基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
TkA04G230760
当前版本: TK1151
染色体: Chr04
坐标: 58615095-58620606
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA4024 bp · TkA04G230760|TK1151|cDNA
TTTTTCCTTCCAAGAGAAAAACAACAAGGCCTACGGCCACACCTTCCTTCCTCCTCTCCAGCCGACGGCAGCCTCCTCCACCGACGGCCAAGATCCGTCGCCTCTCCTCCGCTCGACGCATCTCCTCCATGGGTAAGCTTTCAATCAATAAATTCCCGATTACTACTACGCTAAAATCGATTCTTAAAATCGAAATCCAAAATCGATTTCTCCTTTATCCCGTTTTCCTCAACTGCTTTTCAATCATCCAATTCAGAAGT...
CDS
下载 CDS FASTA1827 bp · TkA04G230760|TK1151|CDS
ATGGATTCTTCCTCTTTCGAAGGGTTTGTGCTTGATCCATCATCAAATTGCAGTAAATTAAGCATGGAAGAAAAAAGAGAAATCGTATACGAAGTATCCGAATGGTCACACGGAGCACCCGAGCTCCTACAATCTTGGAGCCGTCAAGAAATTCTTCAAATCCTATGTTCCGAAATGGGAAAAGAACGAAAGTACACGGGTCTCACAAAATTAAAAATCATCGAACATCTTCTCAAAATCGTATCCGAAAAAAAATCAAA...
608 aa · TkA04G230760|TK1151|PROTEIN
MDSSSFEGFVLDPSSNCSKLSMEEKREIVYEVSEWSHGAPELLQSWSRQEILQILCSEMGKERKYTGLTKLKIIEHLLKIVSEKKSNNLEYEHDMISNIESSENGGPTKRHRKSDHPNRLFNSTDNHNSSVNVVDLDVVEFCKNSACRAKLGEDGGFCKRCSCCICRRFDDNKDPSLWLVCSSDPPFLGGSCGMSCHLECALRHDKSGIVTKDRGLDGSFFCVSCGKMNDLLGCWRKQMMIARDTRRVDILCYRVSLSQK...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | TkA04G230760 |
|---|---|
| TK1151 ID | TkA04G230760 |
| OH-1004 ID | LXL04_039343 |
| 关系 / 置信度 | 跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系 |
| 蛋白一致性 (%) | 97.500 |
| 蛋白覆盖度 (%) | TK1151 100.000 / OH-1004 100.000覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。 |
| 版本 | TK1151 / GWHBCHF00000000 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | TkA04G230760 | |||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr04:58615095-58620606 (-) | |||||||||||||||
| 描述 | Similar to VIL2: VIN3-like protein 2 | |||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | |||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0001666 response to hypoxia 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0009409 response to cold 生物过程 GO:0009908 flower development 生物过程 GO:0010048 vernalization response 生物过程 GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程 GO:0032922 circadian regulation of gene expression 生物过程 GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程 GO:0045814 negative regulation of gene expression, epigenetic 生物过程 GO:0048572 short-day photoperiodism 生物过程 GO:0048575 short-day photoperiodism, flowering 生物过程 GO:0048587 regulation of short-day photoperiodism, flowering 生物过程 | |||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT2G18880 ath:AT3G24440 ath:AT4G30200 ath:AT5G57380 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.950
细胞质0.096
细胞膜0.036
内质网0.022
质体0.016
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF30718HEAT_Spiral_Tel158-142 aaPF23376Fn3_VIN375-90 aaPF07227PHD_Oberon142-260 aaPF23376Fn3_VIN3344-429 aaPF30718HEAT_Spiral_Tel1395-437 aaPF23380VIN3_C522-594 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| TkA04G230760 | PF30718 | HEAT_Spiral_Tel1 | 58 | 142 | 0.043 | 12.5 |
| TkA04G230760 | PF23376 | Fn3_VIN3 | 75 | 90 | 7.3e-15 | 55.6 |
| TkA04G230760 | PF07227 | PHD_Oberon | 142 | 260 | 6.2e-34 | 117.4 |
| TkA04G230760 | PF23376 | Fn3_VIN3 | 344 | 429 | 7.3e-15 | 55.6 |
| TkA04G230760 | PF30718 | HEAT_Spiral_Tel1 | 395 | 437 | 0.043 | 12.5 |
| TkA04G230760 | PF23380 | VIN3_C | 522 | 594 | 1.2e-35 | 121.9 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q9SUM4 | 拟南芥 | sp|Q9SUM4|VIL2_ARATH VIN3-like protein 2 | 41.800% | Swiss-Prot | 中等置信 |
Q9FIE3 | 拟南芥 | sp|Q9FIE3|VIN3_ARATH Protein VERNALIZATION INSENSITIVE 3 | 39.700% | Swiss-Prot | 中等置信 |
Q5BPT4 | 拟南芥 | sp|Q5BPT4|VIL3_ARATH VIN3-like protein 3 | 33.900% | Swiss-Prot | 中等置信 |
Q9LHF5 | 拟南芥 | sp|Q9LHF5|VIL1_ARATH VIN3-like protein 1 | 30.700% | Swiss-Prot | 中等置信 |