TkA04G254370 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G254370

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 64318068-64321615 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1357 bp · TkA04G254370|TK1151|cDNA

ATTCTCCATAGTTTTGTCCGAAGTAGTTGGTGGAAGCATCTTTTCAACTGCGACCTAATTCAATTCGTACCAGAATATGCACAGACTGCTGTAATAAATCTAAAGCGATTAGGTTGAGATTCCGGTCATCGGAAGTGAAAATCAGAGCAAAATAGTTGTCGTTTTGATCGGAGAGCTGATGTCGGAGAACGGTAGCACGGTTAGTACGGCAAGCGGGCCGGATTTTAACCTACCAAATGAAATTCTGTCGGTTATCCCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1020 bp · TkA04G254370|TK1151|CDS

ATGTCGGAGAACGGTAGCACGGTTAGTACGGCAAGCGGGCCGGATTTTAACCTACCAAATGAAATTCTGTCGGTTATCCCGACGGATCCGTACGACCAGTTAGATCTTGCTCGGAAGATCACTTCAATGGCGCTTGCATCGCGCGTTTCTAAATTGGAGTCGGAGGCAGGACGGCTGAGGAATAAGCTGAACGAGAAAGACCGTGTGATAATGGAACTCGAAGATAAAGTCTCCGAGCTTCAGAAAACGTGTCATAACGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

339 aa · TkA04G254370|TK1151|PROTEIN

MSENGSTVSTASGPDFNLPNEILSVIPTDPYDQLDLARKITSMALASRVSKLESEAGRLRNKLNEKDRVIMELEDKVSELQKTCHNAQLRLQMTLQDNSKLAEERDSLAMATKKLGRDLAKLETFKRQLMQSLNENDSSSTQTSTVDIGTYDQSVPRAYPSKEETNGYRKHHSFSGSINGGNIPDDASKHAGQRFSVTPYMSSRVTPTETPKTMSASVSPSRRYSASGATSPTKIQYEGRNGTMSSWYSSSQQSSAGNSP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G254370`
TK1151 ID	TkA04G254370
OH-1004 ID	LXL04_028864
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	40.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.870 / OH-1004 97.353 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G254370

位置 Chr04:64318068-64321615 (+)

描述 Similar to At4g15545: Uncharacterized protein At4g15545

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g15545`	未表征蛋白At4g15545。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028864 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0080119 ER body organization 生物过程

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0010168 ER body 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G15545

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.697

排名 1 · TkA04G254370 · TK1151

细胞核0.271

排名 2 · TkA04G254370 · TK1151

细胞膜0.146

排名 3 · TkA04G254370 · TK1151

高尔基体0.066

排名 4 · TkA04G254370 · TK1151

溶酶体／液泡0.052

排名 5 · TkA04G254370 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02601Exonuc_VII_L38-135 aa

PF14362DUF440740-146 aa

PF25450Rab11-FIP341-104 aa

PF23649FKBP1542-132 aa

PF27022NAI2_C44-133 aa

PF24245INO80F44-70 aa

PF08702Fib_alpha44-86 aa

PF08614ATG1644-130 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G254370	`PF02601`	Exonuc_VII_L	38	135	7.0	6.7
TkA04G254370	`PF14362`	DUF4407	40	146	1.6	8.6
TkA04G254370	`PF25450`	Rab11-FIP3	41	104	0.48	11.4
TkA04G254370	`PF23649`	FKBP15	42	132	0.35	11.2
TkA04G254370	`PF27022`	NAI2_C	44	133	0.057	14.2
TkA04G254370	`PF24245`	INO80F	44	70	0.6	11.0
TkA04G254370	`PF08702`	Fib_alpha	44	86	0.7	10.8
TkA04G254370	`PF08614`	ATG16	44	130	0.87	10.4
TkA04G254370	`PF07889`	DUF1664	44	92	1.3	9.8
TkA04G254370	`PF26095`	CC_Bre1	44	110	4.3	8.4
TkA04G254370	`PF13851`	GAS	45	132	0.19	11.8
TkA04G254370	`PF05384`	DegS	45	129	1.5	9.0
TkA04G254370	`PF06419`	COG6_N	45	93	2.7	8.9
TkA04G254370	`PF05266`	DUF724	45	94	9.6	6.7
TkA04G254370	`PF30677`	CCDC18_1st	46	138	0.19	11.7
TkA04G254370	`PF14197`	Cep57_CLD_2	46	82	6.2	7.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93W28`	拟南芥	sp\|Q93W28\|Y4554_ARATH Uncharacterized protein At4g15545	39.000%	Swiss-Prot	中等置信

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