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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G272590
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 68884537-68885519 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

864 bp · TkA04G272590|TK1151|cDNA

ATGCTTGTCGGGATCCCTCTTGAATCAGGGAAGATCTTGTCTACATTTGCAACATTTAAAACACTTCAACAACCAATCTACAATCTTCCTGATACGATATCAATGATAGCCCAAACTAAAGTCTCATTAGATCGTATTGCCTCATATCTCTGTCTTGATGACAAAGATTCTAGCATTGTAGAGATAGGTGGCTCTAATATTGCAATCGAGATTACTAATGGTAGTTTCTCATGGGATGTTTTATCTGGTGAATTGGTACT...

CDS

下载 CDS FASTA

864 bp · TkA04G272590|TK1151|CDS

ATGCTTGTCGGGATCCCTCTTGAATCAGGGAAGATCTTGTCTACATTTGCAACATTTAAAACACTTCAACAACCAATCTACAATCTTCCTGATACGATATCAATGATAGCCCAAACTAAAGTCTCATTAGATCGTATTGCCTCATATCTCTGTCTTGATGACAAAGATTCTAGCATTGTAGAGATAGGTGGCTCTAATATTGCAATCGAGATTACTAATGGTAGTTTCTCATGGGATGTTTTATCTGGTGAATTGGTACT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

287 aa · TkA04G272590|TK1151|PROTEIN

MLVGIPLESGKILSTFATFKTLQQPIYNLPDTISMIAQTKVSLDRIASYLCLDDKDSSIVEIGGSNIAIEITNGSFSWDVLSGELVLKIINIKVAPGMKVAVCGMVGSGKSSLLSCILGEVPKLSGGVKMSGSKAFVAQSPWIQSGSIEENILFGKEMERTMYDKVLEACVLKKDLEILPFGDQTIIGEWGINLSGGQKQRLQIARALYQDADIYLFDDPFSAVDAHTGSHIFKKCLLEFLNLKTVIYVTHQVEFLPDAD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G272590
TK1151 IDTkA04G272590
OH-1004 IDLXL04_016188
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)73.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 91.986 / OH-1004 18.213
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G272590
位置Chr04:68884537-68885519 (-)
描述Similar to ABCC3: ABC transporter C family member 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g13080 谷胱甘肽 S-结合物泵。
An ABC-transporter of Arabidopsis thaliana has both glutathione-conjugate and chlorophyll catabolite transport activity.1998 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.1998.00076.x
At3g13090 谷胱甘肽 S-结合物泵。 暂无已核实直接文献
At3g13100 谷胱甘肽 S-结合物泵。 暂无已核实直接文献
At1g04120 谷胱甘肽 S-结合物泵。
The Arabidopsis thaliana ABC transporter AtMRP5 controls root development and stomata movement.2001 · DOI: 10.1093/emboj/20.8.1875
The plant multidrug resistance ABC transporter AtMRP5 is involved in guard cell hormonal signalling and water use.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.016012.x
Binding of sulfonylurea by AtMRP5, an Arabidopsis multidrug resistance-related protein that functions in salt tolerance.2004 · DOI: 10.1104/pp.103.027045
The Arabidopsis ATP-binding cassette protein AtMRP5/AtABCC5 is a high affinity inositol hexakisphosphate transporter involved in guard cell signaling and phytate storage.2009 · DOI: 10.1074/jbc.m109.030247

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: A2XCD4 ABC 转运蛋白，可能影响植酸转运和区室化。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016188 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0051707 response to other organism 生物过程
GO:0055085 transmembrane transport 生物过程
GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005773 vacuole 细胞组分
GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0048046 apoplast 细胞组分
GO:0005524 ATP binding 分子功能
GO:0008559 ABC-type xenobiotic transporter activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G13080
ath:AT3G13090
ath:AT3G13100
dosa:Os03g0142800
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.423
排名 1 · TkA04G272590 · TK1151
溶酶体／液泡0.171
排名 2 · TkA04G272590 · TK1151
内质网0.134
排名 3 · TkA04G272590 · TK1151
过氧化物酶体0.131
排名 4 · TkA04G272590 · TK1151
细胞核0.127
排名 5 · TkA04G272590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00005ABC_tran13-43 aa
PF02463SMC_N16-51 aa
PF00005ABC_tran87-221 aa
PF02463SMC_N94-119 aa
PF20703nSTAND199-129 aa
PF01926MMR_HSR199-123 aa
PF00350Dynamin_N100-120 aa
PF13304AAA_21103-144 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G272590PF00005ABC_tran13431.1e-1868.8
TkA04G272590PF02463SMC_N16510.0001522.0
TkA04G272590PF00005ABC_tran872211.1e-1868.8
TkA04G272590PF02463SMC_N941190.0001522.0
TkA04G272590PF20703nSTAND1991290.1112.8
TkA04G272590PF01926MMR_HSR1991230.1812.6
TkA04G272590PF00350Dynamin_N1001200.113.4
TkA04G272590PF13304AAA_211031440.003418.1
TkA04G272590PF02463SMC_N1532610.0001522.0
TkA04G272590PF13304AAA_211942550.003418.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LK64拟南芥sp|Q9LK64|AB3C_ARATH ABC transporter C family member 375.300%Swiss-Prot高置信
Q8VZZ4拟南芥sp|Q8VZZ4|AB6C_ARATH ABC transporter C family member 671.900%Swiss-Prot高置信
Q9LK62拟南芥sp|Q9LK62|AB7C_ARATH ABC transporter C family member 769.300%Swiss-Prot高置信
Q7GB25拟南芥sp|Q7GB25|AB5C_ARATH ABC transporter C family member 561.500%Swiss-Prot高置信
A2XCD4水稻sp|A2XCD4|AB13C_ORYSI ABC transporter C family member 1361.400%Swiss-Prot高置信

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