TkA04G247260 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G247260

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 62546894-62563042 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3415 bp · TkA04G247260|TK1151|cDNA

ATGACAAAAAGATAATCCTTTTTTCCAATGTTTTTCAATTATATAAGATGTGATAGACTGATAATGTAAAGCAGAAACAATCGACTCAGAGTGCGGATTTGTGCAATGGAATTCCGATTGTACTTTTGCGTGTGCTTGATCATGATGATCATGGCCGCCGTTGCTCAAGCTCAAAACACCACCGATCCAGCTGAAGCGCAAGTTATAAATTCAATGTTCCGTGCATGGGGGATACCAGAAAGCGTAGTAACAAAAATGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

3099 bp · TkA04G247260|TK1151|CDS

ATGTCAACTACGGATGACAAAAAGTCTACTTACCGTATAGTGCGGATTTGTGCAATGGAATTCCGATTGTACTTTTGCGTGTGCTTGATCATGATGATCATGGCCGCCGTTGCTCAAGCTCAAAACACCACCGATCCAGCTGAAGCGCAAGTTATAAATTCAATGTTCCGTGCATGGGGGATACCAGAAAGCGTAGTAACAAAAATGAGATGGAACATAAGCGGAGAACTATGCAGCGGTGCCGCCGTGGACTCCACTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1032 aa · TkA04G247260|TK1151|PROTEIN

MSTTDDKKSTYRIVRICAMEFRLYFCVCLIMMIMAAVAQAQNTTDPAEAQVINSMFRAWGIPESVVTKMRWNISGELCSGAAVDSTDSDSDDFNPAIKCDCAIPNSTTCHITRLKVYAMDVVGTIPEALWTLTYLINLNLGQNYLTGPLSPSIGNLTRMQYMTFGINALSGQIPPDLGRLIDLRSLAFGTNNFNGSLPSELGNLRRLQQLYIDSAGLSGEIPPTFANLVDMRTVWASDNNFTGKIPYFIGNWSHLQSLRL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G247260`
TK1151 ID	TkA04G247260
OH-1004 ID	LXL04_039499
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 73.353 / OH-1004 81.223 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G247260

位置 Chr04:62546894-62563042 (-)

描述 Similar to At1g56140: Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g56140

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g56140`	可能的 LRR 受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g56140。	暂无已核实直接文献
`At1g56130`	可能的 LRR 受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g56130。	暂无已核实直接文献
`At1g53430`	可能的 LRR 受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g53430。	暂无已核实直接文献
`At1g53440`	可能的 LRR 受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g53440。	暂无已核实直接文献
`At1g07650`	可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶At1g07650。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039499 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0045088 regulation of innate immune response 生物过程

GO:0052542 defense response by callose deposition 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G53430

ath:AT1G53440

ath:AT1G56130

ath:AT1G56140

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.809

排名 1 · TkA04G247260 · TK1151

内质网0.090

排名 2 · TkA04G247260 · TK1151

细胞质0.073

排名 3 · TkA04G247260 · TK1151

细胞核0.046

排名 4 · TkA04G247260 · TK1151

溶酶体／液泡0.044

排名 5 · TkA04G247260 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23598LRR_14123-214 aa

PF13855LRR_8131-151 aa

PF00560LRR_1135-156 aa

PF12799LRR_4135-160 aa

PF00560LRR_1166-180 aa

PF12799LRR_4167-197 aa

PF23598LRR_14176-284 aa

PF13855LRR_8180-214 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G247260	`PF23598`	LRR_14	123	214	4.8e-16	59.2
TkA04G247260	`PF13855`	LRR_8	131	151	1.4e-07	31.8
TkA04G247260	`PF00560`	LRR_1	135	156	5.8e-16	55.9
TkA04G247260	`PF12799`	LRR_4	135	160	4e-07	30.8
TkA04G247260	`PF00560`	LRR_1	166	180	5.8e-16	55.9
TkA04G247260	`PF12799`	LRR_4	167	197	4e-07	30.8
TkA04G247260	`PF23598`	LRR_14	176	284	4.8e-16	59.2
TkA04G247260	`PF13855`	LRR_8	180	214	1.4e-07	31.8
TkA04G247260	`PF00560`	LRR_1	183	204	5.8e-16	55.9
TkA04G247260	`PF12799`	LRR_4	191	213	4e-07	30.8
TkA04G247260	`PF00560`	LRR_1	206	228	5.8e-16	55.9
TkA04G247260	`PF12799`	LRR_4	206	245	4e-07	30.8
TkA04G247260	`PF00560`	LRR_1	232	252	5.8e-16	55.9
TkA04G247260	`PF12799`	LRR_4	232	266	4e-07	30.8
TkA04G247260	`PF13855`	LRR_8	239	286	1.4e-07	31.8
TkA04G247260	`PF00560`	LRR_1	254	276	5.8e-16	55.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`C0LGH3`	拟南芥	sp\|C0LGH3\|Y5614_ARATH Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g56140	61.200%	Swiss-Prot	高置信
`C0LGH2`	拟南芥	sp\|C0LGH2\|Y1561_ARATH Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g56130	60.700%	Swiss-Prot	高置信
`C0LGG8`	拟南芥	sp\|C0LGG8\|Y5343_ARATH Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g53430	47.700%	Swiss-Prot	中等置信
`C0LGG9`	拟南芥	sp\|C0LGG9\|Y5344_ARATH Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g53440	46.900%	Swiss-Prot	中等置信
`C0LGE0`	拟南芥	sp\|C0LGE0\|Y1765_ARATH Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g07650	46.800%	Swiss-Prot	中等置信

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