV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G307110`
TK1151 ID	TkA04G307110
OH-1004 ID	LXL04_037427
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	95.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 86.607 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G307110

位置 Chr04:77522625-77523553 (+)

描述 Similar to ATL27: NEP1-interacting protein-like 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g66070`	可能参与植物防御信号通路的早期阶段。	暂无已核实直接文献
`At2g17730`	内在类囊体膜蛋白，将 RPOT2 固定在类囊体膜的基质侧。	暂无已核实直接文献
`At4g35840`	内在类囊体膜蛋白，将 RPOT2 固定在类囊体膜的基质侧。	暂无已核实直接文献
`At1g74410`	可能参与植物防御信号通路的早期阶段。	暂无已核实直接文献
`At2g17450`	E3 泛素-蛋白连接酶，在体外具有 E3 泛素连接酶活性，并介导蛋白单泛素化。	Ligand-induced monoubiquitination of BIK1 regulates plant immunity.2020 · DOI: 10.1038/s41586-020-2210-3

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037427 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006513 protein monoubiquitination 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0042170 plastid membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G74410

ath:AT2G17450

ath:AT2G17730

ath:AT4G35840

ath:AT5G66070

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.288

排名 1 · TkA04G307110 · TK1151

细胞质0.268

排名 2 · TkA04G307110 · TK1151

细胞核0.179

排名 3 · TkA04G307110 · TK1151

线粒体0.167

排名 4 · TkA04G307110 · TK1151

高尔基体0.142

排名 5 · TkA04G307110 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17647DUF551818-66 aa

PF06897DUF126921-64 aa

PF13436Gly-zipper_OmpA21-56 aa

PF13441Gly-zipper_YMGG22-57 aa

PF13488Gly-zipper_Omp23-56 aa

PF10439Bacteriocin_IIc23-56 aa

PF06897DUF126924-43 aa

PF22191IBR_1132-156 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G307110	`PF17647`	DUF5518	18	66	0.0049	17.7
TkA04G307110	`PF06897`	DUF1269	21	64	2.0	9.5
TkA04G307110	`PF13436`	Gly-zipper_OmpA	21	56	3.8	8.1
TkA04G307110	`PF13441`	Gly-zipper_YMGG	22	57	0.00082	20.0
TkA04G307110	`PF13488`	Gly-zipper_Omp	23	56	0.19	12.4
TkA04G307110	`PF10439`	Bacteriocin_IIc	23	56	3.5	8.4
TkA04G307110	`PF06897`	DUF1269	24	43	2.0	9.5
TkA04G307110	`PF22191`	IBR_1	132	156	1.2	9.8
TkA04G307110	`PF08746`	zf-RING-like	140	190	0.94	10.4
TkA04G307110	`PF00097`	zf-C3HC4	142	158	1.8e-07	31.6
TkA04G307110	`PF17123`	zf-RING_11	143	147	1.7e-10	41.1
TkA04G307110	`PF13923`	zf-C3HC4_2	143	154	9.7e-08	32.4
TkA04G307110	`PF14634`	zf-RING_5	143	156	6.8e-07	29.9
TkA04G307110	`PF13445`	zf-RING_UBOX	143	155	1.5e-06	28.8
TkA04G307110	`PF15227`	zf-C3HC4_4	143	164	0.029	15.2
TkA04G307110	`PF14570`	zf-RING_4	143	163	0.048	14.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FKX5`	拟南芥	sp\|Q9FKX5\|NIPL1_ARATH NEP1-interacting protein-like 1	39.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8GT74`	拟南芥	sp\|Q8GT74\|NIP2_ARATH NEP1-interacting protein 2	36.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8GT75`	拟南芥	sp\|Q8GT75\|NIP1_ARATH NEP1-interacting protein 1	37.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8LBA0`	拟南芥	sp\|Q8LBA0\|NIPL2_ARATH NEP1-interacting protein-like 2	36.800%	Swiss-Prot	中等置信
`O22755`	拟南芥	sp\|O22755\|ATL44_ARATH Probable E3 ubiquitin-protein ligase ATL44	47.400%	Swiss-Prot	低置信

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