RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G273740
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 69143047-69146061 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1248 bp · TkA04G273740|TK1151|cDNA

ATGATGAAGGGAAGAAATTCACAAAAAGGAAACGGTACCATTTTCCTAGCTGGCCCACCACTCGTGAAGGATACTCAAAATCCCTTGTATTTGCACAGGGATGCACACAAAAGCCCCTCTTATTGGTCGAGTGTTTGCTTGCATAATATGGCCAATTTGGCAAAGGAGGCAACAACTATTAGACTTGTACTTGAACCTCTTTTTCACAGTTTTGACACTGAAAAACATTGGTTCCCTAAAAAAGGTCTAGCCTTTTCTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1248 bp · TkA04G273740|TK1151|CDS

ATGATGAAGGGAAGAAATTCACAAAAAGGAAACGGTACCATTTTCCTAGCTGGCCCACCACTCGTGAAGGATACTCAAAATCCCTTGTATTTGCACAGGGATGCACACAAAAGCCCCTCTTATTGGTCGAGTGTTTGCTTGCATAATATGGCCAATTTGGCAAAGGAGGCAACAACTATTAGACTTGTACTTGAACCTCTTTTTCACAGTTTTGACACTGAAAAACATTGGTTCCCTAAAAAAGGTCTAGCCTTTTCTAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

415 aa · TkA04G273740|TK1151|PROTEIN

MMKGRNSQKGNGTIFLAGPPLVKDTQNPLYLHRDAHKSPSYWSSVCLHNMANLAKEATTIRLVLEPLFHSFDTEKHWFPKKGLAFSILKYLQMVLEESDDKSHLLLSILIKHLELSQCVKQQASIPIVGAISDLIKHLRKCLQSLSEPSSPRVGPISCYMDLQSALEKCISSLLHKLSKMESSCGVRNSFSRDSSTPFEELQLYLQKQLQENLVNFEHLTKKATDAQFEKDKLLLKLESACDGKPWNETDSDSNKDVSLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G273740
TK1151 IDTkA04G273740
OH-1004 IDLXL04_034938
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 98.109
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G273740
位置Chr04:69143047-69146061 (+)
描述Similar to KIN4C: Kinesin-like protein KIN-4C
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g60930 类驱动马达蛋白，参与纤维素微纤维定向沉积的控制。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0308200 通过远轴侧叶细胞分化调节叶片卷曲。
Semi-Rolled Leaf2 modulates rice leaf rolling by regulating abaxial side cell differentiation.2016 · DOI: 10.1093/jxb/erw029
UniProt: B9F2Y7 微管依赖性马达蛋白，参与控制纤维素微纤维的定向沉积。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034938 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0007018 microtubule-based movement 生物过程
GO:0007052 mitotic spindle organization 生物过程
GO:0030154 cell differentiation 生物过程
GO:0051231 spindle elongation 生物过程
GO:0071555 cell wall organization 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005874 microtubule 细胞组分
GO:0005875 microtubule associated complex 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
GO:0009524 phragmoplast 细胞组分
GO:0055028 cortical microtubule 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G60930
dosa:Os02g0742800
dosa:Os02g0742900
dosa:Os03g0308200
osa:4332616
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.469
排名 1 · TkA04G273740 · TK1151
细胞质0.392
排名 2 · TkA04G273740 · TK1151
细胞膜0.128
排名 3 · TkA04G273740 · TK1151
内质网0.080
排名 4 · TkA04G273740 · TK1151
高尔基体0.060
排名 5 · TkA04G273740 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21052EFR3_ARM25-139 aa
PF22675KH-I_KHDC4-BBP96-107 aa
PF14493HTH_40115-133 aa
PF14674FANCI_S1-cap133-147 aa
PF00013KH_1178-193 aa
PF14674FANCI_S1-cap189-216 aa
PF25078DUF7801191-233 aa
PF22675KH-I_KHDC4-BBP198-213 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G273740PF21052EFR3_ARM251395.2e-1452.6
TkA04G273740PF22675KH-I_KHDC4-BBP961070.511.0
TkA04G273740PF14493HTH_401151330.01516.3
TkA04G273740PF14674FANCI_S1-cap1331470.06713.8
TkA04G273740PF00013KH_11781931.5e-0525.4
TkA04G273740PF14674FANCI_S1-cap1892160.06713.8
TkA04G273740PF25078DUF78011912330.1513.0
TkA04G273740PF22675KH-I_KHDC4-BBP1982130.511.0
TkA04G273740PF25764KIF21A_4th2152820.01815.4
TkA04G273740PF00171Aldedh2212810.3810.0
TkA04G273740PF25078DUF78012642880.1513.0
TkA04G273740PF13083KH_KhpA-B3283470.212.3
TkA04G273740PF07650KH_23313580.02615.0
TkA04G273740PF00013KH_13333601.5e-0525.4
TkA04G273740PF22675KH-I_KHDC4-BBP3343590.511.0
TkA04G273740PF14493HTH_403383970.01516.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4K0J3拟南芥sp|F4K0J3|KN4C_ARATH Kinesin-like protein KIN-4C37.800%Swiss-Prot低置信
Q10MI0水稻sp|Q10MI0|SRL2_ORYSJ Protein SEMI-ROLLED LEAF 227.200%Swiss-Prot低置信
B9F2Y7水稻sp|B9F2Y7|KN4C_ORYSJ Kinesin-like protein KIN-4C39.500%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看