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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G228680
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 58139313-58146093 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1698 bp · TkA04G228680|TK1151|cDNA

CAATAGAAATGATGATAAGTTTTTTGTCCTAATTTCGTTGGCACTGGTGGAGTGACAAAATATCGAGTCATATCGTACTTTCTAGGGTTTGCTCATTCAATCCTCTAGAAATGGCGAATCAGCTGTACGGTTCCAGCTCCTACGGGTATGGGGGAGGATCCAATTCGTCAAGCATATACACTTCTAAATCCATCGGTGAGCAGTACGTCCCCTCGGACCCATCGCACCTCACTTCGTCTAGGTATTTAGGCTCAGATCCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1521 bp · TkA04G228680|TK1151|CDS

ATGGCGAATCAGCTGTACGGTTCCAGCTCCTACGGGTATGGGGGAGGATCCAATTCGTCAAGCATATACACTTCTAAATCCATCGGTGAGCAGTACGTCCCCTCGGACCCATCGCACCTCACTTCGTCTAGGTATTTAGGCTCAGATCCCCTGTCAGCGTCTTCCAATTTGTTCAGCTTTTCATCAATCAGCGACAGAGCTCCATCCATGCTGTACAACCAGGATACTATCGGCAGTGGTTACTCCGCTGCGGCCGCTAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

506 aa · TkA04G228680|TK1151|PROTEIN

MANQLYGSSSYGYGGGSNSSSIYTSKSIGEQYVPSDPSHLTSSRYLGSDPLSASSNLFSFSSISDRAPSMLYNQDTIGSGYSAAAARLAGREALWSGPPGVDAGVSATSVESILAGYKRSASEALYHQSLLGYSSNPIVKRPRFESAATNSMLPVYAQRPGEKDCAHYMLTRTCKFGDSCRFDHPMWVPEGGIPDWKEVLTTSEELPERPGAPDCPYFLKTQKCKFGPRCKFNHPKDKVAPLALLENTEGAELPERPSEP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G228680
TK1151 IDTkA04G228680
OH-1004 IDLXL04_039364
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G228680
位置Chr04:58139313-58146093 (+)
描述Similar to HUA1: Zinc finger CCCH domain-containing protein 37
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g12680 参与花发育。
HUA1, a regulator of stamen and carpel identities in Arabidopsis, codes for a nuclear RNA binding protein.2001 · DOI: 10.1105/tpc.010201
Two RNA binding proteins, HEN4 and HUA1, act in the processing of AGAMOUS pre-mRNA in Arabidopsis thaliana.2003 · DOI: 10.1016/s1534-5807(02)00399-4
At5g63260 含锌指CCCH结构域的蛋白67。 暂无已核实直接文献
At2g47850 含锌指CCCH结构域的蛋白32。 暂无已核实直接文献
At3g02830 含锌指CCCH结构域蛋白33。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0616400 含锌指CCCH结构域的蛋白8。 暂无已核实直接文献
Os06g0520600 含锌指CCCH结构域的蛋白 43。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039364 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0001709 cell fate determination 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0016607 nuclear speck 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0004518 nuclease activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G12680
ath:AT5G16540
dosa:Os01g0616400
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.957
排名 1 · TkA04G228680 · TK1151
细胞质0.107
排名 2 · TkA04G228680 · TK1151
细胞膜0.018
排名 3 · TkA04G228680 · TK1151
质体0.013
排名 4 · TkA04G228680 · TK1151
线粒体0.010
排名 5 · TkA04G228680 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20992CBP66_2nd145-182 aa
PF00642zf-CCCH161-186 aa
PF25585zf-CCCH_DUS3L162-184 aa
PF15663zf-CCCH_3163-184 aa
PF14608zf-CCCH_2164-185 aa
PF29102Su_sable_N164-185 aa
PF18345zf_CCCH_4165-184 aa
PF18044zf-CCCH_4165-185 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G228680PF20992CBP66_2nd1451820.0001722.2
TkA04G228680PF00642zf-CCCH1611861.6e-55184.7
TkA04G228680PF25585zf-CCCH_DUS3L1621846.7e-2484.2
TkA04G228680PF15663zf-CCCH_31631840.2312.4
TkA04G228680PF14608zf-CCCH_21641851.2e-1764.4
TkA04G228680PF29102Su_sable_N1641850.3212.1
TkA04G228680PF18345zf_CCCH_41651842.7e-2897.9
TkA04G228680PF18044zf-CCCH_41651857.9e-2586.8
TkA04G228680PF16131Torus1651869.5e-0833.3
TkA04G228680PF08352oligo_HPY1721846.38.0
TkA04G228680PF25586zf-CCCH_PAN31741850.9110.0
TkA04G228680PF00642zf-CCCH2112361.6e-55184.7
TkA04G228680PF25585zf-CCCH_DUS3L2132346.7e-2484.2
TkA04G228680PF16131Torus2132349.5e-0833.3
TkA04G228680PF14608zf-CCCH_22142351.2e-1764.4
TkA04G228680PF20992CBP66_2nd2142350.0001722.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q941Q3拟南芥sp|Q941Q3|C3H37_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 3750.100%Swiss-Prot高置信
Q5RJC5拟南芥sp|Q5RJC5|C3H67_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 6736.400%Swiss-Prot中等置信
Q84W91拟南芥sp|Q84W91|C3H32_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 3254.800%Swiss-Prot低置信
Q8GXX7拟南芥sp|Q8GXX7|C3H33_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 3366.700%Swiss-Prot低置信
Q5ZDJ6水稻sp|Q5ZDJ6|C3H8_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 841.800%Swiss-Prot中等置信
Q5Z5Q3水稻sp|Q5Z5Q3|C3H43_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 4332.300%Swiss-Prot中等置信

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